Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 157,585 | C→T | D50N (GAT→AAT) | folK ← | 2‑amino‑4‑hydroxy‑6‑ hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 157,585 | 0 | C | T | 98.7% | 240.7 / NA | 74 | D50N (GAT→AAT) | folK | 2‑amino‑4‑hydroxy‑6‑ hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (42/31); minor base G (0/1); total (42/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
ATTTCAAACAGCGGCCACAGCATAAATCCACGATTCTTCATATCGTAGTGCGGAACGGTCAGGCGTTCAGTATTTATCACTTCATTACCAAACAGCATGATGTCGAGATCCAGCGTGCGTGGTCCCCAGCGT‑TCAGCTTTGCGGACGCGACCTTGCTGCAATTCAATACGCTGTGTGTGATTGAGTAGCTCTTCAGGTGCAAGAGAGGTTTCCAGCGCCACGGCTGCGTTTAAGTAATCGGGTTGATCTTGCGGCCCCAGCGGTGGGGTGCGGTAAAACGAAGAAACGGTAAGAATGTGGCTTTCAGGGATATCGCCTAATGCTTTCAGGGCAGCATTGACCTGCTCCAGCGGAGAGGCCAGATTGCTGCCTATGGCAATATACGCCACTGTCATGCGGTACCCTCACGACGTGGTGCGCGTTTGCGTGGACGACGAGTACGACGACGCGGTGACGGTTCTTCATCCAGCTCGTTGAGCATCCCTTTTTGGT > NC_000913/157338‑157829 | aTTTCAAACAGCGGCCACAGCATAAATCCACGATTCTTCATATCGTAGTGCGGAACGGTCAGGCGTTCAGTATTTATCACTGCATTACCAAACAGCATGATGTCGAGATCCAGCGTGCGTGGTCCCCAGCGT‑TCAGCGTTGCGGACGCGTCCTTGCTGCAATTGAATACGCTGTGTGTGATTGAGTAGCTCTTCAGGTGCAAGAGAGGTTTCCAGCGCCACGGCTGCGTTTAAGTAATCGGGTTGATTTTg < 1:94232/251‑1 (MQ=255) 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cACGATTCTTCATATCGTAGTGCGGAACGGTCAGGCGTTCAGTATTTATCACTTCATTACCAAACAGCATGATGTCGAGATCCAGCGTGCGTGGTCCCCAGCGT‑TCAGCTTTGCGGACGCGACCTTGCTGCAATTCAATACGCTGTGTGTGATTGAGTAGCTCTTCAGGTGCAAGAGAGGTTTCCAGCGCCCCGGCTGCGTTTACGTAATCGGGTTGATTTTGCGGCCCCAGCGGTGGGGTGCGGTGAAAc > 2:506080/1‑251 (MQ=255) ccGATTCTTCAGATCGTAGTTCGGAACGGTTAGGCGTTCAGTAGTTATCACTTCATTACCAAACAGCATGATGGCGAGATCCAGCGTGCGTGGTCCCCAGCGT‑TCAGCTTTGCGGACGCGACCTTGCTGCAATTCAATACGCTGTGTGTGATTGAGTAGCTCTTCAGGTGCAAGAGAGGTTTCCAGCGCCACGGCTGCGTTTAAGTAATCGGGTTGATTTTGCGGCCCCATCGGTGGGTTGCGGTAAAACg < 2:500574/250‑1 (MQ=255) gATTCTTCATATCGTAGTGCGGAACGGTCAGGCGTTCAGTATTTATCACTTCATTACCAAACAGCATGATGTCGAGATCCAGCGTGCGTGGTCCCCAGCGT‑TCAGCTTTGCGGACGCGACCTTGCTGCAATTCAATACGCTGTGTGTGATTGAGTCGCTCTTCAGGTGCAAGAGAGGTTTCCAGCGCCACGGCTGCGTTTAAGTAATCGGGTTGATTTTGCGGCCCCAGCGGTGGGGTGCGGTAAAACga > 1:518291/1‑250 (MQ=255) atCGTAGTGCGGAACGGTCAGGCGTTCAGTATTTATCACTTCATTACCAAACAGCATGATGTCGAGATCCAGCGTGCGTGGTCCCCAGCGT‑TCAGCTTTGCGGACGCGACCTTGCTGCAATTCAATACGCTGTGTGTGATTGAGTAGCTCTTCAGGTGCAAGAGAGGTTTCCAGCGCCACGGCTGCGTTTTAGTAATCGGGTTGATTTTGCGGCCCCAGCGGTGGGGTGCGGTAAAACGAAGAAACGGTaa < 1:407119/251‑1 (MQ=255) accggaGTGCGGAACGTTCAGGCTTTCAGTATTTATCACTTCAT‑ACCAAACAGCATGATGTCGAGATCCAGCGTGCGTGGTCCCCAGCGT‑TCAGCTTTGCGGACGCGACCTTGCTGCAATTCAATACGCTGTGTGTGATTGAGTAGCTCTTCAGGTGCAAGAGAGGTTTCCAGCGCCACGGCTGCGTTTAAGTAATCGGGTTGATTTTGCGGCCCCAGCGGTGGGGTGCGGTAAAACGAAGAAACGGTAAg < 1:83363/246‑1 (MQ=255) gTAGTGCGGAACGGACAGGCGTTCAGTATTTATCACTTCATTACCAAACAGCATGATGTCGAGATCCAGCGTGCGTGGTCCCCAGCGT‑TCAGCTTTGCGGACGCGACCTTGCTGCAATTCAATACGCTGTGTGTGATTGAGTAGCTCTTCAGGTGCAAGAGAGGTTTCCAGCGCCACGGCTGCGTTTAAGTAATCGGGTTGATTTTGCGGCCCCAGCGGTGGGGTGCGGTAAAACGAAGAAACGGTAAGa > 2:274901/1‑250 (MQ=255) 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gTATTTATCACTTCATTACCAAACAGCATGATGTCGAGATCCAGCGTGCGTGGTCCCCAGCGT‑TCAGCTTTGCGGACGCGACCTTGCTGCAATTCAATACGCTGTGTGTGATTGAGTAGCTCTTCAGGTGCAAGAGAGGTTTCCAGCGCCACGGCTGCGTTTAAGTAATCGGGTTGATTTTGCGGCCCCAGCGGTGGGGTGCGGTAAAACGAAGAAACGGTAAGAATGTGGCTTTCAGGGATATCGCCTa > 2:7468/1‑250 (MQ=255) ttatacctccactACCAAACACCATGATGTCGAGATGCAACGTTCGTGATCCCCATCGT‑TCAGCTTTGCGGACGCGGCCTTGCTGCACTTCAATACGCTGTGAGTGATTGAGTGGATCTTCAGGTGCAAGAGAGGTTTCCAGCGCCACGGCTGCTTTTAATTAATCGGGTTGATTTTGCGGCCCCAGCGGTGGGGAGCGGTAAAACGAAGAAACGGCAAGATTGTGGATTTCAGGGATATCGCCTAATGCt > 2:422876/13‑251 (MQ=255) aTCACTTCATTACCAAACAGCATGATGTCGAGATCCAGCGTGCGTGGTCCCCAGCGT‑TCAGCTTTGCGGACGCGACCTTGCTGCAATTCAATACGCTGTGTGTGATTGAGTAGCTCTTCAGGTGCAAGAGAGGTTTCCAGCGCCACGGCTGCGTTTAAGTAATCGGGTTGATTTTGCGGCCCCAGCGGTGGGGTGCGGTAAAACGAAGAAACGGTACGAATGTGGCTTTCAGGGATATCGCCTAATGCttt > 2:13700/1‑251 (MQ=255) 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atgatgTCGAGATCCAGCGTGCGTGGTCCCCAGCGT‑TCAGCTTTGCGGACGCGACCTTGCTGCAATTCAATACGCTGTGTGTGATTGAGTAGCTCTTCAGGTGCAAGAGAGGTTTCCAGCGCCACGGCTGCGTTTAAGTAATCGGGTTGATTTTGCGGCCCCAGCGGTGGGGTGCGGTAAAACGAAGAAACGGTAAGAATGTGGCTTTCAGGGATATCGCCTAATGCTTTCAGGACAGCATTGACCTGCTc > 1:393972/1‑251 (MQ=255) tCGAGATCCAGCGTGCGTGGTCCCCAGCGT‑TCAGCTTTGCGGACGCGACCTTGCTGCAATTCAATACGCTGTGTGTGATTGAGTAGCTCTTCAGGTGCAAGAGAGGTTTCCAGCGCCACGGCTGCGTTTAAGTAATCGGGTTGATTTTGCGGCCCCAGCGGTGGGGTGCGGTAAAACGAAGAAACGGTAAGAATGTGGCTTTCAGGGATATCGCCTAATGCTTTCAGGGCAGCATTGACCTGCTCCAGCgg > 1:41291/1‑251 (MQ=255) cAGCGTGCGTGGTCCCCAGCGT‑TCAGCTTTGCGGACGCGACCTTGCTGCAATTCAATACGCTGTGTGTGATTGAGTAGCTCTTCAGGTGCAAGAGAGGTTTCCAGCGCCACGGCTGCGTTTAAGTAATCGGGTTGATTTTGCGGCCCCAGCGGTGGGGTGCGGTAAAACGAAGAAACGGTAAGAATGTGGCTTTCAGGGATATCGCCTAATGCTTTCAGGGCAGCATTGACCTGCTCCAGCGGAGAGGCCa < 2:422392/251‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |