| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,829,385 | C→T | S147S (TCC→TCT) | xanP → | xanthine:H(+) symporter XanP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,829,385 | 0 | C | T | 98.9% | 300.7 / NA | 94 | S147S (TCC→TCT) | xanP | xanthine:H(+) symporter XanP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (54/39); minor base G (0/1); total (54/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACAAGACACGCAACACATTATTAGTATGTCGCTGTTTGCCTCCGGTGTGGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGATTATGGGCGGTACCGCGCTGAAAACCGGTGGTGCTGATGTTCCTACCATGATGGCGGCTTTGTTCGGCACGTTGATGCTGGCAAGTTGCACCGAGATGGTGATCTCCCGCGTTCTGCATCTGGCGCGCCGCATTATTACGCCGCTGGTTTCTGGCGTTGTGGTGATGATTATCGGCCTGTCGCTAATTCAGGTTGGGTTAACGTCCATTGGCGGCGGTTACGCAGCCATGAGCGATAACACCTTCGGCGCACCGAAAAATCTGCTGCTGGCAGGCGTGGTCTTAGCCTTAATTATCCTGCTTAACCGTCAACGTAACCCTTACTTACGCGTGGCCTCACTGGTAATTGCGAT > NC_000913/3829138‑3829630 | cacaAGACACGCAACACATTATTAGTATGTCGCTGTTTGCCTCCGGTGTGGCATCGATTATTCAAATTAAGGCCTGGGGTCCGGTTGGCTCCGGGCTGTTGTCTATTCAGGGCACCAGCTTCAACTTTGTTGCCCCGCTGATTATGGGCGGTACCGCGCTGAAAACCGGTGGTGCTGATGTTCCTACCATGATGGCGGCTTTGTTCGGCACGTTGATGCTGGCAAGTTGCACCGAGATGGTGATCTCTcgc < 1:561181/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |