| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,179,383 | G→A | K423K (AAG→AAA) | tolC → | outer membrane channel TolC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,179,383 | 0 | G | A | 98.7% | 249.5 / NA | 79 | K423K (AAG→AAA) | tolC | outer membrane channel TolC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (40/37); total (41/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
CATCGTAGCGTCGTGCAGACCGTGCGTTCCTCCTTCAACAACATTAATGCATCTATCAGTAGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAGTCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCACTAATCCGGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCGGCACCAGTCGTTCAGCAAACATCCGCACGCACTACCACCAGTAACGGTCATAACCCTTTCCGTAACTGATGACGACGACGGGGCTTCGGCCCCGTCTGAACG > NC_000913/3179138‑3179629 | cagcGTAGCGTCGGGCAGACCGTGCGTTCCTCCTTCAACAACATTAATGCATCTATCAGTAGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGc < 2:419915/248‑1 (MQ=255)cATCGTAGCGTCGTGCAGACCGTGCGTTCCTCCTTCAACAACATTAATGCATCTATCAGTAGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGc > 1:105962/1‑251 (MQ=255) cgtcgtGCAGACCGTGCGTTCCGCCTTCAAAAACAGTAATGCATCTATCAGTAGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGGACCATTGGTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGTGAATGCGCGTTATAACTACCTGAGGAATCAGCGGAATATTAAAGCAGCTCTGGGTa < 2:567023/251‑1 (MQ=255) cggcgtGCAGACGGTGCTTGCCTCCTACAACCACATTAATGCACCTATCATTAGCATTAACTCCTTCAACCAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGAGGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTCCCAGTGTTGAGGTGTTTGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGTTGGCGAATGCGCTTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGCATATTAAATCAGCTCTGGGTa < 2:567016/248‑1 (MQ=255) gtcgtGCAGACCGTGCGTTCCTCCTTCAACAACCTTAATGCATCTATCAGTAGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTAACTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTAc > 1:431503/1‑251 (MQ=255) cgtGCAGACCGTGCGTTCCTCCTTCAACAACATTAATGCATCTATCAGTAGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTACg < 2:532965/250‑1 (MQ=255) gCAGACCGTGCGTTCCTCCTTCAACAACATTAATGCATCTATCAGTAGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATAGTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGa < 1:142626/251‑1 (MQ=255) 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cATCTATCAGTAGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTg < 1:455431/251‑1 (MQ=255) aaCGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCAc > 2:336862/1‑251 (MQ=255) aaCGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCAc < 1:424268/251‑1 (MQ=255) 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aagAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCACTAATCCGGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCGGCACCAGTCGTTCAGCAAACATCCGCACGCACTTCCACCAGTAACTGTCATAAc < 2:546457/251‑1 (MQ=255) cTGGCGAATGCGCTTTATCACTACCTGATTACTCAGCTGCATATTCCATCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCACTAATCCGGAAAACGTTGCACCGCAACCGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCGGCACCAGTCGTTCAGCAAACATCCGCACGCCCTACCACCAGTAACGGTCATAACCCttt > 2:49303/1‑251 (MQ=255) ggCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCACTAATCCGGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCGGCACCAGTCGTTCAGCAAACATCCGCACGCACTACCACCAGTAACGGTCATAACCCTTTcc > 2:439864/1‑251 (MQ=255) 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tGATTAATCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCACTAATCCGGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCGGCACCAGTCGTTCAGCAAACATCCGCACGCACTACCACCAGTAACGGTCATAACCCTTTCCGTAACTGATGACGACGACGGGGc > 1:254377/1‑251 (MQ=255) ataaaTCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGAACGTTGCACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACACTGCGCTGAGCAAACCAGTTTCCACTAATCCGGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCGGCACCAGTCGTTCAGCAAACATACGAACGCACTACCACCAGTAACGGGCATAACCCTTTCCGTAAATGATGACGACGACGGGACtt > 2:496670/4‑251 (MQ=255) aaTCAGCTGAATATTAAATCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCACTAATCCGGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCGGCACCAGTCGTTCAGCAAACATCCGCACGCACTACCACCAGTAACGGTCATAACCCTTTCCGTAACTGATGACGACGACGGGGCTTCgg > 1:165154/1‑251 (MQ=255) 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CATCGTAGCGTCGTGCAGACCGTGCGTTCCTCCTTCAACAACATTAATGCATCTATCAGTAGCATTAACGCCTACAAACAAGCCGTAGTTTCCGCTCAAAGCTCATTAGACGCGATGGAAGCGGGCTACTCGGTCGGTACGCGTACCATTGTTGATGTGTTGGATGCGACCACCACGTTGTACAACGCCAAGCAAGAGCTGGCGAATGCGCGTTATAACTACCTGATTAATCAGCTGAATATTAAGTCAGCTCTGGGTACGTTGAACGAGCAGGATCTGCTGGCACTGAACAATGCGCTGAGCAAACCGGTTTCCACTAATCCGGAAAACGTTGCACCGCAAACGCCGGAACAGAATGCTATTGCTGATGGTTATGCGCCTGATAGCCCGGCACCAGTCGTTCAGCAAACATCCGCACGCACTACCACCAGTAACGGTCATAACCCTTTCCGTAACTGATGACGACGACGGGGCTTCGGCCCCGTCTGAACG > NC_000913/3179138‑3179629 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |