| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,519,818 | C→T | E296K (GAA→AAA) | hofQ ← | DNA utilization protein HofQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,519,818 | 0 | C | T | 98.3% | 199.2 / NA | 60 | E296K (GAA→AAA) | hofQ | DNA utilization protein HofQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (35/24); minor base G (0/1); total (35/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAACGGTACGCTATCCTGACCCGATTTATTTTTACGGGTAAAAATGCCGCCCAGCGCCAACGTTTCTCCGCTTTTGACCTCGACCTGCGTTTCGATCTCCTGCTTATCAATCGCCAGCACTTCGCCATCGGCCTGCTGTAGCACCTGCCCCGGAACGTTCTGGCTGATGTGTAATTTCAGCCGGATGCGACCTTTTTGTAACACCGTGGGCGTGACCTCCATCCCCAGGACGGCCTCTTTAAATTCCACCGACGTCGCGCCACTTTCCCCGCTGGAAACCTGATATGGAATTTCGCTCCCCTGTTTAATGCTGGCAGGCTGAAGATGTGAGGCCAGCAGACGCGGACTGGCGATAATATCCAGCTGCTGTTTTTGTTCGAGCGCGGAAAGCTCAAGATCCAGCAAGCGTCCGTTGATGCGCCCAATGTTAAAACCGACATGCGTTGTCGCCGTCGCTACGGAGAGGTCGCTACCAAGCGTG > NC_000913/3519573‑3520053 | cAACGGTACGCTATCCTGACCCGATTTATTTTTACGGGTAAAAATGCCGACCAGCGCCAACGTTTCTCCGCTTTTGACCTCGACCTGCGTTTCGATCTCCTGCTTATCAATCGCCAGCACTTCGCCATCGGCCTGCTGTAGCACCTGCCCCGGAACGTTCTGGCTGATGTGTAATTTCAGCCGGATGCGACCTTTTTGTAACACCGTGGGCGTGACCTCCATCCCCAGGACGGCCTCTTTAAATTTCACCg > 1:372055/1‑251 (MQ=255) 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cTGACCCGATTTATTTTTACGGGTAAAAATGCCGCCCAGCGCCAACGTTTCTCCGCTTTTGACCTCGACCTGCGTTTCGATCTCCTGCTTATCAATCGCCAGCACTTCGCCATCGGCCTGCTGTAGCACCTGCCCCGGAACGTTCTGGCTGATGTGTAATTTCAGCCGGATGCGACCTTTTTGTAACACCGTGGGCGTGACCTCCATCCCCAGGACGGCCTCTTTAAATTTCACCGACGTCGCGCCACttt > 1:285477/1‑251 (MQ=255) aCCCGATTTATTTTTACGGGTAAAAATGCCGCCCAGCGCCACCGTTTCTCCGCTTTTGACCTCGAACTGCGTTTCGATCTCCTGCTTATCAATCGCCAGCACTTCGCCATCGGCCTGCTGTAGCACCTGCCCCGGCACGTTCTCGCTGTTGTGTACTTTCAGCCGGATGCGACCTTTTTGTAACACCGTGGGCGTGACCTCCATCCCCAGGCCGGCCTCTTTACATTTCACCGCCGTCGCGCCCCTTTccc > 2:22724/1‑251 (MQ=255) aCCCGATTTATTTTTACGGGTAAAAATGCCGCCCAGCGCCAACGTTTCTCCGCTTTTGACCTCGACCTGCGTTTCGATCTCCTGCTTATCAATCGCCAGCACTTCGCCACCGGCCTGCTGTAGCACCTGCCCCGGAACGTTCTGGCTGATGTGTAATTTCAGCCGGATGCGACCTTTTTGTAACACCGTGGGCGTGACCTCCATCCCCAGGACGGCCTCTTTAAATTTCACCGACGTCGCGCCACTTTccc > 1:245070/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |