| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,518,501 | C→T | intergenic (‑15/+42) | aroB ← / ← aroK | 3‑dehydroquinate synthase/shikimate kinase 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,518,501 | 0 | C | T | 95.4% | 209.4 / NA | 67 | intergenic (‑15/+42) | aroB/aroK | 3‑dehydroquinate synthase/shikimate kinase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); major base T (31/31); minor base G (0/3); total (31/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GGCTTTTATACTGCTCGCCGTCAGGGAGGATAACGCTATCGACGTTAACACCCGCCTGTTCAAGTACGCCGCGGACCTTATCGAGATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACCTTAATTACTGTACCCGCAGACGAGTGTATATAAAGCCAGAATTAGTTGCTTTCCAGCATGTGAATAATCTGGTTTGCAACCACTTTAGCGCTTTGATCATCAGTACGAATGGTCACGTCGGCAATCTCTTCATACAGCGGATTGCGTTCATTGGCCAACGCTTCCAGAACTTCACGCGGCGGTGTTTCAACGTGCAGCAACGGGCGTTTTTTATCACGCTGCGTGCGTGCAAGTTGCTTTTCGA > NC_000913/3518255‑3518745 | ggCTTTTATACTGCCCGCCGTCAGGGAGGATAACGCTATCGAAGTTAACACCCGCCTGTTCAAGTACGCCGCGGACCTTATCGAGATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGAGCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTAAGGGAAAAGAGAGGAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTaa < 1:334291/251‑1 (MQ=255) gCTTTTTTCCTGCCCGCCGTCAGGGAGGATAACGCTATCGACGTTAACACCCGCCTGTTCAAGTACGCCGCGGACCTTATCGAGATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTAAt < 1:464943/251‑1 (MQ=255) gCTTTTATACTGCTCGCCGTCAGGGAGGATAACGCTATCGACGTTAACACCCGCCTGTTCAAGTACGCCGCGGACCTTATCGAGATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTAAt < 1:167478/251‑1 (MQ=255) cTTTTATACTGCTCGCCGTAAGGGAGGATAACGCTATCGACGTTAACACCCGCCTGTTCAAGTACGCCGCGGACCTTATCGAGATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACACACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCCCTTTAAtt > 1:429286/1‑251 (MQ=255) taCTGCTCGCCGTCAGGGAGGATAACGCTATCGACGTTAACACCCGCCTGTTCACGTACGCCGCGGACCTTATCGAGATACAGAGGCGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGCTGCGTTGGTAATTGGGTAACTACGTTCTCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTAATTACTGt > 2:512084/1‑250 (MQ=255) gCTCGCCTTCAGGGGGGATAACGCTATCGCCTTTAACCGCCGCCTGTTCAAGTACGCCGCGGACCTTATCGATATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTTACCAACATGACCGGCTCGCCCGAGTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGTTTCATTAAACAAACCAGATGCGACTGTTATTGGGTAACTACTTTCCCCGATAGTAACGACAATCCTCTCAATAGCGCGACATCCACCTTAATTACTGTTccc < 2:483768/250‑1 (MQ=255) gCCGTCAGGGAGGATAACGCTATCGACGTTAACACCCGCCTGTTCAAGTACGCCGCGGACCTTATCGAGATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGGAATTGGGTAACTACGTTCCCCGAGAGTACCGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTAATTACTGTACCCGc > 1:324053/1‑248 (MQ=255) ccGTCAGGGGGGAGAACGGTATCGAGGTGACCACCCGCCTGTTCAAGTACGCCGCGGACCTTATCGAGATACAGAGGGGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACGTTAATTACTGTACCCGCAGAc < 2:494532/251‑1 (MQ=255) ccGTCAGGGAGGATAACGCTATCGACGTTAACACACGCCTGTTCAAGTACGCCGCGGACCTTATCGAGATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGGGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCGAGAGTAACGACAAACCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTAATTAGTGTACCCGCAGAc > 2:378509/1‑251 (MQ=255) gtcagaacggctaaagCTATCGTCGTTAAAATCCGCCTATTCACGCACGCCGCGGACATTATCGAGACACAAAAGCGCCCGGCATTCGTAGCTGACCAACAACAACTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTGAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTACCCGAGAGTAACGACAATCCGCTCCATAACGCGACATCCCCTTTACTTACTGTCCCCACAGACg > 2:536016/16‑250 (MQ=255) 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acacCCGCCTGTTCAAGTACGCCGCGTACCTTATCGAGATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGCCCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCGATAGTAACGACAATCCTCTCCATAACTCGACATCCACGTTAAGTACTGTTCCCGCAGACGAGTGTATATAAAGCCAGAGTTAGTTGCtg < 2:40308/251‑2 (MQ=255) acacCCGCCTGTTCAAGTACGCCGCGGACCTGATCGAGATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAACCCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTAATTACTGTACCCGCAGACGAGTGTATATAAAGCCAGAATTAGTTGCtt < 1:313369/251‑1 (MQ=255) cccGCCTGTTCAAGTACGCCGCGGACCTTATCGAGATACAGAGGCGCCACAGATTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTACACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTAAGTTCCACGAGAGTAAAGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTAATTACTGTACCCGCAGACGAGTGTATATAACGCCAGAATTAGTTACTTTcc > 1:270443/1‑251 (MQ=255) cAAGTACGCCGCGGACCTTATCGAGATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTAATTACTGTACCCGCAGACGAGTGTATATAAAGCCAGAATTAGTTGCTTTCCAGCATGTGaa < 1:294095/251‑1 (MQ=255) aGTACGCCGCGGACCTTAGCGAGATGCAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTAATTACTGTACGCTCAGACGAGTGTATATAAAGCCAGAATTAGTTGCTTTCCAGCATGTGaata < 1:552082/251‑1 (MQ=255) cgccgcGGACCTTATCGAGATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTAATTACTGTACCCGCAGACGATTGTATATAAAGCCAGAATTAGTTGCTTTCCAGCATGTGAATAATCt < 1:510754/251‑1 (MQ=255) cgccgcGGACATTGTCGAGATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCCACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTAATTACTGTACCCGCAGACGAGTGTATATAAAGCCAGAATTAGTTGCTTTCCAGCATGTGAATAATCt > 2:83471/1‑251 (MQ=255) tATCGAGATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTAATTACTGTACCCGCAGACGAGTGTATATaaa < 2:508958/203‑1 (MQ=255) tATCGAGATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTAATTACTGTACCCGCAGACGAGTGTATATaaa > 1:508958/1‑203 (MQ=255) gaggagCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGAGTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTAATTACTGTACCCGCAGACGAGGGTATATAAAGCCAGAATTAGTGGCTTTCCAGCATGTGAATAATCTGGTTTGCAACCACTGTAGCGCttt < 2:25823/251‑1 (MQ=255) gagCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTAATTACTGTACCCGCAGACGAGTGTATATAAAGCCAGAATTAGTTGCTTTCCAGCATGTGAATAATCTGGTTTGCAACCACTTTAGCGCTTTGat < 1:231747/251‑1 (MQ=255) gACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCTAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTAATTACTGTACCCGCAGACGAGTGTATATAAAGCCAGAATTAGTTGCTTTCCAGCATGTGAATAATCTGGTTTGCAACCACTTTAGCTCTTTGTTCATCAGGACGAATGGTCa < 2:90194/250‑1 (MQ=255) cAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTAATTACTGTACCCGCAGACGAGTGTATATAAAGCCAGAATTAGTTGCTTTCCAGCATGTGAATAATCTGGTTTGCAACCACTTTAGCGCTTTGATCATCAGTACGAATGGTCACGTc < 1:340036/251‑1 (MQ=255) aaCATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTAATTACTGTACCCGCAGACGAGTGTATATAAAGCCAGAATTAGTTGCTTTCCAGCATGTGCATAATCTGGTTTGCAACCACTTTAGCGCTTTGATCATCAGTACGAATGGTCACGTCg > 1:396778/1‑251 (MQ=255) aCATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATGCACTTTAATTACTGTACCCGCAGACGAGTGTATATAAAGCCAGAATTAGTTGCTTTCCAGCATGTGAATAATCTGGTTTGCAACCACTTTAGCGCTTTGAGTATCAGTTTGATTGGTCACGTCgg < 2:491271/251‑1 (MQ=255) aTGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACTTTAATTACTGTACCCGCAGACGAGTGTATATAAAGCCAGAATTAGTTGCTTTCCAGCATGTGAATAATCTGGTTTGCAACCACTTTAGCGCTTTGATCATCAGTACGAATTGTCACGTCGGCa < 1:179765/251‑1 (MQ=255) 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aaCGCGTCATCCACTTTAAGTACTGTACCCGCAGACGAGTGTATATAAAGCCAGAATTAGTTGCTTTCCAGCATGTGAATAATCTGGTTTGCAACCACTTTAGCGCTTTGATCATCAGTACTAATGGTCACGTCGGCAATCTCTTCATACAGCGGATTGCGTTCATTGGCCAACGCTTCCAGAACTTCACGCGTCGGTGTTTCAACGTTCAGCAATGGGCGTTTGTTATCACTCTGCGTGTGTGCAAGtt < 2:563416/250‑1 (MQ=255) aaCGCGACATCCACTTTAATTACTGTACCCGCAGACGAGTGTATATCAAGCCAGAATTAGTTGCTTTCCAGCATGTGAATAATCTGGGTTGCAACCACTTTAGCGCTTTGATCATCAGTACGAATGGTCACGTCGGCCATCTCTTCATACAGCGGATTGCGTTCATTGGCCCACGCTTCCAGAACTTCACGCTGCGGTGTTTCAACGTGCATCAACGGGCGTTTTTTATCCCGCTGCGTGCGTGCAAGttt > 2:97073/1‑250 (MQ=255) aaCGCGACATCCACTTTAATTACTGTACCCGCAGACGAGTGTATATAAAGCCAGAATTAGTTGCTTTCCAGCATGTGAATAATCTGGTTTGCAACCACTTTAGCGCTTTGATCATCAGTACGAATGGTCACGTCGGCAATCTCTTCATACAGCGGATTGCGTTCATTGGCCAACGCTTCCAGAACTTCACGCGGCGGTGTTTCAACGTGCAGCAACGGGCGTTTTTTATCACGCTGCGTGCGTGCAAGTTg < 1:388261/251‑1 (MQ=255) 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GGCTTTTATACTGCTCGCCGTCAGGGAGGATAACGCTATCGACGTTAACACCCGCCTGTTCAAGTACGCCGCGGACCTTATCGAGATACAGAGGAGCCAGGGTTTCGTTGGTGACCAACATGACCTGCTCGCCCGATTTCAGCGGTAAGAATGAAGCTGGTTCATTAAACAAACCAGATGCGATGGTAATTGGGTAACTACGTTCCCCGAGAGTAACGACAATCCTCTCCATAACGCGACATCCACCTTAATTACTGTACCCGCAGACGAGTGTATATAAAGCCAGAATTAGTTGCTTTCCAGCATGTGAATAATCTGGTTTGCAACCACTTTAGCGCTTTGATCATCAGTACGAATGGTCACGTCGGCAATCTCTTCATACAGCGGATTGCGTTCATTGGCCAACGCTTCCAGAACTTCACGCGGCGGTGTTTCAACGTGCAGCAACGGGCGTTTTTTATCACGCTGCGTGCGTGCAAGTTGCTTTTCGA > NC_000913/3518255‑3518745 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |