| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,571,280 | C→T | E99K (GAG→AAG) | yjiR ← | fused putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase YjiR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,571,280 | 0 | C | T | 97.6% | 126.2 / NA | 42 | E99K (GAG→AAG) | yjiR | fused putative DNA‑binding transcriptional regulator/putative aminotransferase YjiR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (10/31); minor base G (0/1); total (10/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
ATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGG‑CTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTT‑AGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTACTGGCGGC‑TGGG‑CTTTACGTTGTGCGACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTCCCCGTGACGATACAGCCCTTG > NC_000913/4571033‑4571526 | aTCGTGTTAGGGCACCCGCTGGTAATGATGATGTCATCGGCGGTGCCCCCCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGG‑CTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCCCCCCCCGGCTT‑AGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAg < 2:528489/251‑1 (MQ=255)aTCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCCCCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGG‑CTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTT‑AGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAg < 1:253079/251‑1 (MQ=255) ttATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGGAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGG‑CTAACAAGTCATAACCCAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTT‑AGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCCGGGCGCTTCGACATCCCGGGGGCTTTTTCTTAACGGAAAAATGGAAATGTCGCTTTGCGCCTTCCGCATATc > 1:88224/1‑251 (MQ=255) agggcggCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGGGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCACCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGG‑CTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTGGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTT‑AGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATcc < 1:156321/244‑1 (MQ=255) 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ccTCGCTGACCGG‑CTAACAAGCCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTT‑AGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTACTGGCGGC‑TGGG‑CTTTACGTTGTGc < 1:459246/250‑1 (MQ=255) cTGACCGG‑CTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTT‑AGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGGGCTggcggacgggggtttcgggtgtcggcg > 2:131470/1‑228 (MQ=255) aaCAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTTGGCGGCCCCGCCCGGCTT‑GGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACAGCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTACTGGCGGC‑TGGG‑CTTTACGTTGTGCGACAAAATAAccc < 1:171799/249‑1 (MQ=255) aCAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTT‑AGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTACTGGCCGC‑CGGG‑CTTTTCGTTGTGTGGCAAAAAAAccccgc > 1:86297/1‑248 (MQ=255) caggcaaTAACGGAGAACGGTTTGAAAATGATGGTGCACCCCCCGGCTA‑CGCCCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGGCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCAACGGCGGTACTGGCGGC‑TGGG‑CTTGACGTTGTGCGACAAAATAACCCGAAc < 2:73348/245‑1 (MQ=255) cAAGTCATAACCGATAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTT‑AGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTACTGGCGGC‑TGGG‑GGTTTCGTTGTGGGGCaaaaataccccac > 1:553276/1‑241 (MQ=255) 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ccGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTACTGGCGGC‑TGGG‑CTTTACGTTGTGCGACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTaa < 1:131470/250‑1 (MQ=255) cGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGTGCGCTGCGCCGGACGCGTCATCGGCGGTACTGGCGGC‑TGGG‑CTTTACGTTGTGCGACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGc < 1:87428/251‑1 (MQ=255) ttGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTTCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTACTGGCGGC‑TGGG‑CTTTACGTTGTGCGACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCg < 1:77339/250‑1 (MQ=255) 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gcCTTCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTACTGGCGGC‑TGGG‑CTTTACGTTGTGCGACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTCCCCGTGACGATACAGCCCTTg < 1:337453/251‑1 (MQ=255) | ATCGAGTTATGGCAGCCGCTGGTGATGATGATGTCATCGGCGGTGACCACCGAGCCGCTGTCGAGCATCAGGCGGGCAATCTGCTCTCGCAATACTCGCTGACCGG‑CTAACAAGTCATAACCGAGAACGGTTTGCAGATTATGCTGCACCACCCGGCTT‑AGCTCCCGCCACAGCGGTTTCAGGCTGGGCGCTTCGACATCCGGTGTGCTTTTGCTTAACGGAACAATGGAACTGTCGCTATGCGCCTCCAGCATATCCAGCACCTGATCCCACTGGGTAATTTCCACCGGGCGCTGCACCGGACGCGTCATCGGCGGTACTGGCGGC‑TGGG‑CTTTACGTTGTGCGACAAAATAACCCGAACGCGGCTGCGGAGTGATGAGCTTCATCGTCTCCAGCGTCTGATACGCCTGCTGCACGGTGCTGATACTGACGCCGTGCTCCTGACTTAAGCTGCGCACCGACGGCAATTTCTCCCCGTGACGATACAGCCCTTG > NC_000913/4571033‑4571526 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |