| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 469,271 | G→A | G134E (GGG→GAG) | mdlA → | ABC transporter family protein MdlA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 469,271 | 0 | G | A | 88.1% | 172.8 / ‑1.5 | 67 | G134E (GGG→GAG) | mdlA | ABC transporter family protein MdlA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/0); new base A (26/33); total (34/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.91e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCGGGCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGC‑GTCGTGTTTGCCGCCGG‑AGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAG > NC_000913/469027‑469504 | acCGGGCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGGGCTGATTGCCGTTGTGTGTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGC‑GTCGTGTTTGCCGCCGG‑AGAAGAGGTGc < 2:296529/250‑1 (MQ=255) cGGGCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGC‑GTCGTGTTTGCCGCCGG‑AGAAGAGGTGCTGa < 1:510583/251‑1 (MQ=255) aGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGC‑GTCGTGTTTGCCGCCGG‑AGAAGAGGTGCTGACGCtg < 1:428949/251‑1 (MQ=255) ccTGATGTGGATCGCCACCAAGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGGTTGGTGCGTCTTAGCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGGCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGC‑GTCGTGTTTGCCGCCGG‑AGAAGAGGTGCTTCCGCtggtg < 2:255568/250‑1 (MQ=255) cTGATGTGGATCGCCAACATGGTGCTGATTGCCGTTGGGGTTTATATCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGAGCGTCTTATCAACTGGGTGGTGAAATGCGTGAAGATTATGACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACAGGTTACCTCATGGCTCGTGGGAACAAAGGCGTCGAACGC‑GTCGTGTTTGGC‑CCGGCAGGAGGGGTGCGGACggaggtggg > 2:428708/1‑243 (MQ=255) aTGTGGGTCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTTACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGC‑GTCGTGTTTGCCGCCGG‑AGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTc < 2:419204/251‑1 (MQ=255) ccaTGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGCTCGC‑GTCGGGTTTGCCGCCCG‑AGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGGGGTGGGc > 2:549688/1‑251 (MQ=255) 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ggTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGC‑GTCGTGTTTGCCGCCGG‑AGAAGGGGTGCTGACGCTGGGGGATTCCCTGGTGATGGGCTGCGCTGTGGTGTTTAtgttgt > 1:15349/1‑251 (MQ=255) gTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGGGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGCCCCATGCCGTCGATCCC‑CGCGGGTTTTCCGCCGG‑GGAAGAGGGGGTTCCGCTGGTGGGTTCACTGGTGGTGGGCCgcgccgggtttgttatggtggc > 2:344860/1‑233 (MQ=255) ttATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGCTTATTACCGTCAGCTAAACCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGGCGTCGCTCGC‑GTCGTGTTTGCCGCCGG‑AGGAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTTTGATGTCt > 1:259905/1‑250 (MQ=255) 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gTGCGACCAATGACGTCGATCGC‑GTCGTGTTTGCCGCCGG‑AGAAGAGGCGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGa > 2:586721/1‑250 (MQ=255) aaTGACGTCGATCGC‑GTCGTGTTTGCCGCCGG‑AGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCAc > 2:75878/1‑251 (MQ=255) aaTGACGTCGATCGC‑GTCGTGTTTGCCGCCGG‑AGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCAc > 1:500529/1‑251 (MQ=255) aTGACGTCGATCGC‑GTCGTGTTTGCCGCCGG‑AGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCAcc < 2:440857/251‑1 (MQ=255) aCGTCGATCGC‑GTCGTGTTTGCCGCCGG‑AGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGt > 1:141721/1‑251 (MQ=255) cGATCGC‑GTCTTGTTTGCCGCCGG‑AGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATcc < 1:481668/251‑1 (MQ=255) gtgtTTGCCGCCGG‑AGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCa > 2:178083/1‑250 (MQ=255) gtgtTTGCCGCCGG‑AGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCa > 2:174359/1‑250 (MQ=255) gtTTGCCGCCGG‑AGAAGAGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAg < 1:523295/251‑1 (MQ=255) | ACCGGGCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGGCTCGTGCGACCAATGACGTCGATCGC‑GTCGTGTTTGCCGCCGG‑AGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTAGCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATGCTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAAAG > NC_000913/469027‑469504 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |