| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 4,315,040 | G→T | C21* (TGC→TGA) | phnP ← | 5‑phospho‑alpha‑D‑ribosyl 1,2‑cyclic phosphate phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,315,040 | 0 | G | T | 97.7% | 412.1 / ‑5.0 | 131 | C21* (TGC→TGA) | phnP | 5‑phospho‑alpha‑D‑ribosyl 1,2‑cyclic phosphate phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base T (75/51); total (76/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
CATCCGGCGGGCCGTAAACCGGGATCGGATCGCCAACGCCCCAGCGCAGCGGAAACAGCCCCTGGACGTGATCCATATGATAATGCGTCAGCAAAAACTGCTGGAACGATCCGGGCGACCAGCGATCGGCGAGATCGTGCAGCCCGGCGTCGATCAGGGTGATTGCGTCGTTAAACTTCACTACGCCGCTGCACGGTTGGCGGCGATACTGCGGCGAGCGCCGCGCTCTGGCGCAGGCCGCACACTCGCAGCCCCATGCCGGAACGCCCTGTGCGCCGCCGGTGCCGGTGAGCGTGAGGGTCAGGCTCATGTTACAGCGCCTTGGTGAAGCGGAAGTGGCTCTGCTCGTAGCCTTCGCGCAGATAGAAACGGTGCGCGTCGTGGCGCTTCACGTTGGTCGAAAGTTCGGTCATTTCGGCCCCGGCCTGGCGGGCTTCTTCTTCTGCCCACGCCAGTAACTTACTGCCGACGTTCAGACCGCGCGCCTGCGGCATTA > NC_000913/4314793‑4315288 | gggCCGTAAACCGGGATCGGATCGCCAACGCCCCAGCGCAGCGGAAACAGCCCCTGGACGTGATCCATATGATAATGCGTCAGCAAAAACTGCTGGAACGATCCGGGCGACCAGCGATCGGCGAGATCGTGCAGCCCGGCGTCGATCAGGGTGATTGCGTCGTTAAACTTCACTACGCCGCTGCACGGTTGGCGGCGATACTGCGGCGAGCGCCGCGCTCTGGCGCAGGCCGCACACTCTCAGCCCCATGc > 1:404720/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |