| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 246,747 | G→T | S12S (TCG→TCT) | yafL → | NlpC/P60 family protein YafL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 246,747 | 0 | G | T | 97.3% | 116.2 / NA | 37 | S12S (TCG→TCT) | yafL | NlpC/P60 family protein YafL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (22/14); total (22/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATTGTAGCTCAAATGAGCAACAGCGACAATCCATGAGTAATTTAATAAACGGATGTTTTTACATAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTACGCCAGCACAACCGGGAGCAGATAAAACAGCATCCAGAATGGTTTCCTGCTCCG > NC_000913/246539‑246987 | aaTTGTAGCTCAAATGAGCAACAGCGACAATCCATGAGTAATTTAATACACGGATGTTTTTACATAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCATTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAgc > 2:313690/1‑251 (MQ=255) tGAGCAACAGCGACAATCCATGAGTAATTTAATAAACGGATGTTTTTACATAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGCTTGTTCAGAAACGATACGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACcacatcac > 1:41617/1‑250 (MQ=255) ccaggtgTAATTTAATAAACGGAGGTTTTTCCATAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACTATCCGGGATACACTGCAACATTAATGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTTCCGGCGATTCCATCCTTTGTATTGGCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGTC‑TCCACATCACATTTCTCTTTCAGCTAcg < 2:218937/245‑1 (MQ=255) tGAGTAATTTATTAAACGGATGTTTTTACATAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTATTAAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAATGCATGACCAGCAATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCATCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGGTTACTGTTGATTTGTTTGTCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAACTAtgccg > 2:282814/1‑251 (MQ=255) gTAATTTAATAAACGGATGTTTTTACATAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGccgccc < 1:161192/251‑1 (MQ=255) taaACGGCTGTTTTTACATAATTAACTGACATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCgg > 1:344082/1‑250 (MQ=255) tttACATAATTAACTGAGATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGTGTTACAATGCAACATTAAAGCATGACCAGACATTATTG‑AGTATGTACTTGCCGTAGATTCCATACTTTGAATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATTACATATCTCTTTCAGCTACCCCGCCCG‑CCAGAGGAAGCAAAACCGTg > 2:237794/1‑251 (MQ=255) ttACATAATTACCTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGATAAGTAACGATCCGTGATAAAATGTAACTTTTAAGCATGTCCAGCAATGATTGGAG‑ATGTCCTTGCCGTAGATTCCATCAATTGTATTGTCTGGATTATTGTTGACTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGTCTTCGCC‑ACCACATCAGTTATTTCTTTCAGCTACATCGCCCG‑CCAGCgccaccacaactatat > 2:61985/1‑236 (MQ=255) cATAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCGTGcgcg < 1:72186/251‑1 (MQ=255) tAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGCTGCAAAAACGTGCGCGTttatt > 2:113039/1‑251 (MQ=255) aCTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTCTTAAGTTTGTTCAAAAACGGTCTGTGATACACTGCAATATTGAAGCATGTACAGCAATTATAG‑TGTATGTCCTTGACGAAGATACCATCGTCTGTATTGACTGGATTACTGTTGGTTTGGTTGTCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCA‑ACGACTTCACATATCTCTTTATGCTACTCCGCCCGACCA‑CGGCTGAAAAACAGTGCGCGTatatga > 2:220180/1‑248 (MQ=255) gAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATCCACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑CCCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAAc < 1:291871/251‑1 (MQ=255) aatatatGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTa < 1:72087/250‑1 (MQ=255) aaTTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGCAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCCTGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAACACAGTACCAAACTCAt > 1:313438/1‑251 (MQ=255) aaaataatGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACTACCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGaa < 1:199325/248‑1 (MQ=255) aaccctcttccgatctgTTTGGTCAAAAACGAGCGGGGATACACTGAAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGaaaaa < 2:101511/235‑1 (MQ=255) aatGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTttct < 2:230448/141‑1 (MQ=255) aatGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTttct > 1:230448/1‑141 (MQ=255) atGGTTTATTAAGTTTGTTCAGACACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCATTTGAATTGTCTGGATTAATGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGATTATTACACCAGTCCCAAACTCATCTGAAAAAGc > 2:340283/1‑249 (MQ=255) caaGTTTGTTCAGAAACGATCCGAGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCACCCATTATTG‑AGCATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGATTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGCTGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGACCCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCtat > 2:80375/2‑251 (MQ=255) aaGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCCTGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGCTTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCTTTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACAGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCtat > 1:364577/1‑250 (MQ=255) gTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGaaaaa > 1:101511/1‑235 (MQ=255) ttGTTTAGAAACGATCCGGTATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATTTCCTTGCCGTAGAGTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTCCCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATtg < 1:305664/250‑1 (MQ=255) tGTTCAGAACCAATCCGGGATACCCTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTGTCCCTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATtgt < 1:10543/250‑1 (MQ=255) tCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGa > 2:107476/1‑250 (MQ=255) cGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCAtt > 2:90909/1‑115 (MQ=255) cGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCGTCAtt < 1:90909/115‑1 (MQ=255) cTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAgg > 1:246578/1‑251 (MQ=255) aTTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTAc < 1:113039/251‑1 (MQ=255) tAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCGGCTATATTGTGGACGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTACGc > 2:78510/1‑251 (MQ=255) gACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTACGCCAGcaca > 1:413136/1‑250 (MQ=255) tGCCGTCGATTCCTGCATTTGTATTGTCGGGATTATTGTTGTTTTGGTGGCCGTTTTCTTCCTTGGCCAGCGCCCATC‑CAGCACATTACTCTTTCAACTCCGCCGCCCG‑CCAGCCGATTCAAAATCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACCCATCTGAAAAAGCAGGTCAGCTATATTGGGGAAGGCAATGCCTAAAGCAAAAGGGCTCTGCGCCAGCACAACCGGTAGCAGATAAAACAGCaccc < 2:183275/250‑4 (MQ=255) gTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGAAAAAGGGCGCTACGCCAGCACAACCGGGAGCAGATAAAACAGCATCCAGAAt > 2:348962/1‑251 (MQ=255) ttCCATCCATGGTATTGACTGGCTAACTATTGGTTTGTTTGCCGTTTTCTTCGTTTGCCACCGCC‑ACCACATCCCATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCATGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGAAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTCCGCCAGCGCAACCGGGAGCAGCTAAAACCGCATCCAGACTGGttt > 2:184556/1‑251 (MQ=255) tCCATCCTTTGTATTGTCTGTATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTTTTCATTGGCCAGCGCC‑ACCCCATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTACGCCAGCACAACCGGGAGCAGATAAAACAGCATCCAGAATGGttt < 2:75476/250‑1 (MQ=255) ttGTATTGTCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTACGCCAGCACAACCGGGAGCAGATAAAACAGCATCCAGAATGGTTTCCTGCTCCg > 1:316705/1‑251 (MQ=255) ttGTATTGGCTGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑CCCCCATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTACGCCAGCACAACCGGGAGCAGATAAAACAGCATCCAGAATGGTTTCCTGCTc < 1:343257/249‑1 (MQ=255) | AATTGTAGCTCAAATGAGCAACAGCGACAATCCATGAGTAATTTAATAAACGGATGTTTTTACATAATTAACTGAAATATATATGTTAATTTTATAATAATGGTTTATTAAGTTTGTTCAGAAACGATCCGGGATACACTGCAACATTAAAGCATGACCAGCCATTATTG‑AGTATGTCCTTGCCGTCGATTCCATCCTTTGTATTGTCGGGATTACTGTTGATTTGTTTGCCGTTTTCTTCATTTGCCAGCGCC‑ACCACATCACATATCTCTTTCAGCTACGCCGCCCG‑CCAGCGGATGCAAAACCGTGCGCGTTTATTAAAACAGTACCAAACTCATCTGAAAAAGCAGGCCAGCTATATTGTGGAAGGCAATGCCGAAAGCAAAAGGGCGCTACGCCAGCACAACCGGGAGCAGATAAAACAGCATCCAGAATGGTTTCCTGCTCCG > NC_000913/246539‑246987 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |