| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,638,240 | G→A | L21L (TTG→TTA) | creD → | putative inner membrane protein CreD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,638,240 | 0 | G | A | 98.6% | 228.8 / NA | 71 | L21L (TTG→TTA) | creD | putative inner membrane protein CreD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (27/43); minor base C (1/0); total (28/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 | |||||||||||
GCAGCGGTCTGGGGTTGGCGTTCGTCAGTGAGGTCGCCCGTTTGTTTAAC‑GGCGAAGTCACGCTGCGCAACGTGCAGGAAGGTGGCGTGCTGGCCTCGCTTCGACTTCACCGTCACTTCACATAGCTTCAAATTCTTCCCACATAGTCTTCGTATCCTGCTGCCATTGCAAAGGAGAAGACTATGTTGAAATCCCCCCTGTTCTGGAAAATGACTAGCCTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGATTCGGCAGGTGATTGTCGAACGTGCTGATTACCGTAGCGATGTGGAAGATGCGATTCGCCAAAGTACCAGCGGGCCGCAAAAACTCGTTGGGCCGCTCATCGCTATTCCTGTGACCGAGCTTTATACGGTGCAGGAAGAGGATAAAACCGTGGAGCGGAAACGAAGTTTTATCCATTTTTGGTTACCTGAGTCATTGATGGTTGATGGCAATCAGAACGTGGAAGAACG > NC_000913/4637996‑4638485 | gcagcGGTCTGGGGTTGGCGTTCGTCAGTGAGGTCGCCCGTTTGTTTAAC‑GGCGAAGTCACGTTGCGCAACGTGCAGGAAGGTGGCGTGCTGGCCTCGCTTCGACTTCACCGTCACTTCACATAGCTTCAAATTCTTCCCACATAGTCTTCGTATCCTGCTGCCATTGCAAAGGAGAAGACTATGTTGAAATCCCCCCTGTTCTGGAAAATGACTAGCCTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTAATTCCg < 1:394412/251‑1 (MQ=255) cagcGGTCTGGGGTTGGCGTTCGTCAGTGAGGTCGCCCGTTTGTTTAAC‑GGCGAAGTCACGTTGCGCAACGTGCAGGAAGGTGGCGTGCTGGCCTCGCTTCGACTTCACCGTCACTTCACATAGCTTCAAATTCTTCCCACATAGTCTTCGTATCCTGCTGCCATTGCAAAGGAGAAGACTATGTTGAAATCCCCCCTGTTCTGGAAAATGACTAGCCTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTAATTCCg > 2:309167/1‑250 (MQ=255) agcGGTCTGGGGTTGGCGTTCGTCAGTGAGGTCGCCCGTTTGTTTAAC‑GGCGAAGTCACGTTGCGCAACGTGCAGGAAGGTGGCGTGCTGGCCTCGCTTCGACTTCACCGTCACTTCACATAGCTTCAAATTCTTCCCACATAGTCTTCGTATCCTGCTGCCATTGCAAAGGAGAAGACTATGTTGAAATCCCCCCTGTTCTGGAAAATGACTAGCCTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTAATTCCGAt > 2:143952/1‑251 (MQ=255) ggtctggagatggtgctCGTCAGAGAGGTAGCCCGTATGTT‑AACAGGCGAAGTAACGTTGCGCAACGTGCAGGGAGGTGGCGTGCGGGAATCGCTTCGAATTCAACGTCACTTCACATAGCTTCAAATTATTCCCACATAGTCTTCGTATCCTGCTGCCATTGCAAAGGCGAAGACAATGTTGAAATCCCCACTGTTCTGGAAAATGAATAGCCTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTAGTTAATTCCGATAAt > 2:583546/17‑251 (MQ=255) 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GCAGCGGTCTGGGGTTGGCGTTCGTCAGTGAGGTCGCCCGTTTGTTTAAC‑GGCGAAGTCACGCTGCGCAACGTGCAGGAAGGTGGCGTGCTGGCCTCGCTTCGACTTCACCGTCACTTCACATAGCTTCAAATTCTTCCCACATAGTCTTCGTATCCTGCTGCCATTGCAAAGGAGAAGACTATGTTGAAATCCCCCCTGTTCTGGAAAATGACTAGCCTGTTTGGTGCAGTATTGCTGTTGTTGATTCCGATAATGCTGATTCGGCAGGTGATTGTCGAACGTGCTGATTACCGTAGCGATGTGGAAGATGCGATTCGCCAAAGTACCAGCGGGCCGCAAAAACTCGTTGGGCCGCTCATCGCTATTCCTGTGACCGAGCTTTATACGGTGCAGGAAGAGGATAAAACCGTGGAGCGGAAACGAAGTTTTATCCATTTTTGGTTACCTGAGTCATTGATGGTTGATGGCAATCAGAACGTGGAAGAACG > NC_000913/4637996‑4638485 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |