Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,501,500 | C→T | L81L (CTG→TTG) | yjgZ → | uncharacterized protein YjgZ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,501,500 | 0 | C | T | 97.4% | 261.3 / NA | 77 | L81L (CTG→TTG) | yjgZ | uncharacterized protein YjgZ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (34/41); minor base G (0/2); total (34/43) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCCTTTTGTTACCTCCTGGACCGCTTCTTGTCCTTCCAGTCGGAGCGAGAGTTAGCCGGGGCGGACTTTCACCGACGGAAAGATCGTGCATTTCAAGGCACACACAACAATATCTGCGAGCGTGCTATCCGTCCGGTCGTTATGGGACGAAAGGCCTGGTTGTTCGCTGGTTCACTGGTGGCCGGGAACCGCGCGGCACAGATAATGAGCCTTCTGGGAACCGCAGTCTGGAGCCACATGCTTGGCTGACGGACGTCCTGACGCGTCTGCCGGAGTGGCCGGAGGAGAGGTTGGCTGAGTTACTGCCTCTTGAGGGCTTTACCTTCTTCGGGTAAGTGATACCTGCCGTCAGGTGTTTGTGCACCGGGCCATAACCTGCAGTTGGGAATTGAACGCCTGACAACAGGAAATGAGCTAGAGCAGTAAACAC‑GCGGGCTGACAATGGGTCAGAATATGAGTTAGCCCGGCGTTATTCCTGGGGTCAGTAC > NC_000913/4501255‑4501742 | cccTTTTGTTACCTCCTGGACCGCTTCTTGTCCTTCCAGTCGGAGCGAGAGTTAGCCGGGGCGGACTTTCACCGACGGAAAGATCGTGCATTTCAAGGCACACACAACAATATCTGCGAGCGTGCTATCCGTCCGGTCGTTATGGGACGAAAGGCCTGGTTGTTCGCTGGTTCACTGGTGGCCGGGAACCGCGCGGCACAGATAATGAGCCTTCTGGGAACCGCAGTCTGGAGCCACATGCTTGGTTgacg < 1:216201/251‑1 (MQ=255) tttGTTACCTCCTGGACCGCTTCTTGTCCTTCCAGTCGGAGCGAGAGTTAGCCGGGGCGGACTTTCACCGCCGGAAAGATCGTGCATTTCAAGGCACACACAACAATATCTGCGAGCGTGCTATCCGTCCGGTCGTTATGGGACGAAAGGCCTGGTTGTTCGCTGGTTCACTGGTGGCCGGGAACCGCGCGGCACAGATAATGAGCCTTCTGGGACCCGCAGTCTGGAGCAACATGCTTGGTTgacggacg > 2:216618/1‑251 (MQ=255) gttGTTACCTTCTGGACCTCTTCTTGTCCTTCCAGTCGGAGCGAGAGTTAGCCGGGGCGGACTTTCACCGACGGAAAGATCGTGCATTTCAAGGCACACACAACAATATCTGCGAGCGCGCTATCCGTCCGGTCGTTATGGGACGAAAGGCCTGGTTGTTCGCTGGTTCACTGGTGGCCGGGAACCGCGCGGCACAGATAATGAGCCTTCTGGGAACCGCAGTCTGGAGCCACATGCTTGGTTgacggacg < 2:98736/250‑1 (MQ=255) ttACCTCCTGGACCGCTTCTTGTCCTTCCAGTCGGAGCGAGAGTTAGCCGGGGCGGACTTTCACCGACGGAAAGATCGTGCATTTCAAGGCACACACAACAATATCTGCGAGCGTGCTATCCGTCCGGTCGTTATGGGACGAAAGGCCTGGTTGTTCGCTGGTTCACTGGTGGCCGGGAACCGCGCGGCACAGATAATGAGCCTTCTGGGAACCGCAGTCTGGAGCCACATGCTTGGTTGACGGACGTCCt > 2:108126/1‑251 (MQ=255) 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gCCTGGTTGTTCGCTGGTTCACTGGGGGCCGGGACCCGCGCGGCACAGATAATGAGCCTTCTGGGAACCGCAGTCTGGCGCCACATGCTTGGTTGACGGACGTCCTGACGCGTCTGCCGGAGTGGCCGGAGGAGAGGTTGGCTGAGTTACTGCCTCTTGAGGGCTTTACCTTCTTCGGGTAAGTGATACCTGCCGTCAGGTGTTTGTGCACCGGGCCATAACCTGCAGTTGGGAATTGAACGCCGGacaac > 2:83504/1‑251 (MQ=255) gCCTGGTTGATCGCTGGTTCACTGGTGGCCGGGAACCGCGCGGCACAGATAATGAGCCTTCTGGGCACCGCAGTCTGGAGCCACATGCTTGGTTGACGGACGTCCTGACGCGTCTGCCGGCGTGGCCGGAGGAGAGGTTGGCTGAGGTACTGCCTCTTGAGGGCTTTACCTTCTTCGGGTAAGTGATACCTGCCGTCAGGTGTTTGTGCACCGGGCCATAACCTGCAGTTGGGAATTGAACGCCTGacaac > 2:198241/1‑251 (MQ=255) tGGTTGTTCGCTGGTTCACTGGTGGCCGGGAACCGCGCGGCACAGATAATGAGCCTTCTGGGAACCGCAGTCTGGAGCCACATGCTTGGTTGACGGACGTCCTGACGCGTCTGCCGGAGTGGCCGGAGGAGAGGTTGGCTGAGTTACTGCCTCTTGAGGGCTTTACCTTCTTCGGGTAAGTGATACCTGCCGTCAGGTGTTTGTGCACCGGGCCATAACCTGCAGTTGGGAATTGAACGCCTGACAACAgg > 2:304559/1‑251 (MQ=255) ggTTGTTCGCTGGTTCACTGGTGGCCGGGAACCGCGCGGCACAGATAATGAGCCTTCTGGGAACCGCAGTCTGGAGCCACATGCTTGGTTGACGGACGTCCTGACGCGTCTGCCGGAGTGGCCGGAGGAGAGGTTGGCTGAGTTACTGCCTCTTGAGGGCTTTACCTTCTTCGGGTAAGTGATACCTGCCGTCAGGTGTTTGTGCACCGGGCCATAACCTGCAGTTGGGAATTGAACGCCTGACAACAGGa < 1:176541/251‑1 (MQ=255) gttgttCGCTGGTTCACTGGTGGCCGGGAACCGCGCGGCACAGATAATGAGCCTTCTGGGAACCGCAGTCTGGAGCCACATGCTTGGTTGACGGACGTCCTGACGCGTCTGCCGGAGTGGCCGGAGGAGAGGTTGGCTGAGTTACTGCCTCTTGAGGGCTTTACCTTCTTCGGGTAAGTGATACCTGCCGTCAGGTGTTTGTGCACCGGGCCATAACCTGCAGTTGGGAATTGAACGCCTGACAACAGGa > 1:560364/1‑250 (MQ=255) cTGGTTCACTGGTGGCCGGGAACCGCGCGGCACAGATAATGAGCCTTCTGGGAACCGCAGTCTGGAGCCACATGCTTGGTTGACGGACGTCCTGACGAGTCTGCCGGAGTGGCCGGCGGAGAGGTTGGCTGAGTTACTGCCTCTTGAGGGCTTTACCTTCTTCGGGTAAGTGATACCTGCCGTCAGGTGTTTGTGCACCGGGCCATAACCTGCAGTTGGGAATTGAAAGCCTGACCACAGGAAATGAGCt > 2:579531/1‑250 (MQ=255) gggtCACTGGTGGCCGGGAACCGCGCGGCACAGATAATGAGCCTTCTGGGAACCGCAGTCTGGAGCCACATGCTTGGTTGACGGACGTCCTGACGCGTCTGCCGGAGTGGCCGGAGGAGAGGTTGGCTGAGTTACTGCCTCTTGAGGGCTTTACCTTCTTCGGGTAAGTGATACCTGCCGTCAGGTGTTTGTGCACCGGGCCATAACCTGCAGTTGGGAATTGAACGCCTGACAACAGGAAATGAGCTag < 2:417982/247‑1 (MQ=255) cACTGGTGGCCGGGAACCGCGCGGCACAGATAATGAGCCTTCTGGGAACCGCAGTCTGGAGCCTCATGCTGGGTTGACGGACGTCCTGACGCGTCTGCCGGAGTGGCCGGAGGAGAGGTTGGCTGAGTTACTGCCGCTTGATGGCTTTACCTTCTTCGGGTAATTGCTACCTGCCGTCAGGTGGTTGTGCACCGGGCCATATCCTGCAGTTGGGAATTGAACGCCTGACAACATGAAATGAGCTAGAGCa < 2:502473/250‑1 (MQ=255) ccGGGAACCGCGCGGCACAGATAATGAGCCTTCTGGGAACCGCAGTCTGGAGCCACATGCTTGGTTGACGGACGTCCTGACGCGTCTGCCGGAGTGGCCGGAGGAGAGGTTGGCTGAGTTACTGCCTCTTGAGGGCTTTACCTTCTTCGGGTAAGTGATACCTGCCGTCAGGTGTTTGTGCACCGGGCCATAACCTGCAGTTGGGAATTGAACGCCTGACAACAGGAAATGAGCTAGAGCAGTAAACAc‑gc < 2:322812/251‑1 (MQ=255) 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gggaCCGCATTCGGGAACCACATGCTTGGTTGAAGGACGACCTGACGCGTCTGCCGGAGTGGCAGAAGGAGAGGTTGGCTGGGTTACTGCCTCTTGATAGCTTTACCTTCTTCGGGTAATGGATACCTGCCGTCAGGTGTTTGTGCACCGGGCCATAACCTGCAGGTGGGAATTTAAAGCATGACAGCAGGAAATGAGTTAGAGCCGGCAACAC‑GGGGGCTGACAATGGGACAGAATATGAGTGAGCCCgg > 2:418900/4‑251 (MQ=255) gAACCGTAGTCTGGAGCCCCAGGCTTGGGTGACGTGCTGCTTGACGCGTCTGCCGGAGTGGCCGGAGGAGAGGTTGGGTGAGTTACTGCCTCGTGAGGGCTTTCCCCTCTGCGGGTAAGGGATACCTGCCGTCAGGTGTTTTTGCACCGGGCGAGATCCTGCAGTTGGGAATTGAAGGCCTTACAATATGAAATAAGCGAGAGCAGTAAACAC‑GCGGGCTGGGAATGGGGCAGAATATGAGtttgtctggc < 2:554524/251‑9 (MQ=255) gAGCCACATGCTTGGTTGACGGACGTCCTGACGCGTCTGCCGGAGTGGCCGGAGGAGAGGTTGGCTGAGTTACTGCCTCTTGAGGGCTTTACCTTCTTCGGGTAAGTGATACCTGCCGTCAGGTGTTTGTGCACCGGGCCATAACCTGCAGTTGGGAATGGAACGCCTGACAACAGGAAATGAGCTAGAGCAGTAAACTC‑GCGGGCTGACAATGGGTCAGAATATGAGTTAGCCCGGCGTTATTCCTgggg < 1:572084/251‑1 (MQ=255) aGCCACATGCTTGGTTGACGGACGTCCTGACGCGTCTGCCGGAGTGGCCGGAGGAGAGGTTGGCTGAGTTACTGCCTCTTGAGGGCTTTACCTTCTTCGGGTAAGTGATACCTGCCGTCAGGTGTTTGTGCACCGGGCCATAACCTGCAGTTGGGAATTGAACGCCTGACAACAGGAAATGAGCTAGAGCAGTAAACAC‑GCGGGCTGACAATGGGTCAGAATATGAGTTAGCCCGGCGTTATTCCTGGGGt > 2:482417/1‑251 (MQ=255) aTGCTTGGTTGACGGACGTCCTGACGCGTCTGCCGGAGTGGCCGGAGGAGAGGTTGGCTGAGTTACTGCCTCTTGAGGGCTTTACCTTCTTCGGGTAAGTGATACCTGCCGTCAGGTGTTTGTGCACCGGGCCATAACCTGCAGTTGGGAATTGAACGCCTGACAACAGGAAATGAGCTAGAGCAGTAAACAC‑GCGGGCTGACAATGGGTCAGAATATGAGTTAGCCCGGCGTTATTCCTGGGGTCAGTAc > 1:89305/1‑251 (MQ=255) | CCCTTTTGTTACCTCCTGGACCGCTTCTTGTCCTTCCAGTCGGAGCGAGAGTTAGCCGGGGCGGACTTTCACCGACGGAAAGATCGTGCATTTCAAGGCACACACAACAATATCTGCGAGCGTGCTATCCGTCCGGTCGTTATGGGACGAAAGGCCTGGTTGTTCGCTGGTTCACTGGTGGCCGGGAACCGCGCGGCACAGATAATGAGCCTTCTGGGAACCGCAGTCTGGAGCCACATGCTTGGCTGACGGACGTCCTGACGCGTCTGCCGGAGTGGCCGGAGGAGAGGTTGGCTGAGTTACTGCCTCTTGAGGGCTTTACCTTCTTCGGGTAAGTGATACCTGCCGTCAGGTGTTTGTGCACCGGGCCATAACCTGCAGTTGGGAATTGAACGCCTGACAACAGGAAATGAGCTAGAGCAGTAAACAC‑GCGGGCTGACAATGGGTCAGAATATGAGTTAGCCCGGCGTTATTCCTGGGGTCAGTAC > NC_000913/4501255‑4501742 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |