| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,040,433 | C→A | A319D (GCC→GAC) | msrP → | protein‑L‑methionine sulfoxide reductase catalytic subunit MsrP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,040,433 | 0 | C | A | 94.4% | 96.0 / NA | 37 | A319D (GCC→GAC) | msrP | protein‑L‑methionine sulfoxide reductase catalytic subunit MsrP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (15/19); total (16/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 | |||||||||||
ACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGCCCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACG > NC_000913/2040191‑2040679 | aCTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTgg < 1:120267/251‑1 (MQ=255) gCCGTGGAAAGATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTGGCATCGCTg < 1:331675/250‑1 (MQ=255) ccGTTGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGACCGCCAACCACCTTGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGCCCAGGTGGCATCGCTGTa < 2:115478/251‑1 (MQ=255) ccGTGGAAATATGGCATGAAAGGGATGAAATCGATAGGCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAAGACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTGCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCTGCCAGGTGGCATCGCTGTa < 2:188227/251‑1 (MQ=255) gTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGAAGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTGGCATCGCTGTATc > 1:294390/1‑251 (MQ=255) tGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTGGCATCGATGTATCGTGGCCTgg > 1:472515/1‑251 (MQ=255) cgatagcaatgaTTAAGCTGTCCCGCGGGCGGCCGCCAAACACCTTGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTAACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCAGACCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCGGGATTTGCGGGAGAATTTCTa < 2:110123/239‑1 (MQ=255) gatcgTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTaaa < 2:381795/247‑1 (MQ=255) cAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATACGTc > 2:411662/1‑251 (MQ=255) gTATTACGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAATCACCTGGCATCTGGCAGCGCCTGACGACTACGGTTTTAACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCATGCCGACGCTCCTGTTTAATGGTTACGCCGACCCGGTGGCATCGTTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAATTGCGTCt > 2:243613/1‑250 (MQ=255) 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ccTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTTCCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGAtt < 1:101827/251‑1 (MQ=255) gAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGcc < 1:241234/251‑1 (MQ=255) gAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGCTGATCATCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGcc > 1:152404/1‑251 (MQ=255) ggTTTTTACGCCCACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAACACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGATtct > 2:410914/1‑251 (MQ=255) tACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTctggc < 1:103074/250‑1 (MQ=255) tAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGAAACAGGCTCCCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCg > 2:487090/1‑250 (MQ=255) 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cccGCGCTGGTCGCAGGCTACCGTACGATTTATTGGTTCAGCCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTCCGCCGCCCAGGTGGCATCGCTGAATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCCACAAAGTTGACAAGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGATGGTCTGTGCGATCAATCACGGTGGACTgg > 2:168725/1‑251 (MQ=255) ggTCCCAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTGCCg < 2:399736/249‑1 (MQ=255) cacaGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTGCCGATcc < 1:54221/250‑1 (MQ=255) 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tCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTg < 1:491843/250‑1 (MQ=255) cggcATCCTCGTTGCACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAACTGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACCTGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGCTCAATCACGGCGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTAATGGTCgcc > 2:464528/1‑250 (MQ=255) aTCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCgcactgc < 1:268053/251‑1 (MQ=255) 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gccgacCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACg < 1:12086/251‑1 (MQ=255) | ACTGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGCCCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCACG > NC_000913/2040191‑2040679 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |