| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 311,717 | G→A | intergenic (‑381/‑395) | matA ← / → ykgL | DNA‑binding transcriptional dual regulator MatA/uncharacterized protein YkgL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 311,717 | 0 | G | A | 96.7% | 94.5 / ‑5.6 | 31 | intergenic (‑381/‑395) | matA/ykgL | DNA‑binding transcriptional dual regulator MatA/uncharacterized protein YkgL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (14/15); total (16/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |