| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 257908 = | NA (NA) | 10 (0.330) | 9/484 | 1.3 | 40.0% | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 1303803 = | 15 (0.500) | coding (905/921 nt) | oppB | murein tripeptide ABC transporter/oligopeptide ABC transporter inner membrane subunit OppB | |||||
ATCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCGAAAATCCGTTACTGATACTGGAGCTCGCGATGATGTTAAGTAAGAAAAACAGCGAGACGCTGGAAAATTTCAGTGAAAAGCTGGAGGTCGAAGGGCGCAGCTTGTGGCAGGACGCACGTCGACGTTTTATGCATAACCGTGCGGCGGTTGCCAGTCTGATAGTGCTGGTGCTGATCGCGTTATTTGTAATCCTGGCACCGATGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATG > NC_000913/1303553‑1304049 | aTCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGAccc > 2:70115/1‑251 (MQ=255)aTCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGAccc > 1:35191/1‑251 (MQ=255) cATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTTCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTTGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGTGATTGGACAACTGTGCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATGTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCg < 1:131516/250‑1 (MQ=255) tCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTAAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCGAAAATCggtg > 1:21989‑M1/1‑247 (MQ=255) tggctggacgctgtatgaatcccgcctgcagggaaagctgcacgtaatcagcaagagatatccgccgcgaattgagcggcataacctgcatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtaatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagatggagtcattaccCGAAAATCCGTTACTGCTACTGGAgctcgcgctg > 2:178522‑M2/218‑248 (MQ=255) tACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTTTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCGAAAATCggtgatgctgccaacttactgattta < 1:37837‑M1/250‑27 (MQ=255) gCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGCTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCGAAAATCCGTTACTGATACTGGAGCTCGCGATGATGTtaag < 2:87607/251‑1 (MQ=255) 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tGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTCAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCGAAAATCCGTTACTGATACTGGAGCTCGCGATGATGTTAAGTAAGAAAAACAGCGAGACGCTGGAAAATTTCAGTGAAAAGCTGGAGGTCGAAGGGCGCAGCTTGTGGCAGGACGCACGTc < 2:255166/250‑1 (MQ=255) ctggcacggctgggccgggagtcgctgtcgttctcaacatcggtggagctgcatgacaaagtcctcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCGAAAATCCGTTACTGATACTGGAGCTCGCGATGATGTTAAGTAAGAAAAACAGCGAGACGCTGGAAAATTTCAGTGAAAAGCTGGAGGTCGAAGGGCGCAGCTTGTGGCAGGACGCACGGCGGCATTTTATGCAt > 2:216027‑M2/115‑250 (MQ=255) cacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCGAAAATCCGTTACTGATACTGGAGCTCGCGATGATGTTAAGTAAGAAAAACAGCGAGACGCTGGAAAATTTCAGTGAAAAGCTGGAGGTCGAAGGGCGCAGCTTGTGGCAGGACGCACGTCGACGTTTTATGCATAACCg > 1:160861‑M2/111‑251 (MQ=255) 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ttAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCGAAAATCCGTTACTGATACTGGAGCTCGCGATGATGTTAAGTAAGAAAAACAGCGAGACGCTGGAAAATTTCAGTGAAAAGCTGGAGGTCGAAGGGCGCAGCTTGTGGCAGGACGCACGGCGCCGTTTTATGCATAACCGTGCGGCGGTTGCCAGTCTggtatgg > 2:292532/1‑245 (MQ=255) tAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCGAAAATCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacagcagcgctatctctgctctcac < 1:105610‑M1/249‑158 (MQ=255) caaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCGAAAATCCGTTACTGATACTGGAGCTCGCGATGATGTTAAGTAAGAAAAACAGCGAGACGCTGGAAAATTTCAGTGAAAAGCTGGAGGTCGAAGGGCGCAGCTTGTGGCAGGACGCACGTCGACGTTTTATGCATAACCGTGCGGCGGTTGCCAGTCTGATAgtgctg < 1:311819‑M2/169‑1 (MQ=255) 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tctGGTTGGTGATTTAACCATTTTGTTTAATGCAATTGTCGATGTGCTCTATGCGGTTATCGAACCGAAAATCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggagctccagtggcttatgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgctatctttgctatcactgccgtaaaacacggcacctg > 2:17838‑M1/2‑73 (MQ=255) tAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCGAATATCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgctatctctgctctcactgccgtaaaacatggcaactgccgttcacttacac > 2:86515‑M1/1‑59 (MQ=255) aaCCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCGAAAATCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgctatctctgctctcactgccgtaaaacatggcaactgcagttcacttacacc > 1:159774‑M1/1‑58 (MQ=255) aCCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCGAAAATCCGTTACGGATACTGGAGCTCGCGATGATGTTAAGTAAGAAAAACAGCGAGACGCTGGAAAATTTCAGTGAAAAGCTGGAGGTCGAAGGGCGCAGCTTGTGGCAGGACGCACGTCGACGGTTTATGCATAACCGTGCGGCGGGTGCCAGTCTGATAGTGCTGGTGCTGATCGCGTTATTTGTAATCCTGGCACCg < 2:224371/251‑1 (MQ=255) ccATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCGAAAATCCGTTACTGATACTGGAGCTCGCGATGATGTTAAGTAAGAAAAACAGCGAGACGCTGGAAAATTTCAGTGAAAAGCTGGAGGTCGAAGGGCGCAGCTTGTGGCAGGACGCACGTCGACGTTTTATGCATAACCGTGCGGCGGTTGCCAGTCTGATTGGGCTGGTGCTGGTCGCGTTTTTTGTAATCCTGGCACCGGTGCTTTCCCAGTTTg > 1:174161/1‑251 (MQ=255) tgCTATATGCGGTTATCGACCCGAAAATCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgctatctctgctctcactgccgtaaaacatggcaactgcagttcacttacaccgcttctcaccccggtacgccccagaaaac > 2:83699‑M1/1‑29 (MQ=255) caataagttggagtcattaccCGAAAATCCGGTCCTGATACTGGAGCTCGCGATGATGTTACGTACGAAAAACAGCGAGACGATGGAAAATTTCAGTGAAAAGCTGGAGGTCGAAGGGCGCAGCTTGTGGCAGGACGCAAGTCGACGTTTTATGCATAACCGTGCGGCGGTTGTACGTCAGAGAGGGCTGGTGTTGATGGCGTTATTTGTCATCCTGGGACCGATGATTTCCCAGTTTGCCTCTGACGAt > 2:283840‑M2/22‑250 (MQ=255) atGCGGTTATCGACCCGAAAATCggtgatgctgccaactgactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgctatctctgctctcactgccgtaaaacatggcaactgcagttcacttacaccgcttctcaacccggtacgcaccagaaaatcattga < 1:288621‑M1/251‑229 (MQ=255) aCCCGAAAATCggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgctatctctgctctcactgccgtaaaacatggcaactgcagttcacttacaccgcttctcaacccggtacgcaccagaaaatcattgatatggccatga > 2:12023‑M1/1‑11 (MQ=255) | ATCATTTTACGTCACGCATTAAAACCTGCTCTGTTACCCGTGCTCTCTTATATGGGCCCCGCATTTGTCGGCATTATTACCGGTTCTATGGTTATCGAAACCATTTATGGTTTGCCGGGGATTGGACAACTGTTCGTTAATGGCGCATTGAACCGTGACTATTCCTTAGTGTTAAGCCTGACCATCCTGGTTGGTGCTTTAACCATTTTGTTTAATGCCATTGTCGATGTGCTATATGCGGTTATCGACCCGAAAATCCGTTACTGATACTGGAGCTCGCGATGATGTTAAGTAAGAAAAACAGCGAGACGCTGGAAAATTTCAGTGAAAAGCTGGAGGTCGAAGGGCGCAGCTTGTGGCAGGACGCACGTCGACGTTTTATGCATAACCGTGCGGCGGTTGCCAGTCTGATAGTGCTGGTGCTGATCGCGTTATTTGTAATCCTGGCACCGATGCTTTCCCAGTTTGCCTATGACGATACTGACTGGGCGATGATG > NC_000913/1303553‑1304049 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |