| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,844,219 | 0 | T | G | 31.0% | 121.6 / 12.5 | 71 | F86V (TTT→GTT) | adeD | adenine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/29); new base G (22/0); total (42/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.05e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AATTCTATTAACCATAAATTTCATCACATTAGCCGGGCTGAATACCAGGAATTGTTAGCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGC‑CAGGGTTTA‑TTGATGCTCACCTGCAT‑ATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTT‑GAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTACCCTTG > NC_000913/3843970‑3844468 | aatTCTATTAACCATAAATTTCATCACATTAGCCGGGCTGAATACCAGGAATTGTTAGCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGC‑CAGGGtt < 1:406961/251‑1 (MQ=255) 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gCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGC‑CAGGGTTTA‑TTGATGCTCACCTGCAT‑ATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTT‑GAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACACTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCtt < 1:93486/250‑1 (MQ=255) tggCTTTGCAGCGGATTGATGCTAGCGGCGCAACGGCGGTGC‑CAGGGTTTA‑TTGATGCTCACCTGCAT‑ATTGAATCCAGCATGGTGGCGCCGGTCCCTTTT‑TAAACCGCTACCCTTCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTTCGACCCTCATGAAATCGTCAACGGGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGGTGTGCCGAACAGGCCAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTAAGCTCTTGCGt > 2:366937/2‑250 (MQ=255) ggCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGC‑CAGGGGTTA‑TTGATGCTCACCTGCAT‑ATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTT‑GAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGGAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTAc > 1:122273/1‑251 (MQ=255) aGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGC‑CAGGGGTTA‑TTGATGCTCACCTGCAT‑ATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGGCACTTTT‑GAAAACGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCCCCCTg > 1:220327/1‑251 (MQ=255) cGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGC‑CAGGGTTTA‑TTGATGCTCACCTGCAT‑ATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTT‑GAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGa < 1:383466/251‑1 (MQ=255) gCTCGCGGCGCAACGGCGGTGC‑CAGGGGTTA‑TTGATGCTCACCTGCCT‑ATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTT‑TAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAAAGTGATGGGCGAAGCCGGATTTGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGGACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCCGGAAGGCTGCgg > 2:7868/1‑250 (MQ=255) 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gC‑CAGGGTTTA‑TTGATGCTCACCTGCAT‑ATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTT‑GAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGCTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGtttt > 1:230126/1‑250 (MQ=255) c‑cAGGGTTTA‑TTGATGCTCACCTGCAT‑ATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTT‑GAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTAc > 1:34893/1‑251 (MQ=255) c‑cAGGGTTTA‑TTGATGCTCACCTGCAT‑ATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTT‑GAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAAGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGTTGACAGTTTTAc > 1:282663/1‑251 (MQ=255) 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AATTCTATTAACCATAAATTTCATCACATTAGCCGGGCTGAATACCAGGAATTGTTAGCCGTTTCCCGTGGCGACGCTGTTGCCGATTATATTATTGATAATGTCTCTATTCTCGACCTGATCAATGGCGGAGAAATTTCCGGCCCAATTGTGATTAAAGGACGTTACATTGCCGGTGTTGGCGCAGAATACACTGATGCTCCGGCTTTGCAGCGGATTGATGCTCGCGGCGCAACGGCGGTGC‑CAGGGTTTA‑TTGATGCTCACCTGCAT‑ATTGAATCCAGCATGATGACGCCGGTCACTTTT‑GAAACCGCTACCCTGCCGCGCGGCCTGACGACCGTTATTTGCGACCCTCATGAAATCGTCAACGTGATGGGCGAAGCCGGATTCGCCTGGTTTGCCCGCTGTGCCGAACAGGCAAGGCAAAACCAGTACTTACAGGTCAGCTCTTGCGTACCCGCCCTGGAAGGCTGCGATGTTAACGGTGCCAGTTTTACCCTTG > NC_000913/3843970‑3844468 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |