| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,304,540 | 0 | C | T | 75.0% | 21.5 / 15.0 | 28 | intergenic (+147/+568) | eco/mqo | serine protease inhibitor ecotin/malate:quinone oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/3); new base T (12/9); total (16/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCA > NC_000913/2304294‑2304783 | caGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAgg > 1:53456/1‑251 (MQ=255) 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CAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTATACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAATTGACAACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCA > NC_000913/2304294‑2304783 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |