| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,594,256 | (C)8→7 | intergenic (‑1814/+4361) | hipB ← / ← lsrK | antitoxin/DNA‑binding transcriptional repressor HipB/autoinducer‑2 kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,594,256 | 0 | C | . | 96.3% | 213.6 / ‑1.9 | 54 | intergenic (‑1814/+4361) | hipB/lsrK | antitoxin/DNA‑binding transcriptional repressor HipB/autoinducer‑2 kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base . (31/21); total (32/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTGGAGATGGTGAGCAGGCCATTATTGATAACGGAAGCATCACCCAGGTTTTTCTGCTCGTTGACGCTGAGCGCGCTGCCTGTATCAATGTTGAATTGCCCCACAAAGCGGCTATTATCGCCATCCA > NC_000913/1594010‑1594503 | gTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCC‑ACGat > 1:13822/1‑251 (MQ=255) cGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCC‑ACGATATCcgtcgt > 1:432880/1‑250 (MQ=255) cGTTAACGATCAGTCCATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATACCGTTCATATAACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGCTATTACTGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGCAAGCAATTTCCCCCCC‑AATATATCcgtcgtc > 2:134866/1‑250 (MQ=255) ttAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTACCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTACAGCCCTTCTCCAGGTTGCAGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGAAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGCTATTAATGTGTTGACTTGCCATATTACTGGCAGAGTCGTAACCGAAAGCAATTTCCCCCCC‑ACGATATCCGGCGTaac > 1:57001/1‑249 (MQ=255) 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ccGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATCGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCGGCATAACGTTCCTATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTACTGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCC‑ACGATCTCCGTCGTACCCTGCTACGCACCGGAATCg > 2:44423/1‑251 (MQ=255) tCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCC‑ACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCgttgtt > 1:288882/1‑250 (MQ=255) cccccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCCGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCC‑ACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTa > 2:161880/1‑249 (MQ=255) 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aGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAATCAATTTCCCCCCC‑ACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCaccgct < 1:355052/251‑1 (MQ=255) ggTTGCCGACGATAGTGGATTTAGCGCCACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGATCATATCACCTGCAGTGGGGACATTTCCCGACATCACCCCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCC‑ACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCCGTTTTGTCACATCaccact > 2:450079/1‑247 (MQ=255) gATAGCGGTTTTAGCGGCACGCAGTGCCCCCCCCAGGCAAAACGTTCATATCACCTGCAGCGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTCATGTGTTGCCTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGACACGAAAGAAATTTCCCCCCC‑ACGATATCCGTCGACCCCTGCTCCGCCGCGAAATCGTTGTTAAGAGAACGGTTCCCGGCCCCCAGTTTTGtaccatccccccaacccctgatcc > 2:253758/1‑228 (MQ=255) 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aacagAAAGCAATTTCCCCCCC‑ACGATTGCCTTCGTACCCTGACACGCCGCGTAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATGCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCCGCGCTTCCGCTGATACTGTGCGTCGTCGCCCAGCGACGCTCAGTGGAGATGGTGAGCTGGCCATTATTGATAGCGGAAGCATCACCCAGGTTTTTCTGCTCGTTGACGCTGAGCGCGCTGCCTGTAGCAATGTTGAATTGCCCCTCAAAGc < 1:656910/247‑1 (MQ=255) gCAATTTCCCCCCC‑TCGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTGGAGATGGTGAGCAGGCCATTATTGATAACGGAAGCATCTCCCAGGTTTTTCTGCTCGTTGACGCTGAGCGCGCTGCCTGTATCAATGTTGAATTGCCCCTCAAAGCGGCtatta < 1:529575/251‑1 (MQ=255) atttcccccccACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTGGAGATGGTGAGCAGGCCATTATTGATAACGGAAGCATCACCCAGGTTTTTCTGCTCGTTGACGCTGAGCGCGCTGCCTGTATCAATGTTGAATTGCCCCACAAAGCGGCTATTATCg < 1:11646/247‑1 (MQ=255) cccccACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTGGAGATGGTGAGCAGGCCATTATTGATAACGGAAGCATCACCCAGGTTTTTCTGCTCGTTGACGCTGAGCGCGCTGCCTGTATCAATGTTGAATTGCCCCACAAAGCGGCTATTATCGCCATcc < 1:250573/251‑1 (MQ=255) cccACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTGGAGATGGTGAGCAGGCCATTATTGATAACGGAAGCATCACCCAGGTTTTTCTGCTCGTTGACGCTGAGCGCGCTGCCTGTATCAATGTTGAATTGCCCCACAAAGCGGCTATTATCGCCATCCa > 1:437395/1‑250 (MQ=255) | GTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGCCGCGGAATCGTTGTTAAGAGTCAGGATCCCGGTACCCAGTTTTGTCACATCACCGCTACCGCTGATACTGTGCGTCATCGCCCAGCTACGCTCAGTGGAGATGGTGAGCAGGCCATTATTGATAACGGAAGCATCACCCAGGTTTTTCTGCTCGTTGACGCTGAGCGCGCTGCCTGTATCAATGTTGAATTGCCCCACAAAGCGGCTATTATCGCCATCCA > NC_000913/1594010‑1594503 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |