| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,827,026 | C→T | A606V (GCG→GTG) | recG → | ATP‑dependent DNA helicase RecG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,827,026 | 0 | C | T | 97.9% | 314.1 / ‑4.7 | 97 | A606V (GCG→GTG) | recG | ATP‑dependent DNA helicase RecG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base T (39/55); total (42/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACGGGCGGATGAAACCTGCCGAGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTTGCCACAACCGTTATTGAAGTCGGCGTTGATGTGCCTAACGCCAGTCTGATGATTATCGAAAACCCGGAGCGTCTGGGTCTGGCGCAGTTACACCAGCTGCGCGGGCGCGTAGGTCGTGGCGCGGTGGCTTCTCACTGCGTGCTGCTCTACAAAACGCCGCTTTCTAAAACGGCGCAAATTCGCCTGCAAGTGCTGCGCGACAGTAACGACGGTTTTGTGATTGCGCAAAAAGATCTGGAGATTCGCGGCCCTGGCGAATTGTTAGGCACGCGTCAGACGGGTAATGCTGAATTTAAAGTGGCGGATTTACTGCGCGATCAGGCGATGATCCCGGAAGTTCAGCGCCTGGCACGCCATATTCACGAACGTTACCCACAACAGGCAAA‑AGCCCTGATAGAACGCTGGATGCCGGAGACG > NC_000913/3826779‑3827270 | cacGTGCGGATGAAACCTGCCGCGAAACAGGCGGTGATGGCGTCGTTTAAACAAGGTGAGCTACACCTGCTGGTGGCCACAACCGTTATTGAAGTCGGCGTTGATGTGCCTAACGCCAGTCTGATGATTATCGAAAACCCGGAGCGTCTGGGTCTGGCGCAGTTACACCAGCTGCGCGGGCGCGTAGGTCGTGGCGCGGTGGCTTCTCACTGCGTGCTGCTCTACAAAACGCCGCTTTCTAAAACGGTGCa < 2:431763/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |