| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 547,891 | C→T | L404L (CTC→CTT) | fdrA → | putative oxamate carbamoyltransferase FdrA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 547,891 | 0 | C | T | 94.9% | 114.7 / ‑5.3 | 40 | L404L (CTC→CTT) | fdrA | putative oxamate carbamoyltransferase FdrA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (23/14); minor base G (0/2); total (24/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATAGCGCCTGTCAGCAGCGGATTTATTTGCGGTTTGTATACCGGCGGTACGCTGGCTGCCGAAGCGGCGGGATTACTTGCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATA‑CCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGC > NC_000913/547651‑548133 | aaTAGCGCCTGTCAGCAGCGGATTTATTTGCGGTTTGTATACCGGCGGTACGCTGGCTGCCGAAGCGGCGGGATTACTTGCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATA‑CCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTTGGCGCTAAAc < 1:222694/251‑1 (MQ=255)aaTAGCGCCTGTCAGCAGCGGATTTATTTGCGGTTTGTATACCGGCGGTACGCTGGCTGCCGAAGCGGCGGGATTACTTGCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATA‑CCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTTGGCGCTAAAc < 1:250732/251‑1 (MQ=255) ccTGTCAGCAGCGGATTTATTTGCGGTTTGTATACCGGCGGTACGCTGGCTGCCGAAGCGGCGGGATTACTTGCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATA‑CCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTTGGCGCTAAACCGCAAGt < 1:9959/251‑1 (MQ=255) gTCAGCAGCGGATTTATTTGCGGTTTGTATACCGGCGGTACGCTGGCTGCCGAAGCGGCGGGGTTACTTGCCGGGCACCTTGGCGGGGGAGCCGACGATA‑CCCATCAAAATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAAATTATTGACCCCGGCGATGATTTTTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCCACCCAACCTTACGCAACCCGTTAATTTCCGATCTTTGCGCTAAACCCCaaaagcg > 1:272047/1‑246 (MQ=255) ggATTTATTTGCGGTTTGTATACCGGCGGTACGCTGGCTGCCGAAGCGGCGGGATTACTTGCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATA‑CCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGGCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATGTTGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTtgct < 2:191528/251‑1 (MQ=255) gCGGTTTGTATACCGGCGGTACGCTGGCTGCCGAAGCGGCGGGATTACTTGCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATA‑CCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTTGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGt < 1:214763/250‑1 (MQ=255) ggTTTGTATACCGGCGGTACGCTGGCTGCCGAAGCGGCGGGATTACTTGCCGGGCACCCTGGGGGGGGAACCGACGATAACCCA‑CAACATGGGATGATGCTGGGCGCCGATAGCCACCCGAATATTTACCCCGGCGATGATTTCTACACCGCCGGGCGTCCCCATCCGGTGATTGACCCCACCTTACGCCACCAGTTAAATTCCGCTCTTTGGGCTCAACCGCAAGGGCGCGCGTTTCTGCTTGCTGTCgc > 1:180503/1‑250 (MQ=255) 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cAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTTGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATc > 2:208365/1‑250 (MQ=255) aaCATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTTGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCa > 2:127375/1‑250 (MQ=255) cTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTTGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCAt > 1:93809/1‑251 (MQ=255) ccaccaGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCAGATCTTGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGAc > 2:312779/1‑249 (MQ=255) ccaccaGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTAGGGCGTCCCCATACGCTAATCGACCCAACCTTACGCAACAAGTTAATTGCCGATCTTGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGATGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCATCGCTGGTGCGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGGTTAGCTAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGAc > 2:161426/1‑249 (MQ=255) caGATTAGTGCCCTGGGCGATGATTTCTACACCGCCGGGCGCCCCCATCCGATGATCGCCCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTGGGCGCAAACCCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCAc < 1:284079/251‑1 (MQ=255) 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cTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTTGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCgc > 1:286523/1‑251 (MQ=255) aacCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTCATTGCCGATCTTGGCGCTACACCGCACGTGCGCGTGTTGCTGCTTGCTGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCgcagc > 2:52455/2‑251 (MQ=255) gTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTTGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAAt > 2:101209/1‑251 (MQ=255) 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AATAGCGCCTGTCAGCAGCGGATTTATTTGCGGTTTGTATACCGGCGGTACGCTGGCTGCCGAAGCGGCGGGATTACTTGCCGGACACCTTGGCGTGGAAGCCGACGATA‑CCCATCAACATGGCATGATGCTGGACGCCGATAGCCACCAGATTATTGACCTCGGCGATGATTTCTACACCGTCGGGCGTCCCCATCCGATGATCGACCCAACCTTACGCAACCAGTTAATTGCCGATCTCGGCGCTAAACCGCAAGTGCGCGTGTTGCTGCTTGATGTCGTGATTGGCTTCGGTGCGACCGCCGATCCTGCCGCCTCGCTGGTGAGCGCCTGGCAAAAAGCCTGTGCCGCGCGTTTAGATAATCAACCACTGTATGCCATTGCCACGGTGACAGGCACTGAACGTGACCCGCAATGCCGCTCGCAGCAAATCGCCACGCTGGAAGATGCGGGGATTGCGGTCGTGAGTTCGCTACCGGAAGC > NC_000913/547651‑548133 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |