| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,593,035 | C→T | A460V (GCT→GTT) | tsr → | methyl‑accepting chemotaxis protein Tsr |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,593,035 | 0 | C | T | 93.8% | 88.3 / NA | 32 | A460V (GCT→GTT) | tsr | methyl‑accepting chemotaxis protein Tsr |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (17/13); minor base G (0/2); total (17/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 | |||||||||||
CTGGCTTTGAACGCGGCGGTTGAGGCTGCGCGTGCGGGTGAGCAAGGGCGCGGTTTTGCGGTGGTCGCGGGAGAAGTGCGTAATCTGGCCCAGCGCAGCGCCCAGGCGGCTCGTGAAATTAAAAGCCTGATTGAAGACTCGGTGGGGAAAGTGGATGTTGGCTCTACGCTGGTCGAAAGCGCCGGGGAAACAATGGCGGAGATTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAATTGCTTCTGCTTCTGATGAGCAGAGCCGTGGTATCGATCAGGTTGGCTTAGCGGTTGCTGAGATGGACCGGGTAACTCAACAGAACGCCGCGCTGGTGGAAGAGTCTGCCGCTGCCGCCGCCGCGCTGGAAGAGCAGGCCAGTCGCCTGACCGAAGCAGTGGCAGTGTTCCGGATTCAGCAACAGCAGCGTGAAACATCGGCTGTGGTAAAAACCGTGACGCCAGCTGCGCCGCGTAAAATGGCCGTGGCA > NC_000913/4592788‑4593282 | caggCTTGGAACGCGGCGGTTGAGGCTGCGCGTGCGGGTGAGCAAGGGCTCGGTTTTGCGGTGGTCGCGGGAGAAGTGCGTAATCTGGCCCAGCGGAGCGCCCAGGCGGCTCGTGAAATTAAAAGCCTGATTGAAGACTCGGTGGGGAAAGGGGATGGTGGCTCTACGCTGGGCGAAAGCGCCGGTGAAACAATGGCGGTGATTTTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAATtgtttc < 1:239905/249‑1 (MQ=255) 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CTGGCTTTGAACGCGGCGGTTGAGGCTGCGCGTGCGGGTGAGCAAGGGCGCGGTTTTGCGGTGGTCGCGGGAGAAGTGCGTAATCTGGCCCAGCGCAGCGCCCAGGCGGCTCGTGAAATTAAAAGCCTGATTGAAGACTCGGTGGGGAAAGTGGATGTTGGCTCTACGCTGGTCGAAAGCGCCGGGGAAACAATGGCGGAGATTGTCAGCGCCGTGACCCGCGTGACGGACATTATGGGCGAAATTGCTTCTGCTTCTGATGAGCAGAGCCGTGGTATCGATCAGGTTGGCTTAGCGGTTGCTGAGATGGACCGGGTAACTCAACAGAACGCCGCGCTGGTGGAAGAGTCTGCCGCTGCCGCCGCCGCGCTGGAAGAGCAGGCCAGTCGCCTGACCGAAGCAGTGGCAGTGTTCCGGATTCAGCAACAGCAGCGTGAAACATCGGCTGTGGTAAAAACCGTGACGCCAGCTGCGCCGCGTAAAATGGCCGTGGCA > NC_000913/4592788‑4593282 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |