| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,220,685 | A→G | F601F (TTT→TTC) | arpA ← | regulator of acetyl CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,220,685 | 0 | A | G | 95.5% | 70.9 / ‑3.6 | 22 | F601F (TTT→TTC) | arpA | regulator of acetyl CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (10/11); total (11/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.78e-01 | |||||||||||
TTTTTGTGGGGCTTTGTGTTGCCAAAAATCCATAATATCTTCAGCGGTAAATCCAAACAGGCGTGCATGGTCAGATAAAGCAAGATAAACCGTCTCTACAACATTTTGTTGTTTATGCTGTATCGCTGAAAACAAACCGGGATATTCATTAGAATTATTTGCCAGGAGGAGGGGCTTCATATTTTTTTTATCGAATTTAAACGTATTAAACAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCTGCATGGCCATAAACAAACCCGTGTCGCGCGCAAGACTTTTAGCGGTCAGAAGATCTACAATATCGGAAGCTGAAATGTTAATTTCCTGGGCTAGGCTGGGCAATGCTTCAAGAATAACTTTCACGATATCGCTATGTCCATTTTGCATCGCCAGATATAGTCCTGGGCAACCATAAAAATCCTTTGC > NC_000913/4220478‑4220927 | tttttGTGGGGCTTTGTGTTGCCAAAAATCCATAATATCTTCAGCGGTAAATCCAAACAGGCGTGCATGGTCAGATAAAGCAAGATAAACCGTCTCTACAACATTTTGTTGTTTATGCTGTATCGCTGAAAACAAACCGGGATATTCATTAGAATTATTTGCCAGGAGGAGGGGCTTCATATTTTTTTTATCGAATTTAAACGTATTGAACAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTc > 1:497916/1‑250 (MQ=255) tttGTGGGGCTTTGTGTTGCCAAAAATCCATAATATCTTCAGCGGTAAATCCAAACAGGCGTGCATGGTCAGATAAAGCAAGATAAACCGTCTCTACAACATTTTGTTGTTTATGCTGTATCGCTGAAAACAAACCGGGATATTCATTAGAATAATTTGCCAGGAGGAGGGGCTTCATATTTTTTTTATCGAATTTAAACGTATTGAACAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCAt < 2:431332/250‑1 (MQ=255) gtTGCCAAAAATCCATAATATCTTCAGCGGTAAATCCAAACAGGCGTGCATGGTCAGATAAAGCAAGATAAACCGTCTCTACAACATTTTGTTGTTTATGCTGTATCGCTGAAAACAAACCGGGATATTCATTAGAATTATTTGCCAGGAGGAGGGGCTTCATATTTTTTTTATCGAATTTAAACGTATTGAACAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCTGCAt < 2:366064/250‑1 (MQ=255) atatCTTCAGCGGTAAATCCAAACAGGCGTGCATGGTCAGATAAAGCAAGATAAACCGTCTCTACAACATTTTGTTGTTTATGCTGTATCGCTGAAAACAAACCGGGATATTCATTAGAATTATTTGCCAGGAGGAGGGGCTTCATATTTTTTTTATCGAATTTAAACGTATTGAACAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCTGCATGGCCATAAACAAACCCgt > 1:411904/1‑251 (MQ=255) aaCAGGCGTGCATGGTCAGATAAAGCAAGATAAACCGTCTCTACAACATTTTGTTGTTTATGCTGTATCGCTGAAAACAAACCGGGATATTCATTAGAATTATTTGCCAGGAGGAGGGGCTTCATATTTTTTTTATCGAATTTAAACGTATTGAACAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCTGCATGGCCATAAACAAACCCGTGTCGCGCGCAAGACTTTTAGc < 2:411904/251‑1 (MQ=255) aaaGCAAGATAAACCGTCTCTACAACATTTTGTTGTTTATGCTGTATCGCTGAAAACAAACCGGGATATTCATTAGAATTATTTGCCAGGAGGAGGGGCTTCATATTTTTTTTATCGAATTTAAACGTATTGAACAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCTGCATGGCCATAAACAAACCCGTGTCGCGCGCAAGACTTTTAGCGGTCAGAAGATCTACAATATc < 1:391517/251‑1 (MQ=255) tctACAACATTTTGTTGTTTATGCTGTATCGCTGAAAACAAACCGGGATATTCATTAGAATTATTTGCCAGGAGGAGGGGCTTCATATTTTTTTTATCGAATTTAAACGTATTGAACAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCTGCATGGCCATAAACAAACCCGTGTCGCGCGCAAGACTTTTAGCGGTCAGAAGATCTACAATATCGGAAGCTGAAATGTTAAt > 1:333816/1‑251 (MQ=255) acaacaTTTTGTTGTTTATGCTGTATCGCTGAAAACAAACCGGGATATTCATTAGAATTATTTGCCAGGCGGAGGGGCTTCATATTTTTTTTATCGAATTTAAACGTATTGAACAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCTGCATGGCCATAAACAAACCCGTGTCGCGCGCAAGACTTTTAGCGGTCAGAAGATCTACAATATCGGAAGCTGAAATGTTAATTTc > 1:226496/1‑251 (MQ=255) tgttTATGCTGTATCGCTGAAAACAAACCGGGATATTCATTAGAATTATTTGCCAGGAGGAGGGGCTTCATATTTTTTTTATCGAATTTAAACGTATTAAACAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCTGCATGGCCATAAACAAACCCGTGTCGCGCGCAAGACTTTTAGCGGTCAGAAGATCTACAATATCGGAAGCTGAAATGTTAATTTCCTGGGCTAGGCt > 1:387735/1‑251 (MQ=255) gCTGAAAACAAACCGGGATATTCATTAGAATTATTTGCCAGGAGGAGGGGCTTCATATTTTTTTTATCGAATTTAAACGTATTGAACAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCTGCATGGCCATAAACAAACCCGTGTCGCGCGCAAGACTTTTAGCGGTCAGAAGATCTACAATATCGGAAGCTGAAATGGTAATTTCCTGGGCTAGGCTGGGCAATGCTTCAAg < 2:135680/251‑1 (MQ=255) gAATTATTTGCCAGGAGGAGGGGCTTCATCTTTTTTTTATCGAATTTAACCGTATTGAACAGAGTGGGTAATGAGTTAAACATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCTGCATGGCCATAAACAAACCCGTGTCGCGCGCAAGACtt > 2:495960/1‑150 (MQ=255) gAATTATTTGCCAGGAGGAGGGGCTTCATATTTTTTTTATCGAATTTAAACGTATTGATCAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCTGCATGGCCATAAACAAACCCGTGTCGCGCGCAAGACtt < 1:495960/150‑1 (MQ=255) attattTGCCAGGAGGAGGGGCTGCATATTTTTTTTATCGAATTTAAACGTATTGAACAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCGGCATGGCCATAAACAAACCCGTGTCGCGCGCAAGACTTTTAGCGGTCAGAAGATCTACAATATCTGAAGCTGAAATGTTAATTTCCTGGGCTAGGCTGGGCAATGCGGCAAGAATTACTTTCAGGATATCGCTATGTCCAt < 2:451915/251‑1 (MQ=255) ttattTGCCAGGAGGAGGGGCTTCATATTTTTTTTATCGAATTTAAACGTATTGAACAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCTGCATGGCCATAAACAAACCCGTGTCGCGCGCAAGACTTTTAGCGGTCAGAAGATCTACAATATCGGAAGCTGAAATGTTAATTTCCTGGGCTAGGCTGGGCAATGCTTCAAGAATAACTTTCACGATATCGCTATGTCCAtt > 1:12787/1‑251 (MQ=255) ccAGGAGGAGGGGCTTCATATTTTTTTTATCGAATTTAAACGTATTGAACAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCTGCATGGCCATAAACAAACCCGTGTCGCGCGCAAGACTTTTAGCGGTCAGAAGATCTACAATATCGGAAGCTGAAATGGTAATTTCCTGGGCTAGGCTGGGCAATGCTTCAAGAATAACTTTCACGATATCGCTATGTCCATTTTGCATc < 1:498392/251‑1 (MQ=255) ggggCTTCATATTTTTTTTATCGAATTTAAACGTATTGAACAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCTGCATGGCCATAAACAAACCCGTGTCGCGCGCAAGACTTTTAGCGGTCAGAAGATCTACAATATCGGAAGCTGAAATGTTAATTTCCTGGGCTAGGCTGGGCAATGCTTCAAGAATAACTTTCACGATATCGCTATGTCCATTTTGCATCGCCAGatat < 2:21288/251‑1 (MQ=255) tCATATTGTTTTTATCGAAATTAAACGTATTGAACAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCTGCATTGCCATAAACAAACCCGTGTCGCGCGCAATACTTTTAGCGGTCAGAAGATCTACAATAACGGAAGCTGAAATGTTAATTTCCTGGGCTAGGCTGGGTAATGCGTCAAGAATAAGTTTCACGATAGCGCTAGGTTCAGTTTTCATCGCCATTTATAGTcc < 2:474309/250‑1 (MQ=255) cATATTTTTTTTATCGAATTTAAACGTATTGAACAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCTGCATGGCCATAAACAAACCCGTGTCGCGCGCAAGACTTTTAGCGGTCAGAAGATCTACAATATCGGAAGCTGAAATGTTAATTTCCTGGGCTAGGCTGGGCAATGCTTCAAGAATAACTTTCACGATATCGCTATGTCCATTTTGCATCGCCAGATATAGTCCTg > 2:160157/1‑251 (MQ=255) ttttttATCGAATTTAAACGTATTGAACAGCGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCTGCATGGCCATAAACAAACCCGTGTCGCGCGCAAGACTTTTAGCGGTCAGAAGATCTACAATATCGGAAGCTGAAATGTTAATTTCCTGGGCTAGGCTGGGCAATGCTTCAAGAATa > 1:341451/1‑196 (MQ=255) ttttttATCGAATTTAAACGTATTGAACAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCTGCATGGCCATAAACAAACCCGTGTCGCGCGCAAGACTTTTAGCGGTCAGAAGAGCTACAATATCGGAAGCTGAAATGTTAATTTCCTGGGCTAGGCTGGGCAATGCTTCAAGAATa < 2:341451/196‑1 (MQ=255) ttATCGAATTTAAACGTATTGAACAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCTGCATGGCCATAAACAAACCCGTGTCGCGCGCAAGACTTTTAGCGGTCAGAAGATCTACAATATCGGAAGCTGAAATGTTAATTTCCTGGGCTAGGCTGGGCAAGGCTTCAAGAATAACTTTCACGATATCGCTATGTCCATTTTGCATCGCCAGATATAGTCCTGGGCAACCAt > 2:363245/1‑250 (MQ=255) aaCGTATTGAACAGAGTGAGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGACCGCGCTGCATGGCCATAAACAAACCCGTGTCGCGCGCAAGACTTTTAGCGGTCAGAAGATCTACAATATCGGAAGCTGAAATGTTAATTTCATGGGCTAGGCTGGGCAATGCTTCAAGAATAACTTTCACGATATCGCTATGTCCATTTTGCATCGCCAGATATAGTCCTGGGCAACCATAAAAATCCttttc > 2:237415/1‑249 (MQ=255) | TTTTTGTGGGGCTTTGTGTTGCCAAAAATCCATAATATCTTCAGCGGTAAATCCAAACAGGCGTGCATGGTCAGATAAAGCAAGATAAACCGTCTCTACAACATTTTGTTGTTTATGCTGTATCGCTGAAAACAAACCGGGATATTCATTAGAATTATTTGCCAGGAGGAGGGGCTTCATATTTTTTTTATCGAATTTAAACGTATTAAACAGAGTGGGTAATGCGTTAAAAATAGTATTAATAACGTTCATGTGTCCGCGCTGCATGGCCATAAACAAACCCGTGTCGCGCGCAAGACTTTTAGCGGTCAGAAGATCTACAATATCGGAAGCTGAAATGTTAATTTCCTGGGCTAGGCTGGGCAATGCTTCAAGAATAACTTTCACGATATCGCTATGTCCATTTTGCATCGCCAGATATAGTCCTGGGCAACCATAAAAATCCTTTGC > NC_000913/4220478‑4220927 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |