| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,220,685 | A→G | F601F (TTT→TTC) | arpA ← | regulator of acetyl CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,220,685 | 0 | A | G | 97.3% | 127.3 / NA | 37 | F601F (TTT→TTC) | arpA | regulator of acetyl CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (17/19); minor base T (0/1); total (17/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GACCAAATTCAAAAGCCAACTCAAAGGCAGAGTATTTTTGTGGGGCTTTGTGTTGCCAAAAATCCATAATATCTTCAGCGGTAAATCCAAACAGGCGTGCATGGTCAGATAAAGCAAGATAAACCGTCTCTACAACATTTTGTTGTTTATGCTGTATCGCTGAAAACAAACCGGGATATTCATTAGAATTATTTGCCAGGAGGAGGGGCTTCATATTTTTTTTATCGAATTTAAACGTATTAAACAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCTGCATGGCCATAAACAAACCCGTGTCGCGCGCAAGACTTTTAGCGGTCAGAAGATCTACAATATCGGAAGCTGAAATGTTAATTTCCTGGGCTAGGCTGGGCAATGCTTCAAGAATAACTTTCACGATATCGCTATGTCCATTTTGCATCGCCAGATATAGTCCTGGGCAACCATAAAAATCCTTTGCC > NC_000913/4220444‑4220928 | gACCAAATTCAAAAGCCAACTCAAAGGCAGAGTATTTTTGTGGGGCTTTGTGTTGCCAAAAATCCATAATATCTTCAGCGGTAAATCCAAACAGGCGTGCATGGTCAGATAAAGCAAGATAAACCGTCTCTACAACATTTTGTTGTTTATGCTGTATCGCTGAAAACAAACCGGGATATTCATTAGAATTATTTGCCAGGAGGAGGGGCTTCATATTTTTTTTATCGAATTTAAACGTATTGAACAGAGTg < 1:354653/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |