Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,546,601 | C→T | I502I (ATC→ATT) | fimD → | type I fimbriae usher protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,546,601 | 0 | C | T | 97.3% | 118.2 / ‑3.7 | 37 | coding (1506/2637 nt) | fimD | type I fimbriae usher protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (21/15); minor base . (1/0); total (22/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AAAACATGGGGGCACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAGGCACGAATATTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAAC‑ATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTACAACTCACCGTTACTCAGCAACTCGGGCGCACATCAACACTGTATTTGAGTGGTAGCCATCAAACTTATTGGGGAACGAGTAATGTCGATGAGCAATTCCAGGCTGGATTAAATACTGCGTTCGAAGATATCAACTGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAAAAAC > NC_000913/4546381‑4546847 | aaagcATGGGGGCACTGGGCGCTCTGTCTGCGGATATGGCGCAGGCTGATTCCACTCTTCCCGATGACAGTCAGCATGGCGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATGACAAATCGCGCAATGAATCAGGCACGAATATGCAGTTAGTGGGTTGCCGTTTTCCGACCAGCGGATATGTTAATTGCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAAC‑ACTGAAACACAGGACGGAGTTAGTCAGGTTAAg < 1:360127/247‑1 (MQ=255) 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AAAACATGGGGGCACTGGGCGCTCTGTCTGTGGATATGACGCAGGCTAATTCCACACTTCCCGATGACAGTCAGCATGACGGACAATCGGTGCGTTTTCTCTATAACAAATCGCTCAATGAATCAGGCACGAATATTCAGTTAGTGGGTTACCGTTATTCGACCAGCGGATATTTTAATTTCGCTGATACAACATACAGTCGAATGAATGGCTACAAC‑ATCGAAACACAGGACGGAGTTATTCAGGTTAAGCCGAAATTCACCGACTATTACAACCTCGCTTATAACAAACGCGGGAAATTACAACTCACCGTTACTCAGCAACTCGGGCGCACATCAACACTGTATTTGAGTGGTAGCCATCAAACTTATTGGGGAACGAGTAATGTCGATGAGCAATTCCAGGCTGGATTAAATACTGCGTTCGAAGATATCAACTGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAAAAAC > NC_000913/4546381‑4546847 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |