| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,329,743 | G→T | D261Y (GAT→TAT) | dacB → | peptidoglycan DD‑endopeptidase DacB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,329,743 | 0 | G | T | 98.5% | 217.5 / NA | 67 | D261Y (GAT→TAT) | dacB | peptidoglycan DD‑endopeptidase DacB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (26/39); total (27/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
CAGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTGCGCCAG > NC_000913/3329499‑3329988 | cAGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGt > 1:353462/1‑251 (MQ=255) 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gAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGGTAACGAACCTGGAACGGTAGGTGCCAGTAAACAGACGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATACGCGCTTCAATGTGCCTGGAACAAGGCGGGGCGGGTCgggg > 2:402232/1‑249 (MQ=255) tATGCCGGTGCAATTCTGCAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTACGCCAGAATCAGGGTAACGAACCTGGAAAAGTAGTTGCCAGGAAAACGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAACATAAACGCCGATACGGGTTTCCGCATGATAGGCCCTGCGCGGTTCAATATGCCCGGAACCTGGGGGGGCGGGTCGGAGGCCGTGCg > 2:450948/1‑251 (MQ=255) gCCGGTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGTCGGACGCCGTGCGTCa < 1:213216/251‑1 (MQ=255) ggTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGtttt < 1:255837/179‑1 (MQ=255) ggTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGGTAACGAACCTGGAACGGGAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGtttt > 2:255837/1‑179 (MQ=255) gTGCAATTCTGAACTATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCCGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTTCCAGTAAACAGTCGGCCCCg > 1:90407/1‑116 (MQ=255) gTGCAATTCTGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCg < 2:90407/116‑1 (MQ=255) aaTTCTGAAATAGGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGGCTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTgc < 2:9955/251‑1 (MQ=255) tGAAATATGAGTTAAAACAGGCGGGGATCACCTGGAGCGGGACACTGCTGCGCCAGAATCAGGTTAACGAAACTGGAACGGTAGTTGCCAGTTACCAGACGGCCCCGCTGCACGATTTGCTTAAGATTATGCCGCAAAAGTCGGACAACCTGATCGCCGATACGGTTTTCCGGATGCAAAGCCCTGGGCGGCTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGCCGGCCGCCCGGCGTCCGATccctcgcccg > 1:208010/1‑243 (MQ=255) | CAGTGCCCCAAAGCCTGGTGATATGGCTTTTATACGCGTGGCATCTTATTACCCCGTTACGATGTTCAGCCAGGTACGCACCCTCCCCCGTGGTTCTGCCGAAGCGCAATACTGCGAACTGGATGTGGTGCCAGGCGACCTGAACCGCTTTACGCTGACGGGATGCCTGCCACAACGTTCTGAGCCGCTCCCGTTGGCTTTTGCCGTGCAGGATGGAGCCAGCTATGCCGGTGCAATTCTGAAAGATGAGTTAAAACAGGCGGGTATCACCTGGAGCGGAACACTGCTGCGCCAGACTCAGGTTAACGAACCTGGAACGGTAGTTGCCAGTAAACAGTCGGCCCCGCTGCACGATCTGCTTAAGATTATGCTGAAAAAGTCGGACAACATGATCGCCGATACGGTTTTCCGCATGATAGGCCATGCGCGCTTCAATGTGCCTGGAACATGGCGGGCCGGGTCGGACGCCGTGCGTCAGATCCTGCGCCAG > NC_000913/3329499‑3329988 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |