| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 81,102 | G→A | S286L (TCG→TTG) | leuB ← | 3‑isopropylmalate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 81,102 | 0 | G | A | 95.7% | 143.1 / ‑2.9 | 47 | coding (857/1092 nt) | leuB | 3‑isopropylmalate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (25/20); minor base . (0/2); total (25/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TAGCCATGATTACACCCCTTCTGCTACATAGCGGGCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCG‑AATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAA‑CGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCGAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCGATCTCGTTAACGATCTCCCG > NC_000913/80858‑81343 | tAGCCATGATTACACCCCTTCTGCTACATAGCGGGCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCG‑AATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAA‑CGCAGCAGCAGTGCTAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCAAgccg < 2:56769/250‑1 (MQ=255) cATAGCGGGCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCG‑AATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAA‑CGCAGCAGCAGTGCTAGCGAAAAGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCt > 2:238293/1‑251 (MQ=255) tatCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCG‑AATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAA‑CGCAGCAGCAGGGCTAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCAAACCGCCC‑GCCGGTTCATTCAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTg > 2:10704/1‑251 (MQ=255) gCCCAATTCATAGGTCCTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCCGTTCG‑AATGCCTTCTTCTAATGCGCGGATAATGGAGCGGTCAATGGCGCAATCCGCATCAACGGCATCCAGGCTGTCA‑CGAAGCAGCAGTGCTAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCACGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCACAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCgg > 2:323194/1‑251 (MQ=255) 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cGGTACTACCGGCGGAAGCGACAAGGGCGAACTCCCCGGTGCG‑AATGACTTCTTCTAATGCGCCGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCACTCAGGCTTAAA‑CGCAGCAGCAGTGCTAGCGCAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGAAGGTTTTGCCTGCGAAATATGGTGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTACAAAACCTTTCTCGTTCCAGCTGGCGGGAggacacatc > 2:274925/1‑244 (MQ=255) cGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGCGCG‑AATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAA‑CGCAGCAGCAGTGCTAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCC‑GCCgg > 1:60338/1‑202 (MQ=255) cGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGCGCG‑AATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAA‑CGCAGCAGCAGTGCTAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTGTGCCGGCGATATCGGGTGCCAAGCCGCCC‑GCCgg < 2:60338/202‑1 (MQ=255) cTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCG‑AATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAA‑CGCAACAGCAGTGCTAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGGTTTTTCCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTACAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGCAGGCAACATCCCCAt > 1:299966/1‑251 (MQ=255) aaCGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCG‑AATGCCTTCTTCTAATGCGCGGGTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAA‑CGCAGCAGAAGTGCTAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGGTGGCGATGGTTTTGCCTGCGATATCTGGGGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGGTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCg > 1:43220/1‑251 (MQ=255) cggcAGCGCCACGGGTTAAACCCCCGGTGCG‑AATGCTGTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCTAAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAA‑CGCAGAAGCAGTGCTAGCGAAAGGTTTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCGGCGATATCGGGTGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCa < 1:275994/251‑1 (MQ=255) gcgccaggggtaaaaTCCCCGG‑GCGGAATGCCTTCTTCAAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAACCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAA‑CGCAGCAGCAGTGCTAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGTTGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGAt < 2:103866/239‑1 (MQ=255) 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gTGCG‑AATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAA‑CGCAGCAGCAGTGCTAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTcagacag < 1:16685/251‑1 (MQ=255) aTGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAA‑CGCAGCAGCAGTGCTAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGaa > 1:270177/1‑198 (MQ=255) gCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAA‑CGCAGCAGCAGTGCTAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGc > 1:172428/1‑251 (MQ=255) cttcttCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAA‑CGCAGCAGCAGTGCTAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGcc > 1:111661/1‑250 (MQ=255) tGCGAGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAA‑CGCAGAAGCAGTGCTAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGCCGCCAAACAGGTTgg > 1:117124/1‑251 (MQ=255) aagggCGCGTGCAAGGGCACAAGCCGTATAACCGCCAGCCAGGCTGAAA‑CGCAGCAGCAGTGCTAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCGGGGGCCAAGCCCCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCGTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCAcagc < 1:315378/247‑1 (MQ=255) cgcgTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAA‑CGCAGCAGCAGTGCTAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACg > 1:110578/1‑251 (MQ=255) acaaggccgcACGCCGCATCATCGGCATCCAGGTTGTAG‑CGCGGCAGCAGTGCTAGCGAAAGGTTTTTTGCAATCGGGTGGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCaaa < 2:126484/244‑1 (MQ=255) aaGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAA‑CGCAGCAGCAGTGCTAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATgg > 1:186457/1‑250 (MQ=255) aaGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAA‑CGCAGCAGCAGTGCTAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCAAGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCACAACCTTGCTCGTTCAGGCTGACGGAAGGCAACATCCCCATCGCGCAAGTGATCATTGCGCCCTCGTCAGCCAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACACCATAACGTCAAACTGTGATggc > 1:186747/1‑250 (MQ=255) gCATCATCGGCATCCAGGCTGTAA‑AGCAGCAGCAGTGCTAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGCTATCTGGTGCCAAGCCGCAC‑GCCGGTTAATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCCGTGATCATTGCGACCTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGATGGCGCACAGCAGAACGTCAGACTGAGATGGATCttt > 2:274216/1‑251 (MQ=255) cacccaggcgttaccGCAGCAGCAGTGCTAGCGAAAGGATTTGTGCAAGCGGGTTGGCGATGTTTTTGTCTGCGATATCGGGTCCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGc < 2:259188/237‑1 (MQ=255) 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taGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATgcg > 1:63009/2‑251 (MQ=255) ttGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACGGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACa < 1:200053/250‑1 (MQ=255) gCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGATGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGACTGTCGCCCAACCGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCgg > 1:163327/1‑251 (MQ=255) 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cgaagTTTTTGCCTGCGAGAACTGGTGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATACCCATAGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGGACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGTGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCg > 2:195453/5‑251 (MQ=255) gATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCACGCAACCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCg > 1:99869/1‑250 (MQ=255) tGCCTGCGATATCTGGCGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCGATCTCGtt < 1:184417/250‑1 (MQ=255) cccTGCGATCACTGGTGCC‑AGGCGCCCCGCCGTTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCGATCTCGTTaa < 2:113905/250‑1 (MQ=255) gCGATATCTGGTGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCGATCTCGTTAACg < 1:238293/249‑1 (MQ=255) tCTGGTGCCAAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCGATCTCGTTAACGATCTCCCg > 2:299283/1‑251 (MQ=255) | TAGCCATGATTACACCCCTTCTGCTACATAGCGGGCAATGATATCGCCCATTTCATCGGTACTAACGGCGGCAGCGCCACGGGCTAAATCCCCGGTGCG‑AATGCCTTCTTCTAATGCGCGGTTAATGGCGCGTTCAATGGCGCAAGCCGCATCATCGGCATCCAGGCTGTAA‑CGCAGCAGCAGTGCCAGCGAAAGGATTTGTGCAATCGGGTTGGCGATGTTTTTGCCTGCGATATCTGGTGCCGAGCCGCCC‑GCCGGTTCATACAGTCCAAAACCTTGCTCGTTCAGGCTGGCGGAAGGCAACATCCCCATCGAGCCAGTGATCATTGCGCACTCGTCAGACAGAATGTCGCCAAACAGGTTGGAGCACAGCAGAACGTCAAACTGTGATGGATCTTTAATCAGCTGCATGGTGGCGTTGTCGATGTACATATGCGCCAGTTCGACATCCGGGTATTCCGTGGCGATCTCGTTAACGATCTCCCG > NC_000913/80858‑81343 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |