| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 286,569 | G→A | S392N (AGC→AAC) | yagG → | putative D‑xylonate transporter YagG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 286,569 | 0 | G | A | 98.9% | 268.8 / NA | 87 | S392N (AGC→AAC) | yagG | putative D‑xylonate transporter YagG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (39/47); minor base C (1/0); total (40/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTCACCCCGGCGGAGCACATCGCGCTCATTTTTGCCCTCAACATCCTGTTCCTGTTCGTCTTTAATACCACCACGCCGCTGCAGTGGCTGATGGCTTCTGACGTGGTGGACTACGAGGAGAGCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGG‑TGGGCTGGATCCTGG‑CGTA‑CGTCAACTATTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTG‑CGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCG‑ATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACC > NC_000913/286324‑286815 | cGTCACCCCGGCGGAGCACATCGCGCTCATTTTTGCCCTCAACAGCCTGTTCCTGTTCGTCTTTAATACCACCACGCCGCTGCAGTGGCTGATGGCTTCTGACGTGGTGGACTACGAGGAGAGCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGG‑TGGGCTGGATCCTGG‑CGTA‑CGTCAACTATTCCGCcaacagca < 1:382883/251‑1 (MQ=255) cccGGCGGAGCACATCGCGCTCATTTTTGCCCTCAACATCCTGTTCCTGTTCGTCTTTAATACCACCACGCCGCTGCAGTGGCTGATGGCTTCTGACGTGGTGGACTACGAGGAGAGCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGGGGGTGGG‑TGGGTCCTGG‑CGTA‑CGTCCACTATTCCCCCAACAGCAGCgggc > 1:329808/1‑248 (MQ=255) ccGGCGGCGCACCTCGCGCTCATTTTTCCCCTCCACAGCCTGTGCCTGTCCGTCTTCAATACCACCACGCCGATGCAGTGGCTGATGGCTTCTGGCGTGGTGGACTACGAGGAGAGCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGG‑TGGGCTGGATCCTGG‑CGTA‑CGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCa < 2:407112/251‑1 (MQ=255) ggcggAGCACATCGCGCTCATTTTTGCCCTCAACATCCTGTTCCTGTTCGTCTTTAATCCCACCACGCCGCTGCAGTGGCTGATGGCTTCTGACGTGGTGGACTACGAGGAGAGCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGG‑TGGGCTGGATCCTGG‑CGTA‑CGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGc < 2:488256/251‑1 (MQ=255) ggcggAGCACATCGCGCTCATTTTTGCCCTCAACATCCTGTTCCTGTTCGTCTTTAATACCACCACGACGCTGCAGTGGCTGATGGCTTCTGACGTGGTGGACTACGAGGAGAGCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGGGG‑GGGGGTGGGTCCTGG‑CGTA‑CGTCAACTATTCCGCCAACCGCAGCgggctgc > 1:369237/1‑245 (MQ=255) cggAGCACATCTCGCTCATTTTTGCCCTCAACATCCTGTTCCTGTTCGGCTTTAATTCCACCACGCCGCTGCAGTGGCTGATGGCTTCTGACGTGGTGGACTACGAGGAGAGCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGG‑TGGGCTGGATCCTGG‑CGTA‑CGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCg < 1:244908/251‑1 (MQ=255) ggagccaagcgctcgcagttttGCCCTCAACATCCGGTTCCTGTGCGTCTTTAATACCTCCGCGCCGCGGCAGTGGCGGATGGCTGCTGACGTGGTGGACTACGAGGAGAGCCGCAGCGGGCGCCGCCTCGACGGGCGGGTGTGCTCCGCCTGCCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGAGTGGCGGGGCGGTGG‑GGGGCTGGAGCCTGG‑CGTA‑CGGCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCgg < 2:563978/233‑1 (MQ=255) 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CGTCACCCCGGCGGAGCACATCGCGCTCATTTTTGCCCTCAACATCCTGTTCCTGTTCGTCTTTAATACCACCACGCCGCTGCAGTGGCTGATGGCTTCTGACGTGGTGGACTACGAGGAGAGCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGG‑TGGGCTGGATCCTGG‑CGTA‑CGTCAACTATTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTG‑CGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCG‑ATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGATTAAGCACCGCGCGGCGCAGGGCGAGGCCGTTCCCGACGCCGCGACAGCCGCATCCCATTAACCGGAGGCAATATGGAAATCACTAACCCGATACTCACC > NC_000913/286324‑286815 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |