| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,560,362 | G→A | intergenic (+496/+260) | rtcR → / ← glpG | DNA‑binding transcriptional activator RtcR/rhomboid protease GlpG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,560,362 | 0 | G | A | 96.1% | 298.3 / NA | 104 | intergenic (+496/+260) | rtcR/glpG | DNA‑binding transcriptional activator RtcR/rhomboid protease GlpG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base A (51/48); minor base C (0/4); total (51/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CGGAACTGGGAGATAAAATCGAGCGTCGCTTCGCCAATGATCCCGCCATCGCGGCTGCGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTT‑AGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGC‑TTCCGGCGTGGTG‑CCGATATC‑GATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGA‑TT‑TG‑CTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGT‑GTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑C‑CAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTC > NC_000913/3560116‑3560603 | gggAACGGGGAGATAAAATCGGGCGTCGCTCCGCCAATGACCCCGCCATCGCGGCTGCGTAATTCGCCACCGGCGAGAATGATGCGAAAATCTTCTTTTACCAGCAACGTGTT‑AGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAAGTGCTGTGATTGAGCAGTGCGTGCGCTACCGC‑TTCCGGCGTGGTG‑CCGATATC‑GATAAACAGCGTCGGGCCATTGGGGA‑TT‑TG‑CTCCGCCACTTTGCGGACGAt < 2:464798/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |