| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,296,481 | G→A | V25M (GTG→ATG) | dolP → | division and outer membrane stress‑associated lipid‑binding lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,296,481 | 0 | G | A | 97.0% | 213.8 / NA | 67 | V25M (GTG→ATG) | dolP | division and outer membrane stress‑associated lipid‑binding lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (38/27); minor base C (2/0); total (40/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
ACCGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAGTGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGCGTAGACGGTGCCAACG > NC_000913/3296235‑3296724 | aCCGGATATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGTCGGCAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATggg > 2:149078/1‑251 (MQ=255) tATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGACGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCgc > 2:303591/1‑251 (MQ=255) tGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCACATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGGAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCACGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTACTGGGTACCgctg > 1:178814/1‑251 (MQ=255) gACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCgctg < 1:320601/250‑1 (MQ=255) 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ggAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGCGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGcc > 2:193132/1‑250 (MQ=255) tCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCAccc > 1:34213/1‑249 (MQ=255) gCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTg > 1:229792/1‑251 (MQ=255) 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ttATTTCCGCGATGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGTCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTCCCCAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGTGCGTGATCAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTCAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAACAGCTGAACTTTCGGCTcgc > 2:161825/1‑251 (MQ=255) aTTTCCGCGCAGCTGTTGCAAGATTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGATGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATCGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGACAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCgcgc > 2:142532/1‑251 (MQ=255) gcgcTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGGAATGTGTTCCGCTGCTGGGGGTACCAAAGCCGCAACGGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATTGTACCCTGGAAGTGCGCTTGAACAGCGCACTGTCGAAAGTCGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCGGGCAGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACa < 2:291729/251‑1 (MQ=255) gctgctGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGa < 2:68300/251‑1 (MQ=255) tGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATg > 1:261055/1‑251 (MQ=255) gCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATgg < 2:196438/251‑1 (MQ=255) gtgtTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGCGTAGAc < 1:289423/251‑1 (MQ=255) gCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGCGTAGACGGTGc < 1:6810/251‑1 (MQ=255) gCCGTAATGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGCGTAGACGGTGCCAACg < 1:109334/250‑1 (MQ=255) | ACCGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAAGGTTGTGTTGCCGCTGCCGTAGTGGGTACCGCTGCTGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCAGTCACCAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGCGTAGACGGTGCCAACG > NC_000913/3296235‑3296724 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |