| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,553,671 | C→T | F257F (TTC→TTT) | uxuB → | D‑mannonate oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,553,671 | 0 | C | T | 99.1% | 359.0 / ‑5.8 | 105 | F257F (TTC→TTT) | uxuB | D‑mannonate oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (55/49); minor base G (0/1); total (55/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
AGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAG‑CTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAGTTCGTTGCAGACGTTGTGCCGTTCGAAATGATGAAGCTGCGTATGCTGAACGGCAGCCACTCTTTTCTGGCGTACCTCGGTTACCTCGGCGGCTATGAAACCATTGCCGACACCGTGACTAACCCGGCTTATCGCAAAGCGGCCTTTGCCCTGATGATGCAGGAACAAGCGCCAACGCT > NC_000913/4553425‑4553916 | aGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAG‑CTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTc > 1:112967/1‑251 (MQ=255) tGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTTCTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATTGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAG‑CTTGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGTg < 1:48318/250‑1 (MQ=255) tGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTTAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAATCCTTACAGGAAATGGCTGACCAG‑CTTGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCGGCGAACCGTTTCGTCAGTg < 1:65814/250‑1 (MQ=255) aaGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAG‑CTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTg < 1:116560/251‑1 (MQ=255) aGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAG‑CTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTg > 1:81688/1‑250 (MQ=255) cGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAG‑CTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGAtt < 2:61426/251‑1 (MQ=255) tACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAG‑CTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGATTGa > 1:9045/1‑249 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |