| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,179,383 | G→A | K423K (AAG→AAA) | tolC → | outer membrane channel TolC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,179,383 | 0 | G | A | 98.5% | 227.9 / NA | 68 | K423K (AAG→AAA) | tolC | outer membrane channel TolC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (25/42); minor base C (1/0); total (26/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.82e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGTCGTGCAGACCGTGCGTTCCTCCTTCAACAACATTAATGCATCTATCAGTAGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAGTCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCACTAATCCGGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCGGCACCAGTCGTTCAGCAAACATCCGCACGCACTACCACCAGTAACGGTCATAACCCTTTCCGTAACTGATGACGACGACGGGGCTTCGGCCCCGTC > NC_000913/3179145‑3179623 | gCGTCGTGCAGACCGTGCGTTCCTCCTTCAACAACATTAATGCATCTATCAGTAGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGt < 1:121659/251‑1 (MQ=255) gtcgtGCAGACCGTGCGTTCCTCCTTCAACAACATTAATGCATCTATCAGTAGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTAc < 1:408439/251‑1 (MQ=255) cccaaccgttgttccctcctTCAACAACATAAATGCATCTAGCAGTAGCATTACCGCCTCCAAACAAGCCGTAGTTTCCTCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGGTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGa < 2:16023/237‑1 (MQ=255) cAGACCGTGCGTTCCTCCTTCAACAACATTAATGCATCTATCAGTAGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGaa < 1:158207/251‑1 (MQ=255) aCCGTGCGTTCCTCCTTCAACAAAATTAAGGCACCTATCAGTAGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTTTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCTAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTTGGTACGTTTAACGa < 2:393697/251‑1 (MQ=255) gTGCGTTCCTCCTTAAACAACATTAATGCACCTATCAGTAGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCa < 2:169885/251‑1 (MQ=255) gCGTTCCCCCTTCAACAACATTAATGCATCTATCAGTAGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAg < 1:212124/250‑1 (MQ=255) 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aCCTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTTCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCTGTTTCCACTAATCCGGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCGATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCGGCACCAGTCGTTCAGCAATCATCCGCACGCACTTCCACCAGTAACGGTCATAACCCTTCCCTTATCTGATGacgacgacg < 2:394158/250‑1 (MQ=255) aCCTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCACTAATCCGGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCGGCACCAGTCGTTCAGCAAACATCCGCACGCACTACCACCAGTAACGGTCATAACCCTTTCCGTAACTGATGACGACGACgg > 2:87620/1‑251 (MQ=255) aCCTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCACTAATCCGGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCGGCACCAGTCGTTCAGCAAACATCCGCACGCACTACCACCAGTAACGGTCATAACCCTTTCCGTAACTGATGACGACGACgg > 1:454646/1‑251 (MQ=255) ccTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCACTAATCCGGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCGGCACCAGTCGTTCAGCAAACATCCGCACGCACTACCACCAGTAACGGTCATAACCCTTTCCGTAACTGATGACGACGACggg > 1:23505/1‑251 (MQ=255) gATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCACTAATCCGGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCGGCACCAGTCGTTCAGCAAACATCCGCACGCACTACCACCAGTAACGGTCATAACCCTTTCCGTAACTGATGACGACGACgggg < 1:133712/249‑1 (MQ=255) tAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCACTAATCCGGACAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGATATGCGCCTGATAGCCCGGCACCCGTCGTTCAGCAAACATCcgca > 1:566493/1‑190 (MQ=255) tAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCACTAATCCGGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCGGCACCAGTCGTTCAGCAAACATCCGCACGCACTACCACCAGTAACGGTCATAACCCTTTCCGTAACTGATGACGACGACGGGGCTTc < 1:34640/250‑1 (MQ=255) tAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCACTAATCCGGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCGGCACCAGTCGTTCAGCAAACATCCGCACGCACTACCACCAGTAACGGTCATAACCCTTTCCGTAACTGATGACGACGACGGGGCTTc < 1:585836/250‑1 (MQ=255) tAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTGCCACTAATCCGGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTTGTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCGGCACCAGTCGTTCAGCATACATCcgca < 2:566493/190‑1 (MQ=255) agcttaagatTAAATCAGCTCTGGGTACGTTTAACGAGCAGGATCTGCTGTCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCACTAAGCCGGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCGGCACCAGTCGTTCAGCAAACATCCGCACGCACTACCACCAGTAACGGTCATAACCCTTTCCGTAACTGATGACGACGACGGGGCTTCGGcccc < 1:361245/243‑1 (MQ=255) taaTATTAAATCAGCTCTGGGGACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTGTCCACTAATCCTGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCGGCACCAGTCGTTCAGCAAACATCCGCACGCACTACCTCCATTAACGGTCATAACCCTTTCCGTAACTGATGACGACGACGGGGCTTCGGCCCCGTc < 2:504582/249‑1 (MQ=255) aaTATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCACTAATCCGGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCg > 1:202144/1‑153 (MQ=255) aaTATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCACTAATCCGGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCg < 2:202144/153‑1 (MQ=255) | GCGTCGTGCAGACCGTGCGTTCCTCCTTCAACAACATTAATGCATCTATCAGTAGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAGTCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCACTAATCCGGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCGGCACCAGTCGTTCAGCAAACATCCGCACGCACTACCACCAGTAACGGTCATAACCCTTTCCGTAACTGATGACGACGACGGGGCTTCGGCCCCGTC > NC_000913/3179145‑3179623 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |