| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,040,433 | C→A | A319D (GCC→GAC) | msrP → | protein‑L‑methionine sulfoxide reductase catalytic subunit MsrP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,040,433 | 0 | C | A | 95.1% | 125.6 / NA | 42 | A319D (GCC→GAC) | msrP | protein‑L‑methionine sulfoxide reductase catalytic subunit MsrP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base A (18/21); minor base T (0/2); total (19/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGCGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGCCCAGGTGGCATCGCTGTATCGTGGCCTGGATTTGCGGGAGAATTTCTAAATGCGTCTGACAGCAAAACAGGTGACATGGCTGAAAGTTTGCCTGCATCTTGCCGGATTGTTGCCGTTTCTCTGGCTGGTCTGGGCGATCAATCACGGTGGACTGGGTGCCGATCCGGTGAAAGATATTCAGCATTTTACTGGTCGCACTGCACTGAAATTTTTGCTGGCGACCTTGTTAATCACCCCTCTGGCAC > NC_000913/2040193‑2040678 | tGATTGTGCCGTGGAAATATGGCTTTAAAGGGATTAAATCGATAGTCAGTATTAAGCTGACCCGCGAGCGTCCGCCAACCACCTGGAATCTGGCAGTGCCTGACGAATACGGTTTTTACGCCAACGTTAATCCGTATGTTGATCACCCGCGCTGGTCACAGGCTACCGAACGATTTATTGGTTCAGGCGGCATCCTCGATGTACAGCGCCAGCCAACGCTACTGTTTAATGGTTACGCCGACCAGGTGGcc > 1:129210/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |