Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,271,130 | C→T | E914E (GAG→GAA) | uvrA ← | UvrABC excision nuclease subunit A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,271,130 | 0 | C | T | 98.6% | 242.2 / ‑3.3 | 70 | coding (2742/2823 nt) | uvrA | UvrABC excision nuclease subunit A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (41/28); minor base . (1/0); total (42/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.99e-01 |
CTGGAGCACCGTGTATCTCGACGGTTCGCTGCCAGATTCGCAAATCTATTATCTGGTGGATGCGTCTTATCAGCAGGCGGTGAATTTACTGCCGGAAGAAAAACGTAAATTGCTGGTGCAACTCTGAAAGGAAAAGGCCGCTCAGAAAGCGGCCTTAACGATTACAGCATCGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGA‑GGATCTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCAGTACGTCGAGCAGTTGCTGAATATCGGCGAAGTGCAGACCGGTGGTCGGCTCGTCGAGAATATACAGCGTCTGCCCGGTGCCGCGTTTTGACAGTTCACGCGCCAGCTTCACGCGCTGGGCT > NC_000913/4270888‑4271370 | cTGGAGCACCGTGTATCTCGACGGTTCGCTGCCAGATTCGCAAATCTATTATCTGGTGGATGCGTCTTATCAGCAGGCGGTGAATTTACTGCCGGAAGAAAAACGTAAATTGCTGGTGCAACTCTGAAAGGAAAAGGCCGCTCAGAAAGCGGCCTTAACGATTACAGCATCGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGA‑GGATTTCgccgcc > 2:169472/1‑251 (MQ=255) aCCGTGTATCTCGACGGTTCGCTGCCAGATTCGCAAATCTATTATCTGGTGGATGCGTCTTATCAGCAGGCGGTGAATTTACTGCCGGAAGAAAAACGTAAATTGCTGGTGCAACTCTGAAAGGAAAAGGCCGCTCAGAAAGCGGCCTTAACGATTACAGCATCGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGA‑GGATTTCGCCGCCACCACTg < 1:253991/251‑1 (MQ=255) gtATCTCGACGGTTCGCTGCCAGATTCGCAAATCTATTATCTGGTGGATGCGTCTTATCAGCAGGCGGTGAATTTACTGCCGGAAGAAAAACGTAAATTGCTGGTGCAACTCTGAAAGGAAAAGGCCGCTCAGAAAGCGGCCTTAACGATTACAGCATCGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGA‑GGATTTCGCCGCCACCACTgccgcc < 1:457967/251‑1 (MQ=255) cGACGGTTCGCTGCCAGATTCGCAAATCTATTATCTGGTGGATGCGTCTTATCAGCAGGCGGTGAATTTACTGCCGGAAGAAAAACGTAAATTGCTGGTGCAACTCTGAAAGGAAAAGGCCGCTCAGAAAGCGGCCTTAACGATTACAGCATCGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGA‑GGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTgg < 1:139032/251‑1 (MQ=255) cGGTTCGCTGCCAGATTCGCAAATCTATTATCTGGTGGATGCGTCTTATCAGCAGGCGGTGAATTTACTGCCGGACGAAAAACGTAAATTGCTGGTGCAACTCTGAAAGGAAAAGGCCGCTCAGAAAGCGGCCTTAACGATTACAGCATCGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGTGTGATGCTTCGAACTCCGCGCCGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGA‑GGAATTCGCCGCCACTACTGCCGCCTTCTGGTcc > 1:295741/1‑251 (MQ=255) cGGTTCGCTGCCAGATTCGCAAATCTATTATCTGGTGGATGCGTCTTATCAGCAGGCGGTGAATTTACTGCCGGAAGAAAAACGTAAATTGCTGGTGCAACTCTGAAAGGAAAAGGCCGCTCAGAAAGCGGCCTTAACGATTACAGCATCGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGA‑GGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTcc > 1:220240/1‑251 (MQ=255) gCCAGATTCGCAAATCTATTATCTGGTGGATGCGTCTTCTCAGCAGGCGGTGAATTTACTGCCGGAAGAAAAACGTAAATTGCTGGTGCAACTCTGAAAGGAAAAGGCCGCTCAGAAAGCGGCCTTAACGATTACAGCATCGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGA‑GGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGCTCCCAGGTCGAc > 2:549573/1‑251 (MQ=255) 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cGTGCCGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGA‑GGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCAGTACGTCGAGCAGTTGCTGAATATCGGCGAAGTGCAGACCGGTGGTCGGCTCGTCGAGAATATACAGCGTCTg > 2:148160/1‑251 (MQ=255) ccGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGA‑GGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCAGTACGTCGAGCAGTTGCTGAATATCGGCGAAGTGCAGACCGGTGGTCGGCTCGTCGAGAATATACAGCGTCTGCCCg > 2:471634/1‑251 (MQ=255) tgtgtgATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGA‑GGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCAGTACGTCGAGCAGTTGCTGAATATCGGCGAAGTGCAGACCGGTGGTCGGCTCGTCGAGAATATACAGCGTCTGCCCgggg > 2:415566/1‑249 (MQ=255) tgATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGA‑GGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCCCGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCAGTACGTCGAGCAGTTGCTGAATATCGGCGAAGTGCAGACCGGTGGTCGGCTCGTCGAGAATATACAGCGTCTGCCCGGTGCcgc > 1:567887/1‑251 (MQ=255) gATGCTTCGAACTCGGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGA‑GGATTACGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGATTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCAGTACGTCGAGCAGTTGTTGACTATCGGCGGAGTGCAGACCGGTGGTTGGCTCGTCGAGAATCTACTGCGTCTTCCCGGTGAcgcg > 2:379958/1‑251 (MQ=255) ccGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGA‑GGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCAGTACGTCGAGCAGTTGCTGAATATCGGCGAAGTGCAGACCGGTGGTCGGCTCGTCGAGAATATACAGCGTCTGCCCGGTGCCGCGTTTTGACAGtt < 1:280793/249‑1 (MQ=255) cgcgACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGA‑GGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGCGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCAGTACGTCGAGCAGTTGCTGAATATCGGCGAAGTGCAGACCGGTGGTCGGCTCGTCGAGAATATACAGCGTCTGCCCGGTGCCGCGTTTTGACAGTTCAc > 2:262013/1‑251 (MQ=255) gACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGA‑GGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCAGTACGTCGAGCAGTTGCTGAATATCGGCGAAGTGCAGACCGGTGGTCGGCTCGTCGAGAATATACAGCGTCTGCCCGGTGCCGCGTTTTGACAGTTCAcgcg > 1:490544/1‑251 (MQ=255) gACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGA‑GGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCAGTACGTCGAGCAGTTGCTGAATATCGGCGAAGTGCAGACCGGTGGTCGGCTCGTCGAGAATATACAGCGTCTGCCCGGTGCCGCGTTTTGACAGTTCAcgcg < 1:198424/251‑1 (MQ=255) gTTTCTGGCGTACCGGAGACGA‑GGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCAGTACGTCGAGCAGTTGCTGAATATCGGCGAAGTGCAGACCGGTGGTCGGCTCGTCGAGAATATACAGCGTCTGCCCGGTGCCGCGTTTTGACAGTTCACGCGCCAg < 1:97581/251‑1 (MQ=255) tttCTGGCGTACCGGAGACGA‑GGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCAGTACGTCGAGCAGTTGCTGAATATCGGCGAAGTGCAGACCGGTGGTCGGCTCGTCGAGAATATACAGCGTCTGCCCGGTGCCGCGTTTTGACAGTTCACGCGCCAGc > 1:72095/1‑251 (MQ=255) tttCTGGCGTACCGGAGACGA‑GGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCAGTACGTCGAGCAGTTGCTGAATATCGGCGAAGTGCAGACCGGTGGTCGGCTCGTCGAGAATATACAGCGTCTGCCCGGTGCCGCGTTTTGACAGTTCACGCGCCAGc > 1:405063/1‑251 (MQ=255) tGGCGTACCGGAGCCGC‑GGATTTAGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACACTCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCAACACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCAGTACGTCGAGCAGTTGCTGAATATCGGCGAAGTGCAGACCGGTGGTCGGCTCGTCGAGAATATACAGCGTCTGCCCGGTGCCGCGTTTTGAAAGTTCACGCGCCAGCTTc > 2:42406/1‑250 (MQ=255) cccGGAGACGA‑GGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCAGTACGTCGAGCAGTTGCTGAATATCGGCGAAGTGCAGACCGGTGGTCGGCTCGTCGAGAATATACAGCGTCTGCCCGGTGCCGCGTTTTGACAGTTCACGCGCTAGCTTCACGCGCt < 2:516142/250‑1 (MQ=255) aCCGGAGACGATGCAT‑TCGCCACCACCACTGCCGCCTTCTGCTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCCCGTCGGGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCAGTACGTCGAGCAGATGATGAATATCGCCGAAGTGCAGACAGGTGGTGGGCTCGTCGAGAATATACCGCGTGTGCCCGGTGCCGCGTTTTAACACTTCACGCGCCAGCTTCAAGCGCt > 2:127742/1‑251 (MQ=255) cGGAGACGA‑GGATTTCGCCGCCACCCCTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTGTATGCAGTACGTCGAGCAGTTGCTGAATATCGGCGAAGTGCAGACCGGTGGTCGGCTCGTCGAGAATATACAGCGTCTGCCCGGTGCCGCGTTTTGACAGTTCACGCGCCAGCTTCACGCGCTgg < 2:348107/251‑1 (MQ=255) agaCGA‑GGATTTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCAGTACGTCGAGCAGTTGCTGAATATCGGCGAAGTGCAGACCGGTGGTCGGCTCGTCGAGAATATAAAGCGTCTGCCCGGTGCCGCGTTTTGACAGTTCACGCGCCAGCTTCAAGCGCTGGGCt > 2:554953/1‑251 (MQ=255) | CTGGAGCACCGTGTATCTCGACGGTTCGCTGCCAGATTCGCAAATCTATTATCTGGTGGATGCGTCTTATCAGCAGGCGGTGAATTTACTGCCGGAAGAAAAACGTAAATTGCTGGTGCAACTCTGAAAGGAAAAGGCCGCTCAGAAAGCGGCCTTAACGATTACAGCATCGGCTTAAGGAAGCGTGCCGTGTGTGATGCTTCGCACTCCGCGACGGTTTCTGGCGTACCGGAGACGA‑GGATCTCGCCGCCACCACTGCCGCCTTCTGGTCCCAGGTCGACAATCCAGTCAGCGGTTTTGATCACGTCGAGATTGTGCTCAATCACCACAATGGTGTTGCCCTGATCGCGCAGTTTATGCAGTACGTCGAGCAGTTGCTGAATATCGGCGAAGTGCAGACCGGTGGTCGGCTCGTCGAGAATATACAGCGTCTGCCCGGTGCCGCGTTTTGACAGTTCACGCGCCAGCTTCACGCGCTGGGCT > NC_000913/4270888‑4271370 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |