| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,296,481 | G→A | V25M (GTG→ATG) | dolP → | division and outer membrane stress‑associated lipid‑binding lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,296,481 | 0 | G | A | 98.9% | 321.7 / NA | 93 | V25M (GTG→ATG) | dolP | division and outer membrane stress‑associated lipid‑binding lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base A (42/49); minor base C (1/0); total (43/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
GACCGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAGTGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGCGTAGACGGTGCCAAC > NC_000913/3296234‑3296723 | gACCGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATgg > 1:190869/1‑251 (MQ=255) ccGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCGGCCGTAATGGGt < 1:395350/251‑1 (MQ=255) ggCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTCGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTAc > 1:448496/1‑251 (MQ=255) ttGCAGGCTTGTTAGGGGCACAGGAAGTGGGGATCCGCATTCCTTCGCATCGTCGTGCCCGCATTCAGGCAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCAGCGCTGCTGATGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTGCCGCTGCTGTGGGTACCaa > 2:220394/1‑250 (MQ=255) cAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCCCCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGTGTACCAAAGcc < 1:128108/251‑1 (MQ=255) aGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCg > 2:518339/1‑251 (MQ=255) aGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCg > 1:426618/1‑251 (MQ=255) ttGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGCCGGTAAATTGCCTGTGCGCTCTGATCGATAACCCGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAAc > 2:128104/1‑251 (MQ=255) tGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACt > 1:120612/1‑251 (MQ=255) ggccccagtaggtgGAGATCCGCGTTCCTTAGCAGCGTAGTGCTTGCATTCAGGAAATGCCTTTGTTGACGGTAAATTGCCTGTGCGAACTAATCGATAACGCGCTTTTCCCTCACCATGATTATTACGGAGACTACGTGAAGCAATGCTCGCGACTCGCAGTCCTTATTGCTGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGTGTACCGCTGCTATGGGTACACAAGTGGCAACTGACCCa < 2:15858/240‑1 (MQ=255) ggCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGAccc > 1:432630/1‑250 (MQ=255) caGGATTTGGAGTACCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCTATAACACTCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTAGCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCTCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGTTTCCGTAATGGTTGCCGCTGCGGTGGGTACCAAAGCCGCGACTTATCCACGCAg < 2:249628/251‑1 (MQ=255) caGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAg < 2:294997/251‑1 (MQ=255) aTGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTc < 2:432630/251‑1 (MQ=255) ggAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGc < 2:416311/250‑1 (MQ=255) ggAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCa < 1:17189/251‑1 (MQ=255) agaTCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCAcc < 2:529484/251‑1 (MQ=255) agaTCCGCATTCCGTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCAcc < 1:14388/251‑1 (MQ=255) tccgtCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGAc < 2:125964/246‑1 (MQ=255) tCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTACATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGCTTAAGGAGCATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATgg > 2:221360/1‑251 (MQ=255) cATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTAc > 2:161944/1‑251 (MQ=255) cATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTAc > 1:264762/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |