Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,336,674 | G→A | G282R (GGG→AGG) | acnA → | aconitate hydratase 1 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,336,674 | 0 | G | A | 97.6% | 131.1 / NA | 41 | G282R (GGG→AGG) | acnA | aconitate hydratase 1 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (19/21); minor base T (0/1); total (19/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 |
ATGGATTGCTTATCCGGATACACTCGTTGGTACTGACTCGCACACCACCATGATCAACGGCCTTGGCGTGCTGGGGTGGGGCGTTGGTGGGATCGAAGCAGAAGCCGCAATGTTAGGCCAGCCGGTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACG‑TGAAGGT‑ATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAACCCGGGCGATGAACCAATTTTTACCAGTAC > NC_000913/1336430‑1336915 | aTGGATTGCTTCTCCGGATACCCTCGTTGGTACGGACTCGCCCACCCCCATGATCAACGGTCTTGGCGTGCGGGGGTGGTGCGTTGGGGGGATCGAAGCAGAAGCCGCAATGTTAGGCCAGCCGGTTTCCATGCTTTTCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACG‑TGAATGT‑ATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGAGGAAAt < 1:158351/251‑1 (MQ=255) ggATTGCTTATCCGGATACACTCGTTGGTACTGACTCGCACACCACCATGATCAACGGCCTTGGCGTGCTGGGGTGGGGCGTTGGTGGGATCGAAGCAGAAGCCGCAATGTTAGGCCAGCCGGTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACG‑TGAAGGT‑ATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGAGGCAATtc > 1:417010/1‑251 (MQ=255) aTTGCTTATCCGGATACACTCGTTGGTACTGACTCGCACACCACCATGATCAACGGCCTTGGCGTGCTGGGGTGGGGCGTTGGTGGGATCGAAGCAGAAGCCGCAATGTTAGGCCAGCCGGTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACG‑TGAAGGT‑ATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGAGGAAATtcgt > 1:441600/1‑251 (MQ=255) ttgtttATCCGAATACACCTGTTGTTACTGCCTCGCCCACCACCAGTATAAACGGCCTGGGCGTGCTGGGGTGGGGCGTTGTTGGAATCGAAGCAGAAGCCGCAATGTTAGGCCAGCCGGTTTCCATTCTTATCCCGTATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACG‑TGAAGGT‑ATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGTCGTGGTGAGTAAATtcgt < 1:381809/246‑1 (MQ=255) cgtatccggagtcacgcgttgggcgtGACTCGCACACCACCAGGATCAACGGCCTTGGCGTGCTGGGTGGGGGCGTTGGTGGGATGGAAGCAGAAGCCGCAATGTTAGGCCAGCCGGTTTCCAGGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTCCCGGAAAAGTACG‑GGAAGGT‑ATTACCGCCACAGACTTGGTGCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGAGGAAATTCGTCGaa < 2:304090/226‑1 (MQ=255) tATCCGGATACCCTCGTTGGTACTGCCTCGCACACCCCCATGATCAACGGCCTTGGCGGGCTGGGGTGGGGCGTTGGTGGGATCGAAGCAGAAGCCGCAATGTTAGGCCAGCCGGTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACG‑TGAAGGT‑ATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGAGGAAATTCGTCGaa < 1:114324/249‑1 (MQ=255) acTCGTTGGTACTGACTCGCACACCACCATGATCAACGGCCTTGGCGTGCTGGGGTGGGGCGTTGGTGGGATCGAAGCAGAAGCCGCAATGTTAGGCCAGCCGGTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACG‑TGACGGT‑ATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAACTGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGAGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATg > 1:33974/1‑251 (MQ=255) aCTGACTCGCACACCACCATGATCAACGGCCTTGGCGTGCTGGGGTGGGGCGTTGGTGGGATCGAAGCAGAAGCCGCAATGTTAGGCCAGCCGGTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACG‑TGAAGGT‑ATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGAGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTc > 1:454421/1‑251 (MQ=255) tGATCAACGGCCTTGGCGTGCTGGGGTGGGGCGTTGGTGGGATCGAAGCAGAAGCCGCAATGTTAGGCCCGCCGGTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACG‑TGAAGGT‑ATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGAGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATcgc > 2:75777/1‑251 (MQ=255) aagctgcgtggtctggttggggtggggGTTTTGTGGGACCGAGGCAAAGGCCGCAATGTTAGGCCAGCGAGTTTCCTTGCTAATCCCGGAAGTAGTGGTCTGCAATCTGTCCGGAAAATTAC‑‑TTAAGGTCTTTGCCGCCACAGACCTGTTTCGCTCTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGTGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGTTCTTGTTTCACTACTGTTCGCGTATCGCTcca < 2:450092/234‑1 (MQ=255) 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gTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACG‑TGAAGGT‑ATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGAGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGgcg > 2:50266/1‑251 (MQ=255) gggctttCAAACTTACCGGAAAATTACG‑TGAAGGT‑ATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGAGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATAGGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGc < 2:40344/246‑1 (MQ=255) gCTTCAAACTTACCGGAAAATTACG‑TGAAGGT‑ATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGAGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTAAATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCgc > 2:352468/1‑249 (MQ=255) tCAAACTTACCGAAAATTTACG‑TGAAGGT‑ATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCTCAAACATGGCGTGGTGAGGAAATTCGTCGAAGTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAg < 2:441600/249‑1 (MQ=255) aatcTTACCGGAAAATTACG‑GGAAGGT‑AGTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGAGGAAATTCGGCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTTCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGTCGCAGCGAAGATCa < 2:204883/248‑1 (MQ=255) aaCTTACCGGAAAATTACG‑TGAAGGT‑ATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGAGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCtgtg < 1:212926/186‑1 (MQ=255) aaCTTACCGGAAAATTACG‑TGAAGGT‑ATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGAGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCtgtg > 2:212926/1‑186 (MQ=255) 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ggtttACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGAGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGcc < 1:145628/248‑1 (MQ=255) aaacGCCACAGACATGGTTCTAACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGAGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTTGCCAGAATATGGTGCCACCTGGGGCTTATTCCCAATCGATGATGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCaaat < 2:110202/248‑2 (MQ=255) aGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGAGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCa < 1:75777/251‑1 (MQ=255) cACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATTGCGTGGTGAGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAAc < 2:454421/250‑1 (MQ=255) cACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGAGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTaa < 2:367501/182‑1 (MQ=255) cACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGAGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTaa > 1:367501/1‑182 (MQ=255) tACCCAAATTCTGCGCAAACAGGGCGTGGTGAGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTGCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAAGATGCCAAAGCGCAGGTCATGTGGCGTAACCCGGGc < 2:33974/250‑1 (MQ=255) 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tgctgcGCAAACATGGCGTGGTGAGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAACCCGGGCGATGAAcc > 1:279133/1‑250 (MQ=255) cAAACATGGCGTGGTGAGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAACCCGGGCGATGAACCAATTTTTa < 1:360133/251‑1 (MQ=255) aCATGGCGCGGTGAGGAAATTCGCCGACTTTTCTGGTGCTGGCCTGCATTCACTACCGTTGGCGGATACCGCCACCATTGCCACTATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGCTTACATGCGTTTAAGAGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAACTATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTACCCCGGGCGATGAACCAATTTTTAcc > 2:287555/1‑250 (MQ=255) ggCGTTGTGAGGAAAGTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCTTTGGCGGTTCGCGCCACCAGTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGTCGCAGCTAAGGTCAGGTCGAGTTGGTCTAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCAGGTGGCTTGACCCGGGCGATGAACCAATATGTACCAGTAc < 2:273445/251‑1 (MQ=255) | ATGGATTGCTTATCCGGATACACTCGTTGGTACTGACTCGCACACCACCATGATCAACGGCCTTGGCGTGCTGGGGTGGGGCGTTGGTGGGATCGAAGCAGAAGCCGCAATGTTAGGCCAGCCGGTTTCCATGCTTATCCCGGATGTAGTGGGCTTCAAACTTACCGGAAAATTACG‑TGAAGGT‑ATTACCGCCACAGACCTGGTTCTCACTGTTACCCAAATGCTGCGCAAACATGGCGTGGTGGGGAAATTCGTCGAATTTTATGGTGATGGTCTGGATTCACTACCGTTGGCGGATCGCGCCACCATTGCCAATATGTCGCCAGAATATGGTGCCACCTGTGGCTTCTTCCCAATCGATGCTGTAACCCTCGATTACATGCGTTTAAGCGGGCGCAGCGAAGATCAGGTCGAGTTGGTCGAAAAATATGCCAAAGCGCAGGGCATGTGGCGTAACCCGGGCGATGAACCAATTTTTACCAGTAC > NC_000913/1336430‑1336915 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |