| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,228,275 | 0 | T | C | 37.0% | 51.5 / 11.2 | 54 | intergenic (‑1005/‑707) | yohF/yohP | putative oxidoreductase YohF/putative membrane protein YohP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (16/18); new base C (7/13); total (23/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGC‑AAGACCGTGTTTAACGCC‑GCCTGGGT‑TTGCCACTCCCAGT‑ACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTG‑CTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGAT‑GCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGT‑TCAGAGCAAACGGCCCC‑ATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGC > NC_000913/2228029‑2228517 | cGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGC‑AAGACCGTGTTTAACGCC‑GCCTGGGT‑TTGCCACTCCCAGT‑ACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTT‑CTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGc > 1:182322/1‑251 (MQ=255) gTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAGGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGC‑AAGACCGTGTTTAACGCC‑GCCTGGGT‑TTGCCACTCCCAGT‑ACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTG‑CTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCg < 2:418155/251‑1 (MQ=255) gTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGC‑AAGACCGTGTTTAACGCC‑GCCTGGGT‑TTGCCACTCCCAGT‑ACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTG‑CTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCg < 2:32654/251‑1 (MQ=255) tGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGC‑AAGACCGTGTTTAACGCC‑GCCTGGGT‑TTGCCACTCCCAGT‑ACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTG‑CTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AACCGTACCCAGGGGGGCCGTAACCTCCGCCCGATTc > 1:290770/1‑251 (MQ=255) gCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGC‑AAGACCGTGTTTAACGCC‑GCCTGGGT‑TTGCCACTCCCAGT‑ACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTT‑CTCGCGGTCCCCCCCCCGTGGTTT‑AACCTTAACCCCGCGGGCAGTAAACCCCGCCCCGTTCttttc > 2:10030/1‑249 (MQ=255) gCATTAATATCGGTTTCCACACCGTCAACTTAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGC‑AAGACCGTGTTTAACGCC‑GCCTGGGT‑TTGCCACTCCCAGT‑ACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTG‑CTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AACCGTACCCAGGCGGGAAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTcc < 2:566583/251‑1 (MQ=255) cGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGC‑AAGACCGTGTTTAACGCC‑GCCTGGGT‑TTGCCACTCCCAGT‑ACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTG‑CTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AACCGTACCCAGGCGGGCAGGAACCCCCGCCCGATTCTTTCCCCCGataacc > 1:148902/1‑248 (MQ=255) cGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGC‑AAGACCGTGTTTAACGCC‑GCCTGGGT‑TTGCCACTCCCAGT‑ACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTG‑CTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTAT‑AACCGTTCCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATc < 1:552672/250‑1 (MQ=255) ccACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCTATAATTGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGC‑AAGACCGTGTTTAACGCC‑GCCTGGGT‑TTGCCACTCCCAGT‑ACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTG‑CTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGAT‑Gc < 1:6031/251‑1 (MQ=255) acacCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGC‑AAGACCGTGTTTAACGCC‑GCCTGGGT‑TTGCCACTCCCAGT‑ACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGGTTT‑CTCGCGTTCCGCCCCCCCCGCGTT‑AACCGTACCCCCGGGGGCCGGAACCCCCGCCCCATTCTTTtcccccatatccagagggc > 2:4519/1‑235 (MQ=255) 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aaTGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGC‑AAGACCGTGTTTAACGCC‑GCCTGGGT‑TTGCCACTCCCAGT‑ACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTG‑CTTGCGTTTCGCCCCCCGCGCTTT‑AACCGGATCCCGGCGGGCAGCAACCCCCCCCCGATTCTTTCCCCAGAGATCGAGATTGCCA‑CCCGCCCGTACACCAAAAGTAACGTTGGTGTAcccccagcccgtctcacatccgg > 1:38074/1‑230 (MQ=255) aaTGGTGTTCGGCCTTTTTTCTATTTGCTGC‑AAGCCCGTGTTCAACGCC‑CCCGGGGT‑TGGCCCCCCCCAGC‑ACGGGCGGGCTCCGCCGCCAGCCAGCAATGGGCGGGTTTG‑CTCGCGTCCCGCCGCCCGTGCTTT‑AACCGTCCCCAGGCGGGCAGTACCCCCCGCCCGATTCTTCCCCCATATATCGAGAT‑GCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCg < 2:305278/250‑1 (MQ=255) gtttcttGCTTTTTTTCTATTTGCTGC‑AAGCCCGT‑TTTACCCCCCGCCGGGGT‑TTCCCACCCCCGTT‑CCAGGGGGGGTCCGTGGCCGGCCAGCATTTGGCGTTTTTC‑CCCGCTTCCCGCCCCCTGGGCTTT‑AACCTTCCCCGGGGGGGCAGTCACCCCCGCCCGATTCTTCCCCCAGATAGCGAGAT‑GCGAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCgg < 2:553701/245‑1 (MQ=255) 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ctgc‑AAGACCGTGTTTAACGCC‑GCCTGGGT‑TTGCCACTCCCAGT‑ACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTG‑CTCGCGGTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCCGATATCGAGAT‑GCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCCGGCGTACCTGCGGCCGGATCGG‑TCCGAGCAAAAGGccccc > 1:466749/1‑250 (MQ=255) agcccGTGTTTACCCCC‑GCCTGGGT‑TTGCCACCCCCAGT‑ACGGGCGGGCTACGCTGCACGCCAGCAAGTGGGGGGTGTG‑CCCCCGTCCCCCCCCCCGTTCTTT‑ACCCGTCCCCAGGCGGTCATTAACCCCCGCCCGTTTCTTCCCCAAGATCTCGAGAT‑GCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGT‑TCAGAGCAAACGGCCCC‑ATTAAg < 2:530848/248‑1 (MQ=255) gggtgtgatgatattctcccTGGGT‑TTGCCCCTCCCAGT‑CCGTGCGGCCTACGCTGCCAGCCAGAAGTGGGCGGGTTTT‑CTCGCGTCCCGCCGCCCGGGCTTT‑ACCCGTCCCCGGGCGGGAAGTACCCCCCGCCCGTTGCTTCCCCCAGATACAGATAT‑GCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGT‑TCAGAGCAAACGGCCCC‑ATTAAg < 2:541409/233‑1 (MQ=255) 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CGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATAATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGC‑AAGACCGTGTTTAACGCC‑GCCTGGGT‑TTGCCACTCCCAGT‑ACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTG‑CTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTT‑AACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGAT‑GCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGGCCGGTCGTACCTGCGGCCGGATCGT‑TCAGAGCAAACGGCCCC‑ATTAAGCCTTCTGCCGACATTTTTTGCCGCTCCATATCCGCCGAAAAGTCGATCTGCGGACCATCCTGAGTGGCAACTGCCTTCGCCTGGGCTTCAGCTAGCTGAATGCGCTGTTCAGCCACCTGC > NC_000913/2228029‑2228517 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |