Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,876,099 | C→T | L143L (CTG→TTG) | nimT → | 2‑nitroimidazole exporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,876,099 | 0 | C | T | 97.0% | 97.9 / NA | 34 | L143L (CTG→TTG) | nimT | 2‑nitroimidazole exporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (14/18); minor base G (0/1); total (15/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATC > NC_000913/1875852‑1876338 | ggCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCTTGa < 1:435450/251‑1 (MQ=255) cgcgcGACGTTTTGGTATGGCACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGGTTGCTTTTTGCAATGTCTTACTTCCAGGGTTAATTTAAAGCGGTTTTCCTCATTCCGTCGCCCGACTTACCCGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCCGCAGCAACTGGG‑TCGGCTTTgg > 2:353553/2‑251 (MQ=255) aTGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGTTCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGGTTGCATTAGGCAATGGCTTAATGCCCGGGTTTATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGGGCATATTCCTTGACACTGGGAGCGGCCGCGGCA‑CTGGGATCCGCTATGGTCGCGCCGCTGGcctt > 1:102120/1‑248 (MQ=255) gTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGGCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTtggc < 2:556146/250‑1 (MQ=255) ccGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTAAACCGGCCATTGGCGGTCAGCATGCATTACGCAATGAATTAACGCCCGGGTTAATTAAAACCCCTTTCCCTCCATCCGTCGCCCACCTTACCGGAGCCCATTCCCTGACAATGGGGGCTGACGCGGCA‑CTGGGCTCGGATATAGGCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGGTTtgggtgg‑cc > 1:278043/1‑249 (MQ=255) ttGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGCCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCCTTCCGTCGCCCGACTTACCGGCGCCTATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCC‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGGTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGGTGCt > 1:88021/1‑251 (MQ=255) gATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGGCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGTTGCTc < 1:117079/250‑1 (MQ=255) aTCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGCACAGCGGTCATTGGCGGTTGGTATGCCTTAAGCAATGTCTTACTGCCAGGAGTATTTAAACGCGATTTTCCTCATTTCGTATCCCAACTTACAGGCGCATATTCCTTTACAATTGGGGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATTGGCTATGGGCGAGCCGCTGGCGTTGGACGTTTTTAGCTGGGCAAGG‑GCGTTGCTcct > 2:33997/1‑249 (MQ=255) gtgCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGTTGCTCATGCt < 2:350316/250‑1 (MQ=255) tGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCCTTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAAAGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCCGACTTACCGGCGCATATTCCTTTACCATGGGTGCTTCAGCGGCC‑CTGGGCTCGGCTATGGTCGTGCCGCCGGCTTTTAACGGTTTTGTCTGG‑CAAGAAGCGTTGGTCCTGCttgtgt > 2:114354/1‑246 (MQ=255) ggTATCGCAATTCGCTCTCTCCCGTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTTCATTAGGCAATGTCTTACGGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGTTGCTCATGCTGAtgtg < 1:568085/251‑1 (MQ=255) gTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTg < 2:124316/203‑1 (MQ=255) gTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGGCGTGCCGCTg > 1:124316/1‑203 (MQ=255) tATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATTGCTTACTGCCCGGATTTATTAAAAGCGGTTTCCCCCATTCCGTCGCCCGACTTAACGGAGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCCGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTTGGTCCGCTGGCTTTGTACGGGTTTGGCTGG‑CCACGCGCGtgggtcactcggaggtgtt > 2:370488/1‑233 (MQ=255) aTCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGtt < 1:162009/250‑1 (MQ=255) aaTTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCGGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCctc < 2:202638/251‑1 (MQ=255) cGCTCTCTCCCTCTGCCTTACTTAGTATTTGGCGGTACAGCGGACATTGGCGGTGGGATTGCATTTGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAACCGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTTCCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCATCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTctgct < 2:178451/251‑1 (MQ=255) ctctcCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGAGGGTTTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTTATTAAACGCGATTTCCCTCTTTCCGTCGCCCGACTTTCCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCCATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTTGCTGG‑CCAGGCGCGTTTCTCATGCTGATGTGATTTCCTCTGCTGGct > 1:395079/1‑251 (MQ=255) tCGCCTTTCTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCAGTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCttttt < 2:392887/249‑1 (MQ=255) tCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCttttt < 2:101287/249‑1 (MQ=255) gCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGTGGGGATTGTCTTAGGCAATGTCTTACTGCCATTATTGATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGGCGCCAGACTTATCGGTGCATATTCCTTGACAATGGGATCTGTAGCGGCA‑CTGGGATTGGCTATGGTCGTGCCGCTTTCTTTTAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTAt < 1:299877/251‑1 (MQ=255) attTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAg < 2:122520/250‑1 (MQ=255) ttGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGGTTGGATTAAGCAAAGTCTTACTGCCCGGGTTAATTAAACGGGCTTTACCTAATTTCGTCGCCAGACTTAACGGCACATATTACTTTACAATGGGCGCTGGAGCGGCC‑ATGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTGTAACGGTTTTTGCTGG‑CAAGGCGCGGTGCTCTTTCTGATGGGTTTTCATCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTTCCACAGTgg > 1:585502/1‑251 (MQ=255) tGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTAcc < 1:120242/250‑1 (MQ=255) aaTGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACCTACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCtt > 1:167398/1‑251 (MQ=255) aTTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGCTCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CACGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACCGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCtt > 1:360906/1‑251 (MQ=255) aTTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCtt < 2:147828/251‑1 (MQ=255) cccTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGcc < 2:88021/250‑1 (MQ=255) ccGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTc > 2:127298/1‑251 (MQ=255) tCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCGTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGTGATCGGCTTTGGTCGTGTCGCTGGCTTTGATCGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTAGGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTGCCTCGCGCGCCTGACATACTCGGGGTATCGGGCGTTCTCCGCTTGCCTTGCAGGTca < 2:41409/249‑1 (MQ=255) cGCCAGACTTACCGGCGCATATTACTTGACCTTGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGGTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACCGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGGCACAt > 2:368211/1‑251 (MQ=255) cAGACTTACCGGAGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGt > 2:508791/1‑251 (MQ=255) tACCGGCGCATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCt < 1:347567/249‑1 (MQ=255) gcgcATATTCCTTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTTCTGGCTCTTTTTTTATGGCTTCCACAGTGGCGAGGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGTGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATc < 1:356820/251‑1 (MQ=255) | GGCCTTTGCGCTAATCTCACCTTTGGCTGCCCCGGTAGCGCGACGTTTTGGTATGGAACGTAGCCTGTTTGCCGCGTTACTTTTGATCTGTGCTGGTATCGCAATTCGCTCTCTCCCTTCGCCTTACTTATTATTTGGCGGTACAGCGGTCATTGGCGGTGGGATTGCATTAGGCAATGTCTTACTGCCAGGATTAATTAAACGCGATTTCCCTCATTCCGTCGCCAGACTTACCGGCGCATATTCCCTGACAATGGGAGCTGCAGCGGCA‑CTGGGATCGGCTATGGTCGTGCCGCTGGCTTTGAACGGTTTTGGCTGG‑CAAGGCGCGTTGCTCATGCTGATGTGTTTTCCTCTGCTGGCTCTTTTTTTATGGCTGCCACAGTGGCGAAGTCAACAACATGCAAATTTGAGTACCTCGCGCGCCTTACATACTCGGGGTATCTGGCGTTCACCGCTTGCCTGGCAGGTCACATTGTTTCTTGGGATC > NC_000913/1875852‑1876338 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |