| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,487,022 | C→T | R269C (CGT→TGT) | lptF → | lipopolysaccharide transport system protein LptF |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 4,487,022 | 0 | C | T | 96.6% | 379.9 / NA | 119 | R269C (CGT→TGT) | lptF | lipopolysaccharide transport system protein LptF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (51/62); minor base A (4/0); total (57/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TGGTGGTGGCCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCATTGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGCGTATCACGTTGGTATTCACCGTGT‑TTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATCGAACGGCGGTAA‑AGGTAAGCTGGACCCGACGCTGTGGATGTGGACCGTTAACCTGATTTATCTGGCTTTAGCGATTGTTCTCAACCTTTGGG > NC_000913/4486777‑4487262 | tggtggtggCCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCCGAACTGAACTGGTGTATc > 1:161213/1‑251 (MQ=255) ggttgtggCCGATTCCGGCCATTTAACCCAGCTGCTCGACGGCTCCCAAGTCGGCACTCCCAATCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCATGCGATCAATTGTCACCATGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGAAATGCGCACAGTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCa < 2:513729/247‑1 (MQ=255) ggtggtggCCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGGGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCa < 1:365085/251‑1 (MQ=255) gtggtggCCGATTCCGGACATTTAACCCAGCTGCGCGACGGCTCCCAGGTCGTCACTCTCAACCAGGGAACGCGCTTCGAAGGCACTGCAATGTTACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCAc > 1:444369/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |