| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,560,443 | C→G | intergenic (+577/+179) | rtcR → / ← glpG | DNA‑binding transcriptional activator RtcR/rhomboid protease GlpG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,560,443 | 0 | C | G | 98.6% | 228.7 / NA | 73 | intergenic (+577/+179) | rtcR/glpG | DNA‑binding transcriptional activator RtcR/rhomboid protease GlpG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (33/39); total (34/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTG‑ATTGAGCAGTGCGTGCGCTACC‑GCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑C‑CAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGG > NC_000913/3560198‑3560686 | tgCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAAAGTTGAGATTGTTAGTGACAATGCGCACATTGCTGTG‑CTTGAGCAGCGCGTGCGCTAAC‑GCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACCGCACCGAGCCATTGGGGCTTTGACCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGATCTTTTTCTTCGCACTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGcc > 1:444899/1‑250 (MQ=255) cGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTG‑ATTGAGCAGTGCGTGCGCTACC‑GCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCAGCGCCatg > 1:241040/1‑251 (MQ=255) cATCAACGTGTTAGCAACTTTGCGATGGTGGTTGACAATGCGCAAAGTGCTGTG‑ATTGATCTGTGTTTGCGCTCCC‑GCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCCTTGGGGATTTGCTCCTCCACTTTTCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCAGCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGt < 1:18805/251‑1 (MQ=255) cATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTG‑ATTGAGCAGTGCGTGCGCTACC‑GCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCAGCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGt > 1:105280/1‑251 (MQ=255) 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gtTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTG‑ATTGAGCAGTGCGTGCGCTACC‑GCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCCCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGACAGGCAGCGCCGCAGCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTccc > 2:164760/1‑250 (MQ=255) aGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTG‑ATTGAGCAGTGCGTGCGCTACC‑GCTTCCGGCGTGGAGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCAGCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGccc > 1:282995/1‑250 (MQ=255) aaCGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTG‑ATTGAGCAGTGCGTGCGCTACC‑GCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCAGCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGcc > 2:358000/1‑250 (MQ=255) gTTGAGATTGATGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTG‑ATTGAGCAGTGCGTGCGCTACC‑GCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGTGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGTCGTGTTAACCGAACTGGACGGCAGCGCCGCAGCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCCGCTCa > 2:124596/1‑250 (MQ=255) tGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTG‑ATTGAGCAGTGCGTGCGCTACC‑GCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCAGCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTg > 1:361937/1‑251 (MQ=255) gTGACAATGCGCAAATTGCTGTG‑ATTGAGCAGTGCGTGCGCTACC‑GTTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCTTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCAGCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCgcggcg < 1:362066/251‑1 (MQ=255) aTGCGCAAATTGCTGTG‑ATTGAGCAGTGCGGGAGCTACC‑GCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGAAGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCAGCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCCGCTCATTGAGGTCGCGGCGCATAGt > 2:397483/1‑251 (MQ=255) gcgcAAATTGCTGTG‑ATTGAGCAGTGCGTGCGCTACC‑GCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCAGCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCt > 1:48062/1‑251 (MQ=255) gCTGTG‑ATTGAGCAGTGCGTGCGCTACC‑GCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCCGCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTg > 1:101009/1‑250 (MQ=255) cTGTG‑ATTGAGCAGTGCGTGCGCTACC‑GCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCAGCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGAc > 2:102152/1‑251 (MQ=255) cTGTG‑ATTGAGCAGTGCGTGCGCTACC‑GCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCAGCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGAc > 1:115219/1‑251 (MQ=255) gtg‑ATTGAGCAGTGCGTGCGCTACC‑GCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCAGCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACgg > 1:65211/1‑251 (MQ=255) aTTGAGCAGTGCGTGCGCTACC‑GCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCAGCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACgg > 1:231388/1‑248 (MQ=255) tgatcAGTGCGTGCG‑TACCCGCTTCCGGCGTGGTGCCGTAATCGATAAACAGCGTCGGGCCAGTGGGGATTGGCTCCGCCACTTGGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCAGCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGaa < 2:371846/246‑1 (MQ=255) tGAGCAGTGCGTGCGCTACC‑GCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCAGCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGaa < 1:358000/250‑1 (MQ=255) gAGCAGTGCGTGCGCTACC‑GCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTCGCTCTGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCAGCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGaaa < 1:386271/250‑1 (MQ=255) gCAGTGCGTGCGCTACC‑GCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCAGCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGGTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGc > 1:466886/1‑251 (MQ=255) gggcgtgcgCTACC‑GCTTCCGGCGGGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTCCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCAGCGCCATGATGG‑CGCAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCATCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGctct < 1:194142/249‑1 (MQ=255) 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TGCGAAAATCTTCTTTTACCATCAACGTGTTAGCAACGTTGAGATTGTTGGTGACAATGCGCAAATTGCTGTG‑ATTGAGCAGTGCGTGCGCTACC‑GCTTCCGGCGTGGTGCCGATATCGATAAACAGCGTCGAGCCATTGGGGATTTGCTCCGCCACTTTGCGGGCGATGCGCTCTTTTTCTTCGGTCTGGGTGGCCTTGCGATCGTGCCACGGCGTGTTAACCGAACTGGAAGGCAGCGCCGCACCGCCATGATGG‑C‑CAGGATCAGGTTTTGCTCCGCCAGCTCATTGAGGTCGCGGCGAATAGTCTGCGGGCTGACGGAGAAATGCTCTACCAGCTCTTCGGTACTGACATAACCCTGCTGTTTAACCAGTTCGATAATACCGTTGTGACGTTGTGTTTGTTTCATTTATAAATCCCTGGAATTATTTTCGTTTTCGCGCATTGAGCGAATCAACAAAAGCCATCGCTAAACCCACGGCTAACCCGG > NC_000913/3560198‑3560686 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |