| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,585,673 | C→T | W363* (TGG→TGA) | hsdR ← | type I restriction enzyme EcoKI endonuclease subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,585,673 | 0 | C | T | 98.6% | 219.1 / NA | 70 | W363* (TGG→TGA) | hsdR | type I restriction enzyme EcoKI endonuclease subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (34/35); minor base G (0/1); total (34/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTACGTTTCGCCTCTACCACCGCGATGGGTTTGAGGCCGACAAACAGCACATAATCCGCAAAGCCCTGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCG > NC_000913/4585427‑4585916 | cAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGCGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGCTGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGc > 1:585814/1‑251 (MQ=255) aGGCCCAGCTCGCTCATGCCTGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCt < 1:429180/251‑1 (MQ=255) aGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCt > 1:198685/1‑251 (MQ=255) ggCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTg < 1:209749/251‑1 (MQ=255) cAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCAGTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGttt < 1:254612/251‑1 (MQ=255) cgctcATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCAt < 1:175458/249‑1 (MQ=255) ctcATGCCAGGGTTATCGGCAAACCAATGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGCTGGTCGGGTCGCAGAAGGGGGTTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGGTTCATActc > 2:330149/1‑251 (MQ=255) aGGGTTATCGGCAAACAACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTACGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTg > 2:278695/1‑251 (MQ=255) gggTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGc > 2:428551/1‑251 (MQ=255) cGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGc > 2:271878/1‑251 (MQ=255) 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cGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTcaa < 2:10522/251‑1 (MQ=255) cGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGAATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTca > 1:589101/1‑250 (MQ=255) gTTCGCTGCCGAGCATTTCCCGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGGGAGTCGTGCTcacgc > 2:461188/1‑248 (MQ=255) 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tctTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAACCCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGGTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGACGCCATTATc > 2:461472/1‑251 (MQ=255) ccGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGaaa < 2:235324/251‑1 (MQ=255) ccGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCGGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGaa < 1:68223/250‑1 (MQ=255) 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CAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTACGTTTCGCCTCTACCACCGCGATGGGTTTGAGGCCGACAAACAGCACATAATCCGCAAAGCCCTGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATTCG > NC_000913/4585427‑4585916 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |