| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,551,293 | 0 | T | A | 24.5% | 112.2 / 10.8 | 50 | Y145F (TAT→TTT) | yfeZ | putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (28/9); new base A (0/12); total (28/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.19e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TTCTTGCAGTGGTGTGGACGCCGTTAATTCACCCACGCCCTGCTCGCTCACTTTGGTGGACGACCCAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATAAAAACAAGCGCGTAAACGTCGATTG‑GTCAGCAGCCAGATTAACGCCACAA‑TATCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCAACAGCAACAGAAAATAGAGTACACGCCAGGTGCGAGGAAACGTAGCCCGCCGACCGCTCAACAAAAACGCCAGCACCGCCGGAATGCCAGGAATCAGCCC > NC_000913/2551046‑2551537 | ttCTTGCAGTGGTGTGGACGCCGTTAATTCACCCACGCCCTGCTCGCTCACTTTGGTGGACGACCCAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTATCTGACGACATCGTGGAACAGCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTAATTCTTTTACTTCATa < 2:304637/249‑1 (MQ=255)ttCTTGCAGTGGTGTGGACGCCGTTAATTCACCCACGCCCTGCTCGCTCACTTTGGTGGACGACCCAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATa > 1:304637/1‑249 (MQ=255) gCAGTGGTGTGGACGCCGTTAATTCACCCACGCCCTGCTCGCTCACTTTGGTGGACGACCCAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATAAAAACa < 1:450452/250‑1 (MQ=255) ggtggtgTCGACGCCGTTAATTCCCCCACGCCATGATCGCTCACTTTGGTGGACGCCCCAAACCAGTTACACGGGTTAGCCGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGTAGTGCAACTTCACCAACAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATACAAACAAgc > 2:63365/2‑251 (MQ=255) gtggtgTGGACGCCGTTAATTCACCCACGCCCTGCTCGCTCACTTTGGTGGACGACCCAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATAAAAACAAgcg > 2:84485/1‑251 (MQ=255) gtgGACGCCGTTAATTCACCCACGCCCTGCTCGCTCACTTTGGTGGACGACCCAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGACTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATAAAAACAAGCGCGTaa < 1:250038/251‑1 (MQ=255) cGCCGTTAATTCACCCCCGCCCTGCTCGCTCACTTTGGTGGACGACCCAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCGTTTACTTCATAAAAACAAGCGCGTAAACGTc < 2:434970/251‑1 (MQ=255) aaTTCACCCACGCCCTGCTCGCTCACTTTGGTGGACGACCCAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATAAAAACAAGCGCGTAAACGTCGATTG‑Gt > 1:109411/1‑251 (MQ=255) ccTGCTCGCTCACTTTGGTGGACGACCCAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATAAAAACAAGCGCGTAAACGTCGATTG‑GTCAGCAGCCAGAtt < 1:303950/251‑1 (MQ=255) cgctcgctTTGGTGGACTACCCAAACCAGTGCCACGGGTTAGCGGCAGTCCATTTAACTGACGACATCGGGGAACAGCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAGCGCAGCGATTGCATGTCACGTCCGTTAGTTATTCAATAACTTTGCTTGGAGTGCAAATGCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCGTTTACGTCAGATAAACAAGCGCTTAAACGTCTATTG‑GTGAGCAGCCTGATTAACGcc < 2:205361/251‑1 (MQ=255) cgacCCAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATAAAAACAAGCGCGTAAACGTCGATTG‑GTCAGCAGCCAGATTAACGCCACAA‑TATCCGCCACt > 2:104211/1‑250 (MQ=255) gCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATAAAAACAAGCGCGTAAAc > 1:381662/1‑181 (MQ=255) gCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATAAAAACAAGCGCGTAAAc < 2:381662/181‑1 (MQ=255) cAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATAAAAACAAGCGCGTAAACGTCGATTG‑GTCAGCAGCCAGATTAACGCCACAA‑TATCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCAcc > 1:411683/1‑251 (MQ=255) 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gacatggtgacaaagacGGTGAGCATCACTGGCCTAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGACACTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGGCGTGCAAATTCACCAAACAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATAAAAACAAGCGCGTAAAAGACGATTG‑GTCAGCAGCCCGATTAACGCCACAA‑TATCCGCCACTAACAGCGCCAGACCGACACCGCTAACGGATTCACCGTTcagcaaca > 2:55298/17‑250 (MQ=255) gacATCGTGGAACAGCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATAAAAACAAGCGCGTAAACGTCGATTG‑GTCAGCAGCCAGATTAACg < 2:343820/187‑1 (MQ=255) aTCGTGGAACAGCCGGTCCGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATAAAAACAAGCGCGTAAACGTCGATTG‑GTCAGCAGCCAGATTAACGCCACAA‑TATCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTcagccacagcc > 2:75405/1‑250 (MQ=255) ggAACAGCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATAACCACAAGCGCGTAAACGTCGATTG‑GTCAGCAGCCAGCTTAACGCCACAA‑TATCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGtt > 2:38044/1‑251 (MQ=255) ggAACAGCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATAAAACCAAGCGCGTAAACGTCGATTG‑GTCAGCAGCCAGATTAACGCCACAA‑TATCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGtt > 1:353434/1‑251 (MQ=255) gCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATAAAAACAAGCGCGTAAACGTCGATTG‑GTCAGCAGCCAGATTAACGCCACAA‑TATCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGc > 1:5397/1‑251 (MQ=255) 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aaCATTAAACGCAGCGATTTCATGTCATTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGTTTGGAGTCCAAATTCCCCAAAAAGGGCC‑GTTATTCTTTTACTCCAAAAAAACAAGCGCGAAAACGTCGATTG‑GGCAGCGGCCAGATTAACCCCCAAA‑TATCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCcaacagca < 1:56723/250‑1 (MQ=255) aCATTAAACGCAGCGATTTCATGTCCCTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCAAAAAAACAAGCGCGAAAACGTCGATTG‑GTCAGCAGCCAGATTACCCCCACAA‑TATCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCcaacagcaac < 1:401402/251‑1 (MQ=255) ggagATTTCATGTCACTCCCTTTGGTTATTAAAAAACGTTGCTGGGAGTGAAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATAAAAACAAGCGCGAAAACGACGATTG‑GTCAGCAGCCAGATAACCGCCACAA‑TATCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCAACAGCAACAGAAAATagag < 1:384154/248‑1 (MQ=255) 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ttgggTTATTCAAAACCGTTTCTTGAAGTAAAAATCCCCAAAAAAGTACC‑GTTATTCTTTTACCTAAAAAAAACAAGCTCGAAACCCCCGATGG‑GCCAGCAGCCAATTTAACGCCCCAA‑TGTCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTGGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCAACAGCAACAGAAAATAGAGTACACGCCAGGTGCGAGGa < 2:205946/247‑1 (MQ=255) tATTCAATAACGTGTCTGGGAGTCCAAATCCCCAAAAAAGTCCT‑GTTATTTTTATACTCCAAAAAAACAAGCGAGTAAACGTCGATTG‑GTCAGAATCCAGATTAACCCCAAAA‑TATCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCAACAGCAACAGAAAATAGAGTACACGCCAGGTGCGAGGAAACGTa < 2:437596/250‑1 (MQ=255) tATTAAATAACGTTGCTGGGAGTGAAAATCCACCAAAAAGGGCC‑GTTATTTTTTTACTTAAAAAAAACAAGCGCGAAACCGCCGATTG‑GTCACCAGCAAAATAAACGCCACAA‑TATCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGTTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCAACAGCAACAGAAAATAGAGTACACGCCAGGTGCGAGGAAACGTa < 1:326887/250‑1 (MQ=255) cGTTGCTTGGCGTGCAAATTCACCAAAAACTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATAAAAACAAGCGCGTAAACGTCGATTG‑GTCAGCAGCCAGATTAACGCCACAA‑TATCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAACACCACCTGCGCCAACAGCAACAGACAATAGAGTACACGCCAGGTGCGAGGAAACGTAGCccgccgccc > 2:212731/1‑248 (MQ=255) cTTGGAGTGAAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATAAAAACAAGCGCGTAAACGTCGATTG‑GTCAGCAGCCAGATTAACGCCACAA‑TATCCGCCACTACCAGCGCCAGAACGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCAACAGCAAAAGAAAATAGAGTACACGCCAGATGCGAGGAAACGTAGCCCGCCGACCGCTc > 1:415380/1‑250 (MQ=255) agtgcaccttccccAAAAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATAAAAACAAGCGCGTAAACGTCGATTG‑GTCAGCAGCCAGATTAACGCAACAA‑TATACGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGCTTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCAACAGCAACAGAAAATAGAGTACACGCCAGGTGCGAGGAAACGAGGACCGCCGACCGCTcaacaa > 2:64485/13‑250 (MQ=255) 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cc‑GTTATTCTTTTACTTCATAAAAACAAGCGCGTAAACGTCGATTG‑GTCAGCAGCCAGATTAACGCCACAA‑TATCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCAACAGCAACAGAAAATAGAGTACACGCCAGGTGCGAGGAAACGTAGCCCGCCGACCGCTCAACAAAAACGCCAGCACCGCCGGAATGc > 1:426677/1‑251 (MQ=255) gtttttCTTTTACTAAAAAAAACCAAGCGCGTAACCGCGGATGG‑GTCCGCA‑CCAAAATTACCCCACAAATATCCGCCCCTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCCCCTGCGCCAACAGCAACAGAAAATAGAGTACACGCCAGGTGCGAGGAAACGTAGCCCGCCGACCGCTCAACAAAAACGCCAGCACCGCCGGAATGcc < 2:120862/246‑1 (MQ=255) tCTTTTACTTCATAAAAACAAGCGAGTAAACGTCGATTG‑GTCAGCAGCCAGATTAACGCCACAA‑TATCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCACAGTAAAACCACCTGCGCCAACAGCAACAGAAAATAGAGTACACGCCAGGTGCGAGGAAACGTAGCCCGCCGACCGCTCAACAAACACGCCAGCACCGCCGGAATGCCCGGaa > 2:472417/1‑250 (MQ=255) cTTTTACTTCATAAAAACAAGCGCGTAAACGTCGATTG‑GTCAGCAGCCAGATTAACGCCACAA‑TATCCGCCACTAGCAGCGCCAGACCGATACCGATAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCCGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCACCAGCCACAGAAACTAGAGTACACGCCAGGTGCGAGGAAACGTAGCCCGCCGACCGCTCAACAAAAACGACAGCACCGCCGGAATGCCCGGAATc > 1:40553/1‑251 (MQ=255) tACTTCATAAAAACAAGCGAGTAAACGTCGATTG‑GAAAGCAGCCAGATTAACGCCACAA‑TCTCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCAACAGCAACAGAAAATAGAGTACACGCCAGGTGCGAGGAAACGAAGACCGCCGACAGCTCAACAAAAACGCCAGCACCGCCGGAAGGCACGGAATCAGcc > 2:285153/1‑251 (MQ=255) aCTTCATAAAAACAAGCGCGTAAACGTCGATTG‑GTCAGCAGCCAGATTAACGCCACAA‑TATCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGGTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGAGCCAACAGCAACAGAAAATAGAGAACACGCCAGGTGCGAGGAAACGTAGCCCGCCGACCGCTCAACAAAAACGCCAGCACCGCAGGAATGCCAGGAATCAGccc > 1:133174/1‑251 (MQ=255) | TTCTTGCAGTGGTGTGGACGCCGTTAATTCACCCACGCCCTGCTCGCTCACTTTGGTGGACGACCCAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGGTTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCC‑GTTATTCTTTTACTTCATAAAAACAAGCGCGTAAACGTCGATTG‑GTCAGCAGCCAGATTAACGCCACAA‑TATCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCAACAGCAACAGAAAATAGAGTACACGCCAGGTGCGAGGAAACGTAGCCCGCCGACCGCTCAACAAAAACGCCAGCACCGCCGGAATGCCAGGAATCAGCCC > NC_000913/2551046‑2551537 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |