| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 433,634 | 0 | T | G | 32.4% | 73.8 / 11.7 | 75 | G60G (GGT→GGG) | ribD | fused diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase/5‑amino‑6‑(5‑phosphoribosylamino)uracil reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/24); new base G (22/2); total (49/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.84e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TACCGCAGTTTCGAAGATATCAAAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACG‑TTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAA‑GCC‑AAAGGTGCGACCGCCTATGTCAC‑ACTCGAACCCTGTAGCCATC‑ATGGTCGTACG‑CCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATTGAATAAAGGCTTTCTCAAGCGGATGCGC > NC_000913/433392‑433883 | tACCGCAGTTTCGAAGATATCAAAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACG‑TTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGGGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGG‑AAAAA‑Gc > 1:457767/1‑251 (MQ=255) ttCGAAGATATCAAAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACG‑TTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAA‑GCC‑AAAGGTg < 1:81909/250‑1 (MQ=255) tCGAAGATATCAAAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACG‑TTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGG‑GAAAA‑GCC‑AAAgaagcg > 2:403795/1‑246 (MQ=255) aGATATCAAAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACG‑TTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAA‑GCC‑AAAGGTGCGACCg < 2:521521/251‑1 (MQ=255) aGATATCAAAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACG‑TTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGG‑AAAAA‑GCC‑AAAGGGGCGACCg > 1:172412/1‑251 (MQ=255) aaTTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACG‑TTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCACCGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAA‑GCC‑AAAGGTGCGACCGCCTATGTcac‑a < 1:45203/251‑1 (MQ=255) agagACCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACACGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACG‑TTTTCCCCCGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCCCCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAA‑GCC‑AAAGGTGCGACCGCCTATGTCAC‑ACTCGAACCCt < 1:390180/251‑1 (MQ=255) cgcgcgCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACG‑TTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAACTTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGG‑AAAAA‑GCC‑AAAGGGGCGAACGCCTATGTCACCAC‑CGACCCCTGTAGcc > 1:394413/1‑251 (MQ=255) gcgcgcCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACG‑TTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAA‑GCC‑ACAGGGGCGAACGCCTATGTCAC‑ACTCGAACCCAGTAGcc > 1:324320/1‑250 (MQ=255) gcgcgcCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACG‑TTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAA‑ACC‑AAAGGGGCGACCGCCTATTTCAC‑CCTCGAACCCTGTAGcc > 1:539255/1‑250 (MQ=255) ggaCTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACG‑TTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGGG‑CAAAA‑GCC‑AAAGGTGCGACCGCCTATGTCAC‑ACTCGAAACCTTTAGCCCTC‑ATGGGCGt > 1:400471/1‑250 (MQ=255) gaCTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAACGCTGGCGCAACGAGGACG‑TTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTTCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGAG‑AGAAA‑CAC‑CAAGGAAAGCCCGCCTATGTCCA‑ACTCGAAACCTGTAACCAAC‑ATGGTCGTa > 1:389527/1‑250 (MQ=255) cGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACG‑TTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAA‑GCC‑AAAGGTGCGACCGCCTATGTCAC‑ACTCGAACCCCGTAGCCATC‑ATGGTCGTACG‑CCACCGGGCTGTGACg > 1:255832/1‑251 (MQ=255) 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gTCATTATCAAAGATGGCGAAATTTGCGGTGAAGGTTACCACCACCGGGCGGGTAAACCACATGCCTAAGTACACGCGTTGGGTGTGGCGGGTC‑AAAAA‑GAC‑AAAGTTGCGACCGCCTATGTCAC‑ACTCGAACCCTGTAGCCATC‑ATGGTCGTACG‑CCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTa < 1:102948/251‑1 (MQ=255) cATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAA‑GCC‑AAAGGTGCGACCGCCTATGTCAC‑ACTCGAACCCTGTAGCCATC‑ATGGTCGTACG‑CCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGGTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGGGTGGACTTTAcc > 1:369152/1‑251 (MQ=255) aTTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACAACCAACGCGCTGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAA‑GCC‑AAAGGTGCGACCGCCTATGTCAC‑ACTCGAACCCTGTAGCCATA‑CTGGTCGTACG‑CCACCGTGCTGTGAAGCAATCATCCCCGCTGGCGCAGCGCGCGCGGTTTCCCAGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGGCGCTGGGCGTGGACTTTACCg > 1:44241/1‑251 (MQ=255) 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TACCGCAGTTTCGAAGATATCAAAGAATTTGGCGAAGAGATCGCGCGCCTGGAGGACTAAGCCGTGCAGGACGAGTATTACATGGCGCGGGCGCTAAAGCTGGCGCAACGAGGACG‑TTTTACCACGCATCCCAACCCGAATGTCGGGTGCGTCATTGTCAAAGATGGCGAAATTGTCGGTGAAGGTTACCACCAACGTGCGGGTGAACCACATGCCGAAGTACACGCGTTGCGTATGGCGGGTG‑AAAAA‑GCC‑AAAGGTGCGACCGCCTATGTCAC‑ACTCGAACCCTGTAGCCATC‑ATGGTCGTACG‑CCACCGTGCTGTGACGCACTCATCGCCGCTGGCGTAGCGCGCGTGGTTGCCTCGATGCAAGATCCTAACCCGCAGGTCGCTGGGCGTGGACTTTACCGTCTGCAACAGGCTGGCATTGACGTCAGCCACGGCCTGATGATGAGTGAAGCCGAGCAATTGAATAAAGGCTTTCTCAAGCGGATGCGC > NC_000913/433392‑433883 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |