| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,423,824 | 2 bp→TT | coding (125‑126/687 nt) | ulaF → | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase UlaF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 4,423,824 | 0 | C | T | 99.2% | 389.9 / NA | 125 | P42L (CCC→CTT) | ulaF | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase UlaF |
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| * | NC_000913 | 4,423,825 | 0 | C | T | 97.6% | 386.6 / NA | 125 | P42L (CCC→CTT) | ulaF | L‑ribulose‑5‑phosphate 4‑epimerase UlaF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (65/56); minor base G (0/3); total (66/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
GGGCCGTACCTGATTGAGATGTGGAGCGAAACGGCGGAAGACCCGGCGGCAGAAGTGGCGAAAGCGCGTGATTGGGTGAAAGCGCGCATGGCGAAAGCGGGCATGGTGGAGGCGGCATAATGCAAAAGCTAAAACAGCAGGTATTTGAAGCCAA‑CATGGAGCTGCCGCGCTACGGGCTGGTGACCTTTACCTGGGG‑CAACGTCAGCGCTATCGACCGCGAACGCGGGCTGGTGGTGATCAAGCCCAGCGGCGTTGCCTACGAAACCATGAAAGCGGCCGATATGGTGGTGGTTGATA‑TGAGCGGCAAGGTGGTGGAAGGGGAGTATCGCCCATCTTCCGACACTGCGACGCATCTCGAACTCTACCGTCGTTACCCGTCGCTTGGTGGCATTGTCCATACCCACTCCACTCATGCCACCGCATGGGCGCAGGCGGGGCTGGCGATCCCGGCGTTAGGCACCACGCACGCCGACTACTTCTTTGGCGA > NC_000913/4423581‑4424067 || gggCCTTACCTGATTGAGATGTGGAGCGAAACGGCGGAAGACCCGGCGGCAGAAGTGGCGAAAGCGCGTGATTGGGTGAAAGCGCGCATGGCGAAAGCGGGCATGGTGGAGGCGGCATAATGCAAAAGCTAAAACAGCAGGTATTTGAAGCCAA‑CATGGAGCTGCCGCGCTACGGGCTGGTGACCTTTACCTGGGG‑CAACGTCAGCGCTATCGACCGCGAACGCGGGCTGGTGGTGATCAAGCTTAgcggc < 1:441663/251‑1 (MQ=255) 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gTACCTGATTGAGATGTGGAGCGAAACGGCGGAAGACCCGGCGGCAGAAGTGGCGAAAGCGCGTGATTGGGTGAAAGCGCGCATGGCGAAAGCGGGCATGGTGGAGGCGGCATAATGCAAAAGCTAAAACAGCAGGTATTTGAAGCCAA‑CATGGAGCTGCCGCGCTACGGGCTGGTGACCTTTACCTGGGG‑CAACGTCAGCGCTATCGACCGCGAACGCGGGCTGGTGGTGATCAAGCTTAGCGGCGTTGc > 1:226534/1‑251 (MQ=255) ccTGATTGAGATGTGGAGCGAAACGGCGGAAGACCCGGCGGCAGAAGTGGCGAAAGCGCGTGATTGGGTGAAAGCGCGCATGGCGAAAGCGGGCATGGTGGAGGCGGCATAATGCAAAAGCTAAAACAGCAGGTATTTGAAGCCAA‑CATGGAGCTGCCGCGCTACGGGCTGGTGACCTTTACCTGGGG‑CAACGTCAGCGCTATCGTCCGCGAACGCGGGCTGGTGGTGATCAAGCTTAGCGGCGTTGCCTa < 2:367149/251‑1 (MQ=255) ccTGATTGAGATGTGGAGCGAAACGGCGGAAGACCCGGCGGCAGAAGTGGCGAAAGCGCGTGATTGGGTGAAAGCGCGCATGGCGAAAGCGGGCATGGTGGAGGCGGCATAATGCAAAAGCTAAAACAGCAGGTATTTGAAGCCAA‑CATGGAGCTGCCGCGCTACGGGCTGGTGACCTTTACCTGGGG‑CAACGTCAGCGCTATCGACCGCGAACGTGGGCTGGTGGTGATCAAGCTTAGCGGCGTTGCCTa < 1:62581/251‑1 (MQ=255) ccTGATTGAGATGTGGAGCGAAACGGCGGAAGACCCGGCGGCAGAAGTGGCGAAAGCGCGTGATTGGGTGAAAGCGCGCATGGCGAAAGCGGGCATGGTGGAGGCGGCAAAATGCAAAAGCTAAAACAGCAGGTATTTGAAGCCAA‑CATGGAGCTGCCGCGCTACGGGCTGGTGACCTTTACCTGGGG‑CAACGTCAGCGCTATCGACCGCGAACGCGGGCTGGTGGTGATCAAGCTTAGCGGCGTTCCCt > 1:639398/1‑250 (MQ=255) aTTGAGATGTGGAGCGAAACGGCGGAAGACCCGGCGGCAGAAGTGGCGAAAGCGCGTGATTGGGTGAAAGCGCGCATGGCGAAAGCGGGCATGGTGGAGGCGGCATAATGCAAAAGCTAAAACAGCAGGTATTTGAAGCCAA‑CATGGAGCTGCCGCGCTACGGGCTGGTGACCTTTACCTGGGG‑CAACGTCAGCGCTATCGACCGCGAACGCGGGCTGGTGGTGATCAAGCTTAGCGGCGTTGCCTACGaa < 1:218309/251‑1 (MQ=255) aTTGAGATGCGGAGCGAAACGGCGGAAGACCCGGCGGCAGAAGTGGCGAAAGCGCGTGATTGGGTGAAAGCGCGCATGGCGAAAGCGGGCATGGTGGAGGCGGCATAATGCAAAAGCTAAAACAGAAGGTATTTGAAGCCAA‑CCTGGAGCTGCCGCGCTACGGGCTGGTGACCTTTACCTGGGG‑CAACGTCAGCGCTATCGACCGCGAACGCGGGCTGGTGGTGATCAAGCTTAGCGGCGTTGCCTACGa > 2:469174/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |