| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,713,374 | C→T | R202R (CGC→CGT) | dtpA → | dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,713,374 | 0 | C | T | 97.1% | 111.1 / NA | 34 | R202R (CGC→CGT) | dtpA | dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (15/18); minor base A (1/0); total (16/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
ATTGCGGTCGGTAACGGCCTGTTTAAAGCTAACCCGTCTTCTCTGCTTTCTACATGCTATGAGAAAAACGACCCGCGTCTGGACGGTGCATTCACCATGTACTACATGTCCGTCAACATCGGCTCTTTCTTCTCTATGATTGCTACGCCGTGGCTGGCCGCGAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGCTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGTGCTGCGCGTCGTAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGC > NC_000913/1713132‑1713615 | aTTGCGGTCGGTAACGGCCTGTTTAAAGCTATCCCGTCTTCTCTGCTTTCTACATGCTATGAGAAAAACGACCCGCGTCTGGACGGTGCATTCACCATGTACTACATGTCCGTCAACATCGGCTCTTTCTTCTCTATGATTGCTACGCCGTGGCTGGCCGCGAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTa < 1:223569/250‑1 (MQ=255) aaCGGCCTGTTTAAAGCTAACCCGTCTTCTCTGCTTTCTACATGCTATGAGAAAAACGACCCGCGTCTGGACGGTGCATTCACCATGTACTACATGTCCGTCAACATCGGCTCTTTCTTCTCTATGATTGCTACGCCGTGGCTGGCCGCGAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTc < 1:180590/251‑1 (MQ=255) gTTTAAAGCTATCCCGTCCTCTCTGCTTTCTACATGCTATGAGAAAAACGACCCGCGTCTGGACGGTGCATTCACCATGTACTACATTTCCGTCAACATCGGCTCTTTCTTCGCTATGATTTCTACGCCGTGGCTGGCCGCGAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTTAGCGTTGTAGGCCTGCTGAGGACTATCGTTAACTTCGCCTGCTGCCAACGTTGGGGTAAGTAGTACgtggcagaaccag < 2:382916/251‑13 (MQ=255) tAAAGCTAACCAGTCTTCTCTGCTTTCTACATGCTATGAGAAAAACGACCCGCGTCTGGACGGTGCATTCACCATGTACTACATGTCCGTCAACATCGGCTCTTTCTTCTCTATGATTGCTACGCCGTGGCTGGCCGCGAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGTGCGTTGGAGGCCTTCTGATAACTATCGTTAATTTCGCCTTCTGCCACAGTTGGGTTAACCAGTAAGGTTCAAAACCAGACt > 2:219038/1‑251 (MQ=255) cttctCTGCTTTCTACATGCTATGAGAAAAACGACCCGCGTCTGGACGGTGCATTCACCATGTACTACATGTCCGTCAACATCGGCTCTTTCTTCTCTATGATTGCTACGCCGTGGCTGGCCGCGAAATAAGGCTGGCGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTTCCACCGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAACACAGAATTCGAGCCTTTCAAc > 2:201669/1‑251 (MQ=255) tCTACATGCTATGAGAAAAACGACCCGCGTCTGGACGGTGCATTCACCATGTACTACATGTCCGTCAACATCGGCTCTTTCTTCTCTATGATTGCTACGCCGTGGCTGGCCGCGAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACct > 2:128008/1‑251 (MQ=255) cTACATGCTATGAGAAAAACGACCCGCGTCTGGACGGTGCATTCACCATGTACTACATGTCCGTCAACATCGGCTCTTTCTTCTCTATGATTGCTACGCCGTGGCTGGCCGCGAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACctg > 1:396499/1‑251 (MQ=255) gagaAAAACGACCCGCGTCTGGACGGTGCATTCACCATGTACTACATGTCCGTCAACATCGGCTCTTTCTTCTCTATGATTGCTACGCCGTGGCTGGCCGCGAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCa < 1:75704/250‑1 (MQ=255) aCCCGCGTCTGGACGGTGCATTCACCATGTACTACATGTCCGTCAACATCGGCTCTTTCTTCTCTATGATTGCTACGCCGTGGCTGGCCGCGAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGtgtt > 1:377284/1‑251 (MQ=255) cgcgTCTGGACGGTGCATTCACCATGTGCTACATGTCCGTCAACATCGGCTCTTTCTTCTCTTTGATTGCTCCGCCGTGGCTGGCCTCGAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTtgtg < 2:228084/251‑1 (MQ=255) aCGGTGCATTCACCATGTACTACATGTCCGTCAACATCGGCTCTTTCTTCTCTATGATTGCTACGCCGTGGCTGGCCGCGAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTAt > 1:321449/1‑202 (MQ=255) aCGGTGCATTCACCATGTACTACATGTCCGTCAACATCGGCTCTTTCTTCTCTATGATTGCTACGCCGTGGCTGGCCGCGAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTAACGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTAt < 2:321449/202‑1 (MQ=255) aTTCACCATGTACTACATTTCCGTCAACATCGGCTCTTTCTTCTCTATCATTGCTACGCCGTGGCTGGCCGCGAAATACGGCTGGAGTGTTACGTTTGCTTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTCACGTTAAATTCGCCTTCTGCCAAAGTTGGGTTAAACAGTACGGTTAAAAACCAGAATTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCCCTGATCGCTATCg > 1:239726/1‑251 (MQ=255) tacATGTCCGTCAACATCGGCTCTTTCTTCTCTATGATTGCTACGCCGTGGCTGGCCGCGAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGgctgct > 1:170036/1‑251 (MQ=255) gTCCGTCAACATCGGCTCTTTCTTCTCTATGATTGCTACGCCGGGGCTGGCCGCGAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAATCCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCTCTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGcaca < 1:402816/251‑1 (MQ=255) gCTCTTTCTTCTCTATGATTGCTACGCCGTGGCTGGCCGCGAAATTCGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTgcg < 1:384420/251‑1 (MQ=255) ttcttcTCTATGATTGCTACGCCGTGGCTGGCCGCGAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGcgcg < 1:4395/248‑1 (MQ=255) ctATGATTGCTACGCCGTGGCTGGCCGCGAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCACTGATCTCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGgcg < 1:344510/248‑1 (MQ=255) tATGATTGCTACGCCGTGGCTGGCCGCGAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTgg > 1:317003/1‑251 (MQ=255) gCCGTGGCTGGCCGCGAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCACTGCTCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTTGCCt > 2:108932/1‑251 (MQ=255) cGTGGCTGGCCGCGAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGCGCGTTTTAGGCCTGCTGAGCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCGGCTGCTGACCATTATTGGTGGTGTGGCACTGATCGCTATCGCCTCGTGGCTGCTGCACAATCAGGAATTTGCGCGTATGGCGCTTGGCGTTGTTGCCTTc < 2:301801/251‑1 (MQ=255) ggctggcCGCGAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTCGCTGTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGAATTCGAGCCTTTCAACTACCGTAACCGGCTGCTGACCATTAGTGGTGGTGTGGCACTGATCTCCTTCGCCACCTGGCTGCTGTACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTTGCCTTCgg < 1:168798/250‑1 (MQ=255) cgAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGGTGTTGCCTTCGGTATCGTGGtt < 1:128008/251‑1 (MQ=255) cGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAAGCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCg < 2:325324/251‑1 (MQ=255) ggAGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTaa > 1:139887/1‑250 (MQ=255) attgtTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCGCCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTaacga < 2:65164/249‑4 (MQ=255) gtgCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACCGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGTGAAAGAAGCCTTCGCGCTGaa > 2:224414/3‑249 (MQ=255) gTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGtgctg < 1:3235/250‑1 (MQ=255) gATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTATCCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGTGCTGCGCGTCGTaaa < 1:201669/250‑1 (MQ=255) aCTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGGGCTGCGCGTCGTAAAATgct > 2:180149/1‑249 (MQ=255) tATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTACACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGTGCTGCGCGCCGTAAAATGATCg > 1:94205/1‑251 (MQ=255) cTTCGCCTTCTGCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGTGCTGCGCGTCGTAAAATGATCGTTGCCTTc > 1:406745/1‑250 (MQ=255) cTTCTGCCAACGATGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGACGCCTTCGCGATGAAAGGTGCTGCGCGTCGTAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTg > 1:265466/1‑250 (MQ=255) gCCAACGTTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGTGCTGCGCGTCGTAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGc < 1:244672/249‑1 (MQ=255) | ATTGCGGTCGGTAACGGCCTGTTTAAAGCTAACCCGTCTTCTCTGCTTTCTACATGCTATGAGAAAAACGACCCGCGTCTGGACGGTGCATTCACCATGTACTACATGTCCGTCAACATCGGCTCTTTCTTCTCTATGATTGCTACGCCGTGGCTGGCCGCGAAATACGGCTGGAGTGTTGCGTTTGCGTTGAGCGTTGTAGGCCTGCTGATCACTATCGTTAACTTCGCCTTCTGCCAACGCTGGGTTAAACAGTACGGTTCAAAACCAGACTTCGAGCCTATCAACTACCGTAACCTGCTGCTGACCATTATTGGTGTTGTGGCACTGATCGCTATCGCCACCTGGCTGCTGCACAATCAGGAAGTTGCGCGTATGGCGCTGGGCGTTGTTGCCTTCGGTATCGTGGTTATCTTCGGTAAAGAAGCCTTCGCGATGAAAGGTGCTGCGCGTCGTAAAATGATCGTTGCCTTCATCCTGATGC > NC_000913/1713132‑1713615 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |