| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,633,749 | C→T | intergenic (‑1159/‑1092) | yhiJ ← / → yhiM | DUF4049 domain‑containing protein YhiJ/inner membrane protein YhiM |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,633,749 | 0 | C | T | 98.1% | 172.2 / NA | 53 | intergenic (‑1159/‑1092) | yhiJ/yhiM | DUF4049 domain‑containing protein YhiJ/inner membrane protein YhiM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (28/24); minor base G (0/1); total (28/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GATATATTTATCACCAAAAATAGTACTAAATCTATCGCCTGTATGATCCCCAAGGAAGATACAAGGGGTTATCGCATCGTCCTTTAAAAAAACATGTTGATGCAACTCATTCAAGATCATGTCTCTCGTATTTAATAAATCGTAGAGCACTTTATTATTTTTATGTTTGTATGCAGATGAAGCCATCTCTTCGTGTTTTAATAATTCACATAATAAACTCCAACCCTTTTCCCTGATGCCTATATGCCCTGAAACGAGCAATGCATAAAGTACAGCGCCTACTCTTCCATCTGTATCGCCAAAATAAGCCGTGTTGGCATTTTGTGGGTTAATCACACCACACTGTTTATAGAAGTCTATTTTTGAAAACACAGATTTAACATAGCTATCAAACTTTTCCTTAGTAAACGTCTCTTTAGAGACATCCCAACGCCAGTCAGGTTTGAAATTACCACTAAGAAGAGTAAAGAAATTTCTCG > NC_000913/3633511‑3633989 | gATATAATTAACACAAAAAATAGTACTAAATCTATCGCCTGTATGATCCCCAAGGAAGATACAAGGGGTTATCGCATCGTCCTTTAAAAAAACATGTTGATGCAACTCATTCAAGATCATGTCACTCGTATTTAATAAATCGTAGAGCACTTTATTATTTTTATGTTTGTATGCAGATGAAGCCATCTCTTCGTGTTTTAATAATTCACATAATAAACTCCAACCCTTTTCCCTGATGTCTAAATGCCCTg < 2:146400/251‑1 (MQ=255) atatatTTATCACCAAAAATAGTACTAAATCTATCGCCTGTATGATCCCCAAGGAAGATCCAAGGGGTTATCGCATCGTCCTTTAAAAAAACATGTTGATGCCACTCATTCAAGATCATGTCTCTCGTATTTACTAAATCGTAGAGCACTTTATTATTTTTATGTTTGTATGCAGCTGAAGCCATCTCTTCGTGTTTTAATAATTCACATAATAAACTCCAACCCTTTTCCCTGATGTCTATATGCCCTg > 1:29106/1‑250 (MQ=255) atatTTATCACCGAAATTACCACTACATCTATCGCCTGTCTGATCCCCCAGCACGATACAAGGGGATCTCGCCTCGTCCTTTAAAAAAACATGTTGATGCAACTCATTCAAGCTCCTGTCTCTCGTATTTAATAACTCGTAGAGCACTTTATTATTTTTATGTTTGTATGCAGATGAAGCCATATCTTCGTGTTTTAATATTTCAAATAATAAACTCCAACCCTTTTCCCTGATGTCTATATGCCCTGaa > 2:39872/1‑250 (MQ=255) atatTTATCACCAAAAATAGTACTAAATCTATCGCCTGTATGATCCCCAAGGAAGATACAAGGGGTTATCGCATCGTCCTTTAAAAAAACATGTTGATGCAACTCATTCAAGATCATGTCTCTCGTATTTAATAAATCGTAGAGCACTTTATTATTTTTATGTTTGTATGCAGATGAAGCCATCTCTTCGTGTTTTAATAATTCACATAATAAACTCCAACCCTTTTCCCTGATGTCTATAAGCCCTGaa < 2:507033/250‑1 (MQ=255) 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cAAGATCATGTCTCTCGTATTTAATAAATCGTAGAGCACTTTATTATTTTTATGTTTGTATGCAGATGAAGCCATCTCTTCGTGTTTTAATAATTCACATAATAAACTCCAACCCTTTTCCCTGATGTCTATATGCCCTGAAACGAGCAATGCATAAAGTACAGCGCCTACTCTTCCATCTGTATCGCCAAAATAAGCCGTGTTGGCATTTTGTGGGTTAATCACACCACACTGTTTATAGAAGTCTAtt < 2:233702/250‑1 (MQ=255) gATCATGTCTCTCGTATTTAATACATCGTAGCGCACTTTATTATTTTTATGTTTGTATGCAGATGAAGCCATCTCTTCGTGTTTTAATAATTCACATAATAAACTCCAACCCTTTTCCCTGATGTCTATATGCCCTGAAACGAGCAATGCATAAAGTACAGCGCCTACTCTTCCATCTGTATCGCCAAAATAAGCCGTGTTGGCATTTTGTGGGTTAATCACACCACACTGTTTATAGAAGTCTATTTTTg > 1:165414/1‑251 (MQ=255) gATCAGGTCTCTCGTATTTAATAAAGCGTAGAGCACTTTAGTATTGTTATGTTTGTATGCAGATGAAGCCATCTCTTCGTGTTTTAATAATGCACATAATAAACTCCAACCCTTTTCCCTGATGTCGATATGCCCTGAAACGAGCAATGCATAAAGTACAGCGCCTACTCTTCCATCTGTAACGCCAAAATAAGGCGGGTTGGCATTTGGTGGGTTAATCACACCACACTGTTTATAGAAGGTTATTTTTg < 2:270381/251‑1 (MQ=255) 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GATATATTTATCACCAAAAATAGTACTAAATCTATCGCCTGTATGATCCCCAAGGAAGATACAAGGGGTTATCGCATCGTCCTTTAAAAAAACATGTTGATGCAACTCATTCAAGATCATGTCTCTCGTATTTAATAAATCGTAGAGCACTTTATTATTTTTATGTTTGTATGCAGATGAAGCCATCTCTTCGTGTTTTAATAATTCACATAATAAACTCCAACCCTTTTCCCTGATGCCTATATGCCCTGAAACGAGCAATGCATAAAGTACAGCGCCTACTCTTCCATCTGTATCGCCAAAATAAGCCGTGTTGGCATTTTGTGGGTTAATCACACCACACTGTTTATAGAAGTCTATTTTTGAAAACACAGATTTAACATAGCTATCAAACTTTTCCTTAGTAAACGTCTCTTTAGAGACATCCCAACGCCAGTCAGGTTTGAAATTACCACTAAGAAGAGTAAAGAAATTTCTCG > NC_000913/3633511‑3633989 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |