| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,633,749 | C→T | intergenic (‑1159/‑1092) | yhiJ ← / → yhiM | DUF4049 domain‑containing protein YhiJ/inner membrane protein YhiM |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,633,749 | 0 | C | T | 97.4% | 119.5 / ‑6.9 | 39 | intergenic (‑1159/‑1092) | yhiJ/yhiM | DUF4049 domain‑containing protein YhiJ/inner membrane protein YhiM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (23/15); minor base A (1/0); total (24/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
ATTTATCACCAAAAATAGTACTAAATCTATCGCCTGTATGATCCCCAAGGAAGATACAAGGGGTTATCGCATCGTCCTTTAAAAAAACATGTTGATGCAACTCATTCAAGATCATGTCTCTCGTATTTAATAAATCGTAGAGCACTTTATTATTTTTATGTTTGTATGCAGATGAAGCCATCTCTTCGTGTTTTAATAATTCACATAATAAACTCCAACCCTTTTCCCTGATGCCTATATGCCCTGAAACGAGCAATGCATAAAGTACAGCGCCTACTCTTCCATCTGTATCGCCAAAATAAGCCGTGTTGGCATTTTGTGGGTTAATCACACCACACTGTTTATAGAAGTCTATTTTTGAAAACACAGATTTAACATAGCTATCAAACTTTTCCTTAGTAAACGTCTCTTTAGAGACATCCCAACGCCAGTCAGGTTTGAAATTACCACTAAGAAGAGTAAAGAAATTTCTCGCT > NC_000913/3633516‑3633991 | atTTATCACCAAAAATAGTACTAAATCTATCGCCTGTATGATCCCCAAGGAAGATACAAGGGGTTATCGCATCGTCCTTTAAAAAAACATGTTGATGCAACTCATTCAAGATCATGTCTCTCGTATTTAATAAATCGTAGAGCACTTTATTATTTTTATGTTTGTATGCAGATGAAGCCATCTCTTCGTGTTTTAATAATTCACATAATAAACTCCAACCCTTTTCCCTGATGTCTATATGCCCTGAAACg > 1:334770/1‑251 (MQ=255)atTTATCACCAAAAATAGTACTAAATCTATCGCCTGTATGATCCCCAAGGAAGATACAAGGGGTTATCGCATCGTCCTTTAAAAAAACATGTTGATGCAACTCATTCAAGATCATGTCTCTCGTATTTAATAAATCGTAGAGCACTTTATTATTTTTATGTTTGTATGCAGATGAAGCCATCTCTTCGTGTTTTAATAATTCACATAATAAACTCAAACCCTTTTCCCTGATGTCTATATGCCCTGAAACg > 1:194585/1‑251 (MQ=255)atTTATCACCAAAAATAGTACTAAATCTATCGCCTGTATGATCCCCAAGGAAGATACAAGGGGTTATCGCATCGTCCTTTAAAAAAACATGTTGATGCAACTCATTCAAGATCATGTCTCTCGTATTTAATAAATCGTAGAGCACTTTATTATTGTTATGGTTGTATGCAGACGAAGCCATCTCTACGTGGTTTAATAATTCACATAATAAACTCCAAGCCTTTTCCCTGATGTCTATATGCCCTGAAAc < 2:38803/250‑1 (MQ=255) aaaTAGTACTAAATCTATCGCCTGTATGATCCCCAAGGAAGATACAAGGGGTTATCGCATCGTCCTTTAAAAAAACATGTTGATGCAACTCATTCAAGATCATGTCTCTCGTATTTAATAAATCGTAGAGCACTTTATTATTTTTATGTTTGTATGCAGATGAAGCCATCTCTTCGTGTTTTAATAATTCACATAATAAACTCCAACCCTTTTCCCTGATGTCTATATGCCCTGAAACGAGCAATGCATaa < 1:28519/251‑1 (MQ=255) 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1:77001/161‑1 (MQ=255) ttCCCTGATGTCTATATGCCCTGAAAAGAGCAATGCATAAAGTACAGCGCCTACTCTTCCATCTGTATCGCCAAAATAAGCCGTGTTGGCATTTTGTGGGTTAATCACACCACACTGTTTATAGAAGTCTATTTTTGAAAACACAGATTTAACATAGCTAt > 2:77001/1‑161 (MQ=255) cccTGATGTCTATATGCCCTGAAACGAGCAATGCATAAAGTACAGCGCCTACTCTTCCATCTGTATCGCCAAAATAAGCCGTGTTGGCATTTTGTGGGTTAATCACACCACACTGTTTATAGAAGTCTATTTTTGAAAACACAGATTTAACATAGCTATCAAACTTTTCCTTAGTAAACGTCTCTTTAGAGACATCCCAACGCCAGTCAGGTTTGAAATTACCACTAAGAAGAGTAAAGAAATTTCTCGCt > 1:444672/1‑251 (MQ=255) | ATTTATCACCAAAAATAGTACTAAATCTATCGCCTGTATGATCCCCAAGGAAGATACAAGGGGTTATCGCATCGTCCTTTAAAAAAACATGTTGATGCAACTCATTCAAGATCATGTCTCTCGTATTTAATAAATCGTAGAGCACTTTATTATTTTTATGTTTGTATGCAGATGAAGCCATCTCTTCGTGTTTTAATAATTCACATAATAAACTCCAACCCTTTTCCCTGATGCCTATATGCCCTGAAACGAGCAATGCATAAAGTACAGCGCCTACTCTTCCATCTGTATCGCCAAAATAAGCCGTGTTGGCATTTTGTGGGTTAATCACACCACACTGTTTATAGAAGTCTATTTTTGAAAACACAGATTTAACATAGCTATCAAACTTTTCCTTAGTAAACGTCTCTTTAGAGACATCCCAACGCCAGTCAGGTTTGAAATTACCACTAAGAAGAGTAAAGAAATTTCTCGCT > NC_000913/3633516‑3633991 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |