| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,240,423 | C→T | G160G (GGC→GGT) | sstT → | serine/threonine:Na(+) symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,240,423 | 0 | C | T | 98.2% | 167.8 / NA | 55 | G160G (GGC→GGT) | sstT | serine/threonine:Na(+) symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (32/21); minor base G (0/1); total (32/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.07e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
CCGCCCTATTTTGTTCCTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGCTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGG > NC_000913/3240186‑3240663 | ccGCCCTATTTTGTTCCTCTATCTGCTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGGAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCTGTTTCG‑CACTGCGTc > 2:9914/1‑251 (MQ=255) cGCCCTATTTTGTTCCTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGAAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGTAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTc > 1:347640/1‑250 (MQ=255) ttCCTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGac > 2:1071/1‑251 (MQ=255) tCCTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTTGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGac < 2:506419/250‑1 (MQ=255) tCCTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGac < 2:141440/250‑1 (MQ=255) ccTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTCGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAGTGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGacc > 2:323707/1‑250 (MQ=255) ccTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGacc > 1:15250/1‑250 (MQ=255) ctctATCTCCTGTGTACCTTCTCTGCTGCTCTAGCAAGAGGAGGCGTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGaccac > 1:496462/1‑251 (MQ=255) ctctATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGCCGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGaccac > 1:511060/1‑251 (MQ=255) ctatctaCTGCGAACCATCTCTGCTGCTCTGGCCGCACTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTCCTACCCTGCATTTATCCAGTCGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCCTCCGGCATTGTCGAAGTGCTGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAACGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGCCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTACCGGTAACGCGaccacc > 2:269091/1‑250 (MQ=255) 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ccccTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTAGCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCAGTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACGACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTa < 2:551040/249‑1 (MQ=255) cTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTACCTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAGCCTGGTTAACg > 1:299868/1‑251 (MQ=255) tctcTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTGTCCAGCCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGGTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAATCCTGGTTAACg < 1:61255/249‑1 (MQ=255) gctCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGa > 1:395643/1‑250 (MQ=255) ggCCGCAGTATTCTTCAGCGTTGCCCTCCCCTCTCCCCTGCATTTTCCCAGTAGCTCGGGTTATTTTTCGCCGCTGGCAGTCCTTGTCGAAGTGATGCTCGGGCTTGTTATGAGCTTTTTCTCCAACCCCAGCGTCGCGCTGCTGAAATGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGTTTTCG‑CACTGCTTCACGGTAACGATACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCg < 2:211636/251‑1 (MQ=255) gCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGt < 1:374982/251‑1 (MQ=255) ccttctcttcTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACTCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCG‑CTTCGGCACTGCGTCGCTGTAACGAGACCACCAAAAATCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTc < 1:269091/251‑1 (MQ=255) cccttcTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCAttc > 1:519566/1‑251 (MQ=255) aCCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCAttcgctt < 1:542528/248‑1 (MQ=255) 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gggTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTgg < 1:44529/251‑1 (MQ=255) cgccgcCGGCCGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCGTCGACGGGCTGCGGAAAGGTAACGACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGGCGAATGCCGTGACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTAcc < 2:496462/251‑1 (MQ=255) gccgTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTgg > 2:512299/1‑251 (MQ=255) ttGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGt > 1:201212/1‑251 (MQ=255) tGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGt < 2:168895/250‑1 (MQ=255) gATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAACCCTGGTTAACGATATGTCGACTGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCacac > 1:216191/1‑251 (MQ=255) 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ggTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCGCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTTGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGgc < 1:508166/251‑1 (MQ=255) gTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTg > 1:242627/1‑144 (MQ=255) gTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATAGGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTg < 2:242627/144‑1 (MQ=255) tAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGTTTCG‑CACTCCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAAACTGGTTAACGACATGTCGAATGCCGTTACATTTCTGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGgcgc > 1:39257/1‑251 (MQ=255) 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aTCGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCtggtgtggtg > 1:421668/1‑251 (MQ=255) cGGCCTCGGTTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGATAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGAAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGtggtgg > 1:546804/1‑250 (MQ=255) | CCGCCCTATTTTGTTCCTCTATCTACTGGGCACCTTCTCTGCTGCTCTGGCCGCAGTAGTCTTCAGCTTTGCCTTCCCTTCTACCCTGCATTTATCCAGTAGCGCGGGTGATATTTCGCCGCCGTCAGGCATTGTCGAAGTGATGCGCGGGCTGGTAATGAGCATGGTTTCCAACCCCATCGACGCGCTGCTGAAAGGTAACTACATCGGGATTCTGGTGTGGGCGATCGGCCTCGGCTTCG‑CACTGCGTCACGGTAACGAGACCACCAAAAACCTGGTTAACGATATGTCGAATGCCGTTACCTTTATGGTGAAACTGGTCATTCGCTTCGCACCGATTGGTATTTTTGGGCTGGTTTCTTCTACCCTGGCAACCACCGGTTTCTCCACACTGTGGGGCTACGCGCAACTGCTGGTCGTGCTGGTTGGCTGTATGTTACTGGTGGCGCTGGTGGTTAACCCATTGCTGGTGTGGTGG > NC_000913/3240186‑3240663 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |