| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 488,403 | C→T | T623I (ACC→ATC) | mscK → | potassium dependent, small conductance mechanosensitive channel |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 488,403 | 0 | C | T | 95.3% | 122.9 / NA | 43 | T623I (ACC→ATC) | mscK | potassium dependent, small conductance mechanosensitive channel |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (23/18); minor base G (0/2); total (23/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTAACGACAGCCAGCTCAACACACCAAAAGCGATCCTTATCGACCTGATCCGTGCGCTGCCGGTGTGCCTGATTATTCTCGCGGTTGGCCTGATTCTGTTGACCATGCAGCTCAACATCAGCGAACTGCTATGGTCGTTCAGCAAAAAACTGGCGATATTCTGGCTGGTGTTTGGCCTGTGCTGGAAGGTACTGGAGAAAAACGGCGTTGCCGTACGTCACTTCGGCATGCCGGAACAGCAGACCAGCCACTGGCGTCGGCAAATTGTCCGCATCAGTCTCGCATTGCTGCCTATCCATTTCTGGTCTGTGGTGGCAGAACTTTCCCCGCTGCATCTGATGGATGATGTGCTGGGGCAAGCGATGATTTTCTTCAACCTGCTGCTGATTGCCTTCCTGGTATGGCCGATGTGCCGCGAAAGCTGGCGTGATAAAGAGTCGCACACCATGCGACTGGTCACCATTACCGTGCTGTCGAT > NC_000913/488160‑488637 | gTAACGACAGCCAGCTCAACACACCAAAAGCGATCCTTATCGACCTGATCCGTGCGCTGCCGGCGTGCCTGATTATTCTCGCGGTTGGCCTGATTCTGTTGCCCATGCAGCTCAACATCAGCGAACTGCTATGGTCGTTCAGCAAAAAACTGGCGATATTCTGGCTGGTGTTTGGCCTGTGCTGGAAGGTACTGGAGAAAAACGGCGTTGCCGTACGTCACTTCGGCATGCCGGAACAGCAGATCAGCCAc > 2:85804/1‑251 (MQ=255) 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aaaCGGCGTTGCCGTACGTCACTTCGGCATGCCGGAACAGCAGATCAGCCACTGGCGTCGGCAAATTGTCCGCATCAGTCTCGCATTGCTGCCTATCCATTTCTGGTCTGTGGTGGCAGAACTTTCCCCGCTGCATCTGATGGATGATGTGCTGGGGCAAGCGATGATTTTCTTCAACCTGCTGCTGATTGCCTTCCTGGTATGGCCGATGTGCCGCGAAAGCTGGCGTGATAAAGAGTCGCACACCATGc > 1:174655/1‑251 (MQ=255) aCGGCGTTGCCGTACGTCACTTCGGCATGCCGGAACAGCAGATCAGCCACTGGCGTCGGCAAATTGTCCGCATCAGTCTCGCATTGCTGCCTATCCATTTCTGGTCTGTGGTGGCAGAACTTTCCCCGCTGCATCTGATGGATGATGTGCTGGGGCAAGCGATGATTTTCTTCAACCTGCTGCTGATTGCCTTCCTGGTATGGCCGAtgtg < 1:77651/211‑1 (MQ=255) aCGGCGTTGCCGTACGTCACTTCGGCATGCCGGAACAGCAGATCAGCCACTGGCGTCGGCAAATTGTCCGCATCAGTCTCGCATTGCTGCCTATCCATTTCTGGTCTGTGGTGGCAGAACTTTCCCCGCTGCATCTGATGGATGATGTGCTGGGGCAAGCGATGATTTTCTTCAACCTGCTGCTGATTGCCTTCCTGGTATGGCCGAtgtg > 2:77651/1‑211 (MQ=255) 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aCGTCACTTCGGCATGCCGGAACAGCAGATCAGCCACTGGCGTCGGCAAATTGTCCGCATCAGTCTCGCATTGCTGCCTATCCATTTCTGGTCTGTGGTGGCAGAACTTTCCCCGCTGCATCTGATGGATGATGTGCTGGGGCAAGCGATGATTTTCTTCAACCTGCTGCTGATTGCCTTCCTGGTATGGCCGATGTGCCGCGAAAGCTGGCGTGATAAAGAGTCGCACACCATGCGACTGGTCACCATTa < 1:111364/251‑1 (MQ=255) ggCATGCCGGAACAGCAGATCAGCCACTGGCGTCGGCAAATTGTCCGCATCAGTCTCGCATTGCTGCCTATCCATTTCTGGTCTGTGGTGGCAGAACTTTCCCCGCTGCATCTGATGGATGATGTGCTGGGGCAAGCGATGATTTTCTTCAACCTGCTGCTGATTGCCTTCCTGGTATGGCCGATGTGCCGCGAAAGCTGGCGTGATAAAGAGTCGCACACCATGCGACTGGTCACCATTACCGTGCTGTc > 2:190837/1‑251 (MQ=255) tGCCGGAACAGCAGATAAGCCACTGGCGTCGGCAAATTGTCCGCATCAGTCTCGCATTGCTGCCTATCCATTTCTGGTCTGTGGTGGCAGAACTTTCCCCGCTGCATCTGATGGATGATGTGCTGGGGCAAGCGATGATTTTCTTCAACCTGCTGCTGATTGCCTTCCTGGTATGGCCGATGTGCCGCGAAAGCTGGCGTGATAAAGAGTCGCACACCATGCGACTGGTCACCATTACCGTGCTGTCGAt > 1:91988/1‑250 (MQ=255) | GTAACGACAGCCAGCTCAACACACCAAAAGCGATCCTTATCGACCTGATCCGTGCGCTGCCGGTGTGCCTGATTATTCTCGCGGTTGGCCTGATTCTGTTGACCATGCAGCTCAACATCAGCGAACTGCTATGGTCGTTCAGCAAAAAACTGGCGATATTCTGGCTGGTGTTTGGCCTGTGCTGGAAGGTACTGGAGAAAAACGGCGTTGCCGTACGTCACTTCGGCATGCCGGAACAGCAGACCAGCCACTGGCGTCGGCAAATTGTCCGCATCAGTCTCGCATTGCTGCCTATCCATTTCTGGTCTGTGGTGGCAGAACTTTCCCCGCTGCATCTGATGGATGATGTGCTGGGGCAAGCGATGATTTTCTTCAACCTGCTGCTGATTGCCTTCCTGGTATGGCCGATGTGCCGCGAAAGCTGGCGTGATAAAGAGTCGCACACCATGCGACTGGTCACCATTACCGTGCTGTCGAT > NC_000913/488160‑488637 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |