| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,187,828 | G→A | E827K (GAG→AAG) | rpoC → | RNA polymerase subunit beta' |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,187,828 | 0 | G | A | 99.1% | 391.7 / ‑4.8 | 115 | E827K (GAG→AAG) | rpoC | RNA polymerase subunit beta' |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (57/57); total (57/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
GTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGA‑AAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCGAGGGTGGTGACGTTAAAGAGCCGCTGCGCGATCGCGTACTGGGTCGTGTAACTGCTGAAGACGTTCTGAAGCCGGGTACTGCTGATATCCTCGTTCCGCGCAACACGCTGCTGCACGAACAGTGGTGTGACCTGCTGGAAGAGAACTCTGTCGACGCGGTTAAAGTACGTTCTGTTGTATCTTGTGACACCGACTTTGGTGTATGTGCGCACTGCTACGGTCGTGACCTGGCGCGTGGCCACATC > NC_000913/4187583‑4188073 | gTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGA‑AAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGCGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCAAgggg > 2:102087/1‑250 (MQ=255)gTCTGATGGCGAAGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGA‑AAACTGCGAACTCCAGGTACCTGACTCATCGTCGGGTTGACTTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGAGGACTCCGGTTATCGAGggt < 2:498081/251‑1 (MQ=255) cTGATGGCGAAGCCGGCTGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGA‑AAACTGCGAACTCCGGTTACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCAAGggtgg > 1:442986/1‑251 (MQ=255) gATGGCGATGCCGGATGGCTCCATCATCGAAACGCCAATCACCGCGAACTTCCGTGAAGGTCTGAACGTACTCCAGTACTTCATCTCCACCCACGGTGCTCGTAAAGGTCTGGCGGATACCGCACTGA‑AAACTGCGAACTCCGGTGACCTGACTCGTCGTCTGGTTGACGTGGCGCAGGACCTGGTGGTTACCGAAGACGATTGTGGTACCCATGAAGGTATCATGATGACTCCGGTTATCAAGggtgg < 2:283488/249‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |