| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,329,743 | G→T | D261Y (GAT→TAT) | dacB → | peptidoglycan DD‑endopeptidase DacB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,329,743 | 0 | G | T | 98.5% | 221.4 / NA | 66 | D261Y (GAT→TAT) | dacB | peptidoglycan DD‑endopeptidase DacB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (39/25); total (39/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
TACAGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAG‑TAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGC‑TGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGC‑GGGC‑CGGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTGCGCCAGC > NC_000913/3329497‑3329989 | tACAGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATg > 1:219231/1‑250 (MQ=255) aCAGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATg > 1:498688/1‑249 (MQ=255) aCAGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAg < 1:208526/251‑1 (MQ=255) aGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGtt > 2:16623/1‑251 (MQ=255) aGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGAGGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGTAATATGAGtt > 2:164183/1‑251 (MQ=255) gCCCCAAAGCCTGGTTATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCGCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTaa < 2:456432/250‑1 (MQ=255) cccAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAAc < 1:30638/251‑1 (MQ=255) 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gCCGGTGCAATGCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAG‑TAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGC‑TGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATTGC‑GGGC‑CGGGTCGGACGCCGTGCGTc < 2:51258/250‑1 (MQ=255) gTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGAGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTTACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCCG‑TAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGATTAAGATTATGC‑TGAAAACATCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCCTCAATGGGCCTGGAACATGGC‑GGGCGCGGG‑CGGACGCCGTGCGGCAGaa > 1:55036/1‑249 (MQ=255) cAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTCTCACCTGGAACGGAACACTGCTGCGCCAAACTCAGGTTAAAGAACCTGGAACGGGAGTTGCCCG‑TAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGA‑TGAAAAAATCGGACAACAAGATCGCCGATACGGGTTTTCGCATGATAAGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGccgggc‑cgggacgacgccctgagtgcgaacctg > 2:58407/1‑228 (MQ=255) cAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAG‑TAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGC‑TGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGC‑GGGC‑CGGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTg < 1:188673/251‑1 (MQ=255) gAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAG‑TAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGC‑TGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGC‑GGGC‑CGGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTGCGCCAGc < 1:22482/251‑1 (MQ=255) gAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGGATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAG‑TAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGC‑TGAAAAAGTCGGACAAAATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGC‑GGGC‑CGGGTCGGGCGCCGAGCGTCAGATCCTGCGCCAGc > 1:159827/1‑251 (MQ=255) | TACAGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAG‑TAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGC‑TGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGC‑GGGC‑CGGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTGCGCCAGC > NC_000913/3329497‑3329989 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |