| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,585,673 | C→T | W363* (TGG→TGA) | hsdR ← | type I restriction enzyme EcoKI endonuclease subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,585,673 | 0 | C | T | 98.7% | 246.6 / NA | 78 | W363* (TGG→TGA) | hsdR | type I restriction enzyme EcoKI endonuclease subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (37/39); total (38/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTACGTTTCGCCTCTACCACCGCGATGGGTTTGAGGCCGACAAACAGCACATAATCCGCAAAGCCCTGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATT > NC_000913/4585426‑4585914 | gCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGGTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCTCGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAg < 1:307294/251‑1 (MQ=255) aGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCt > 1:413309/1‑251 (MQ=255) aGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCt < 1:304903/251‑1 (MQ=255) cccAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGt < 1:222069/251‑1 (MQ=255) ccAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAACCCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAATGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGAACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGtt > 2:458515/1‑251 (MQ=255) gggTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGc < 1:388406/251‑1 (MQ=255) ggatATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATAACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCACGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCt > 2:418554/4‑251 (MQ=255) 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ttttGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGGTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTg > 2:1891/1‑251 (MQ=255) gccgTTCGCTGCCGAGCATTTCCCGCAGCTTTTTCGGGCGGTGTGACGCGGGTCACGATTTCGACTTATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCTTCCGTTGGGCGAGTAGCAGCAGGGGAATTTAAACCGTTGTTTGCCGCTAGTGTCCTGGCAGCGGGTTTCATACTCTGTCACTGCTTCATCCACTTCATCCGTTGAGTATTGCTc < 2:317880/247‑1 (MQ=255) tCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTcaagca > 2:167110/1‑250 (MQ=255) 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tCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTACGTTTCg > 2:285565/1‑234 (MQ=255) tgttgCGCGGTATTCGCGCCCGTTGCTCGAGCACCAGAAGGGGATTTTAAACCTTTGTTTCACGCTGTTGTCCTGTCCGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGCGTATTCCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTCTCGAACCATTTACTGTAGCGATACGCCTCATTGAGCCTGGCGGGCACGTCGATCTTTTTCCGTTTCGCCTCTACCCCCGCGATGGGTTTgc > 2:588627/1‑250 (MQ=255) gttgCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTACGTTTCGCCTCTACCCCCGCGATGGGTTTg > 1:552174/1‑249 (MQ=255) ggTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATCCGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTACGTTTCGCCTCTACCACCGCGATGGGTTTGAGGACGACCAACAGCACATAAtacg > 1:512791/1‑248 (MQ=255) gAGTAGCAGATGGGCCTTTTAAAACGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCCCTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGATCAAGCAAGGTTTCCCGCTGGAAGCCATTATCGCAACATTTACTGTAGAGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGCTATTGTTACGTTTCGCCTCTACCACAGCGATGGGTTTGAGGCCGACAAACAGCACATAATCCGCaa > 2:89538/1‑250 (MQ=255) gTAGCAGAAGGGGATTTTAATCCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGTTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTGCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACGCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTACGGTTCGCCTCTACCTCCGCGATGGGTTTGAGGCCGACAAACAGCACATAATCCGCAAAGc < 2:555998/251‑1 (MQ=255) 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aaaCCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTACGTTTCGCCTCTACCACCGCGATGGGTTTGAGGCCGACAAACAGCACATAATCCGCAAATCCCTGATTACCCGTTTCa < 1:163081/250‑1 (MQ=255) gttTGCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTACGTTTCGCCTCTACCACCGCGATGGGTTTGAGGCCGACAAACAGCACATAATCCGCAAAGCCCTGATTACCTGTTTCATCTTTTCCg > 1:102464/1‑251 (MQ=255) gCCGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTACGTTTCGCCTCTACCACCGCGATGGGTTTGAGGCCGACAAACAGCACATAATCCGCAAAGCCCTGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCg < 1:167110/251‑1 (MQ=255) ccGCTGGTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTACGTTTCGCCTCTACCACCGCGATGGGTTTGAGGCCGACAAACAGCACATAATCCGCAAAGCCCTGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCgg > 2:550719/1‑251 (MQ=255) ggTGTCCTGTCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTACGTTTCGCCTCTACCACCGCGATGGGTTTGAGGCCGACAAACAGCACATAATCCGCAAAGCCCTGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCAtt > 2:115664/1‑251 (MQ=255) | GCAGGCCCAGCTCGCTCATGCCAGGGTTATCGGCAAACCACTGATTCTGTTTTTGCGGTTCGCTGCCGAGCATTTCCAGCAGCTCTTCCGGGCGGTGCCACTCGGGTAAGGCTTTCGACATATTGCGGGTATCACGCACGTCGCGATACCAGATGCCGCTTTTGGTCTTCATTGTTGCGCGGTATTCGCGCCCGTTGGTCGAGTAGCAGAAGGGGATTTTAAACCGTTGTTTGCCGCTGGTGTCCTGCCAGCTGGTTTCATACTCTGGCACTGCTTCATGCACTTCATCCGGTGAGTAGTGCTCAAGCAAGGTTTCCCGCAGGAAGCCATTATCGAAACATTTACTGTAGCGATACGACTCATTGAGCCTGGCGGGAACGTCGATATTGTTACGTTTCGCCTCTACCACCGCGATGGGTTTGAGGCCGACAAACAGCACATAATCCGCAAAGCCCTGATTACCCGTTTCATCTTTTCCGGTCGGCCATT > NC_000913/4585426‑4585914 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |